PDB-7p5b: Variant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) mutant (s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p5b

タイトル

Variant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) mutant (serine 319 to alanine), single O-linked glycosylated at Ser317

要素

Variant surface glycoprotein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Coat / Trypanosoma brucei / O-glycosylation / O-glycans / Immune Evasion / African trypanosome / antigenic variation / post-translational modification / VSG / parasite / sleeping sickness

機能・相同性

Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / side of membrane / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome.
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C. ...

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2023年4月5日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p5b.cif.gz	217.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p5b.ent.gz	173.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p5b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p5b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p56C 7p57C 7p59C 7p5aC 7p5dC 6elcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.007, 129.007, 129.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-921- HOH
2	1	A-1025- HOH
3	1	A-1136- HOH
4	1	A-1142- HOH
5	1	A-1156- HOH
6	1	A-1165- HOH
7	1	A-1187- HOH
8	1	A-1188- HOH
9	1	A-1193- HOH
10	1	A-1196- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein

分子量: 53686.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Serine319 from the original 6ELC structure has been mutated to an Alanine.
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb427.BES153.14, Tb427.BES65.13 / 細胞株 (発現宿主): VSG3S319A
発現宿主:

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: B3GVK1

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 300mM NaCl, 100mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→40.8 Å / Num. obs: 132433 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 39 % / B_iso Wilson estimate: 17.4 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.07786 / R_pim(I) all: 0.0125 / R_rim(I) all: 0.07886 / Net I/σ(I): 23.97
反射シェル	解像度: 1.13→1.17 Å / 冗長度: 28.4 % / R_merge(I) obs: 6.968 / Mean I/σ(I) obs: 0.42 / Num. unique obs: 8709 / CC_1/2: 0.169 / CC star: 0.538 / R_pim(I) all: 1.324 / R_rim(I) all: 7.094 / % possible all: 66.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ELC

6elc

解像度: 1.13→40.8 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	6420	5.02 %
R_work	0.1754	121519	-
obs	0.1766	132433	96.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.41 Å² / B_iso mean: 25.6297 Å² / B_iso min: 12.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.13→40.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2585	0	153	497	3235
B_iso mean	-	-	32.57	32.75	-
残基数	-	-	-	-	358

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.13-1.14	0.3209	62	0.3408	1049	1111	25
1.14-1.16	0.3268	153	0.3385	3045	3198	74
1.16-1.17	0.3716	196	0.343	4204	4400	100
1.17-1.19	0.3212	176	0.3276	4196	4372	100
1.19-1.2	0.3253	234	0.3205	4180	4414	100
1.2-1.22	0.326	245	0.3247	4142	4387	100
1.22-1.23	0.3089	241	0.3056	4107	4348	100
1.23-1.25	0.3339	221	0.2924	4206	4427	100
1.25-1.27	0.3293	209	0.2699	4149	4358	100
1.27-1.29	0.2764	234	0.2665	4208	4442	100
1.29-1.32	0.2537	220	0.2556	4143	4363	100
1.32-1.34	0.2606	240	0.2383	4132	4372	100
1.34-1.37	0.2653	209	0.2396	4188	4397	100
1.37-1.39	0.2553	231	0.2204	4149	4380	100
1.39-1.42	0.2397	204	0.2237	4247	4451	100
1.42-1.46	0.2319	239	0.215	4151	4390	100
1.46-1.49	0.2381	209	0.2136	4174	4383	100
1.49-1.53	0.2633	219	0.2067	4199	4418	100
1.53-1.58	0.2278	243	0.1901	4129	4372	100
1.58-1.63	0.2076	231	0.187	4211	4442	100
1.63-1.69	0.2114	220	0.1838	4174	4394	100
1.69-1.76	0.2157	208	0.1798	4216	4424	100
1.76-1.84	0.2053	236	0.1781	4175	4411	100
1.84-1.93	0.2009	208	0.1784	4205	4413	100
1.93-2.05	0.1829	233	0.1577	4201	4434	100
2.05-2.21	0.1771	204	0.1556	4232	4436	100
2.21-2.43	0.1842	229	0.1538	4225	4454	100
2.43-2.79	0.1857	231	0.1535	4228	4459	100
2.79-3.51	0.1835	212	0.1558	4274	4486	100
3.51-40.8	0.1571	223	0.152	4380	4603	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.386	1.7584	1.6416	2.1633	1.9852	1.9982	0.0751	-0.0602	-0.1223	0.0219	-0.0093	-0.1697	0.0137	-0.1064	-0.0999	0.1492	0.0079	-0.0078	0.1569	0.0035	0.179	18.8185	23.6679	6.1833
2	1.7122	-0.5158	-0.7499	3.4061	-0.4128	2.1247	-0.0446	0.1103	0.1635	-0.375	0.1806	0.1551	0.0534	-0.2053	-0.1183	0.1772	-0.0388	-0.0141	0.1968	0.0379	0.1353	-4.498	8.276	-23.3004
3	2.7679	1.7053	1.7992	4.7247	2.5369	3.7798	-0.1791	-0.0115	0.2342	-0.3154	-0.0656	0.2508	-0.1605	-0.0911	0.2504	0.1388	0.0055	-0.025	0.1338	0.0308	0.1282	-3.6792	5.317	-11.1835
4	1.0494	1.0136	0.7456	2.4756	1.6172	2.6732	0.0426	0.0466	-0.0117	-0.0672	-0.0224	-0.0162	-0.0217	-0.0893	-0.0029	0.12	0.0135	0.0073	0.1175	0.0148	0.1439	23.3935	43.252	10.8212
5	0.5357	0.3214	0.0256	1.28	-0.119	0.7618	0.0683	0.0153	0.0165	0.1137	-0.027	-0.0517	0.0082	-0.0397	-0.044	0.1613	0.0093	-0.0088	0.1391	0.0141	0.1605	24.6541	40.0256	20.8007
6	0.8927	3.057	2.3041	6.1666	5.3871	3.9505	0.1388	-0.0343	-0.0325	0.2785	-0.0725	-0.1669	0.2333	-0.0488	-0.0488	0.2207	-0.0085	-0.0201	0.1776	-0.0176	0.2058	6.8551	10.9075	-0.9661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 69 )	A	20 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 135 )	A	70 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 167 )	A	136 - 167
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 168 through 242 )	A	168 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 243 through 340 )	A	243 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 341 through 386 )	A	341 - 386

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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