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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p5a | |||||||||
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タイトル | Variant Surface Glycoprotein 3 (VSG3, MiTat1.3, VSG224) mutant (serine 317 to alanine), single O-linked glycosylated at Ser319 | |||||||||
![]() | Variant surface glycoprotein | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Coat / Trypanosoma brucei / O-glycosylation / O-glycans / Immune Evasion / African trypanosome / antigenic variation / post-translational modification / VSG / parasite / sleeping sickness | |||||||||
機能・相同性 | Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / plasma membrane / alpha-D-glucopyranose / Variant surface glycoprotein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome. 著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C. ...著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N. #1: ![]() タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome 著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53918.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Serine317 from the wild type VSG3 sequence has been mutated to alanine. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Tb427.BES153.14, Tb427.BES65.13 / 細胞株 (発現宿主): 224S317A (VSG3S317A) 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B3GVK1 |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 糖 | ChemComp-GLC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 250mM NaCl, 100mM Tris, pH 8.2 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→54.75 Å / Num. obs: 26355 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 30.8 % / Biso Wilson estimate: 24.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1179 / Rpim(I) all: 0.0209 / Rrim(I) all: 0.1198 / Net I/σ(I): 32.36 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8387 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 2584 / CC1/2: 0.614 / CC star: 0.872 / Rpim(I) all: 0.3875 / Rrim(I) all: 0.9312 / % possible all: 99.12 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ELC 解像度: 1.95→45.75 Å / SU ML: 0.2262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.75 / 位相誤差: 22.3616 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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