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- PDB-7p59: Variant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) with two ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p59
タイトルVariant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) with two O-linked post-translational modifications
要素Variant surface glycoprotein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Coat / Trypanosoma brucei / O-glycosylation / O-glycans / Immune Evasion / African trypanosome / antigenic variation / post-translational modification / VSG / parasite / sleeping sickness
機能・相同性Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / side of membrane / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Gkeka, A. / Arest-Branco, F. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome.
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C. ...著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年4月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3684
ポリマ－53,9341
非ポリマー1,4333
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The N-terminal domain is a monomer by gel filtration chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area16600 Å2
手法PISA
2
A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,10312
ポリマ－161,8033
非ポリマー4,3009
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area16550 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area40630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.155, 129.155, 129.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-861-

HOH

21A-931-

HOH

31A-979-

HOH

41A-980-

HOH

51A-993-

HOH

61A-995-

HOH

71A-996-

HOH

81A-997-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein / VSG3 MITat1.3 VSG224


分子量: 53934.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VSG3 is O-linked glycosylated on Ser317 and Ser319 with Glucose.
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb427.BES153.14, Tb427.BES65.13 / 細胞株 (発現宿主): 224KI (VSG3WT)
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: B3GVK1
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 250mM NaCl, 100mM Tris, pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→45.66 Å / Num. obs: 93285 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 17.02 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08937 / Rpim(I) all: 0.02045 / Rrim(I) all: 0.0917 / Net I/σ(I): 21.27
反射 シェル解像度: 1.27→1.318 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 2.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 9281 / CC1/2: 0.513 / CC star: 0.823 / Rpim(I) all: 0.5849 / Rrim(I) all: 2.565 / % possible all: 99.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ELC

6elc


解像度: 1.27→45.66 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 9132 5.01 %
Rwork0.1747 173243 -
obs0.1758 93285 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.67 Å2 / Biso mean: 24.2062 Å2 / Biso min: 13.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→45.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 175 297 3072
Biso mean--26.65 28.76 -
残基数----360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.27-1.290.3093080.31385772608099
1.29-1.30.42153040.394357686072100
1.3-1.320.32353050.320658066111100
1.32-1.330.26573050.286257626067100
1.33-1.350.31373030.277957756078100
1.35-1.370.28783020.282856915993100
1.37-1.390.27913070.270358296136100
1.39-1.410.27593020.256557356037100
1.41-1.430.28373090.251358096118100
1.43-1.460.28063000.241258156115100
1.46-1.480.27413050.229757346039100
1.48-1.510.22913070.20658476154100
1.51-1.540.22473010.212957386039100
1.54-1.570.20383050.189257786083100
1.57-1.60.22712970.181457566053100
1.6-1.640.20453050.175957896094100
1.64-1.680.21353000.168757786078100
1.68-1.730.19273070.172258066113100
1.73-1.780.17843050.171257256030100
1.78-1.840.21113080.172957856093100
1.84-1.90.20993070.178258166123100
1.9-1.980.21083020.174156865988100
1.98-2.070.17063050.154858126117100
2.07-2.180.16263040.154257786082100
2.18-2.310.18963010.162257476048100
2.31-2.490.20943070.15658246131100
2.49-2.740.18373030.158557326035100
2.74-3.140.16963060.16258076113100
3.14-3.950.17413060.154257526058100
3.96-45.660.17313060.163857916097100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17092.06061.83232.1681.90871.5785-0.043-0.0639-0.0126-0.1465-0.0020.0053-0.0996-0.03910.06410.17390.0002-0.00390.15380.01190.1526.24998.692513.5829
22.06970.3611-1.35213.4213-1.24392.7404-0.1324-0.18870.0120.09640.1129-0.34180.17390.16440.06190.11710.0398-0.01190.1811-0.02210.176855.723.914936.8726
31.72313.25512.10365.77223.91972.61490.15370.0134-0.14070.24780.0328-0.31010.1770.0251-0.20480.16170.0098-0.04050.14920.0010.194539.069418.403628.9015
42.71441.09590.59422.36060.66921.3922-0.0299-0.0613-0.10320.0216-0.0234-0.05580.04670.02820.050.13650.01830.01370.10020.01170.116718.5788-14.8416.9011
50.7725-0.10320.02880.95240.27940.5518-0.0466-0.04960.0122-0.0174-0.02890.10650.0250.02570.07830.1590.0117-0.00470.14580.00780.166811.4943-7.73787.703
64.25216.0182.36877.76323.4811.11030.0283-0.06030.20070.004-0.11690.19960.0122-0.03640.15320.1836-0.0161-0.020.1528-0.00250.198433.21921.753225.8318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 69 )A20 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 135 )A70 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 184 )A136 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 185 through 242 )A185 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 243 through 340 )A243 - 340
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 341 through 387 )A341 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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