PDB-7p57: VSG2 mutant structure lacking the calcium binding pocket

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p57

タイトル

VSG2 mutant structure lacking the calcium binding pocket

要素

Variant surface glycoprotein MITAT 1.2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / Coat / Trypanosoma brucei / African trypanosome / Immune Evasion / antigenic variation / calcium binding / calcium

機能・相同性

Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / side of membrane / plasma membrane / Variant surface glycoprotein MITAT 1.2

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.961 Å

データ登録者

Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome.
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C. ...

履歴

登録	2021年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p57.cif.gz	160 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p57.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p57_validation.pdf.gz	836.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p57_full_validation.pdf.gz	836.4 KB	表示
XML形式データ	7p57_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	7p57_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/7p57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p56C 7p59C 7p5aC 7p5bC 7p5dC 1vsgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, The biological assembly is a dimer., isothermal titration calorimetry

2

A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.015, 96.015, 108.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-573- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein MITAT 1.2 / VSG 221

分子量: 50971.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VSG2 "AAA mutant" (D208, N209, and D210 each mutated to alanine).
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
細胞株 (発現宿主): FAB 3.6.4 (VSG2-AAA)
発現宿主:

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P26332

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 39% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.961→48.01 Å / Num. obs: 36675 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 19.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.09816 / R_pim(I) all: 0.02123 / R_rim(I) all: 0.1006 / Net I/σ(I): 20.27
反射シェル	解像度: 1.961→2.031 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.8934 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 3341 / CC_1/2: 0.557 / CC star: 0.846 / R_pim(I) all: 0.4747 / R_rim(I) all: 1.023 / % possible all: 92.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VSG

1vsg

解像度: 1.961→48.01 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1935	3400	5 %
R_work	0.1603	64591	-
obs	0.162	36675	97.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.86 Å² / B_iso mean: 43.8988 Å² / B_iso min: 21.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.961→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2664	0	50	239	2953
B_iso mean	-	-	58.31	46.03	-
残基数	-	-	-	-	359

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.961-1.9891	0.3479	94	0.3575	1798	66
1.9891-2.0188	0.3563	130	0.313	2455	90
2.0188-2.0503	0.2879	139	0.2778	2676	97
2.0503-2.0839	0.2946	144	0.2655	2753	99
2.0839-2.1198	0.2802	149	0.2232	2735	100
2.1198-2.1584	0.2441	142	0.2035	2720	100
2.1584-2.1999	0.2159	145	0.1807	2741	100
2.1999-2.2448	0.1883	142	0.1667	2768	100
2.2448-2.2936	0.2032	146	0.1702	2748	100
2.2936-2.347	0.1761	144	0.1566	2753	100
2.347-2.4057	0.2151	149	0.1456	2754	100
2.4057-2.4707	0.168	145	0.1528	2709	100
2.4707-2.5434	0.1846	145	0.1502	2733	100
2.5434-2.6255	0.1822	146	0.1458	2771	100
2.6255-2.7193	0.2022	144	0.1437	2747	100
2.7193-2.8282	0.1703	145	0.1537	2770	100
2.8282-2.9569	0.2387	141	0.1661	2726	100
2.9569-3.1128	0.2115	141	0.1757	2757	100
3.1128-3.3077	0.2515	147	0.1795	2745	100
3.3077-3.5631	0.1903	147	0.1674	2728	100
3.5631-3.9215	0.1683	147	0.1449	2746	100
3.9215-4.4886	0.1613	139	0.1229	2756	100
4.4886-5.6537	0.1472	145	0.1404	2763	100
5.6537-48.01	0.1723	144	0.1433	2739	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9789	-3.2781	-0.5106	6.8585	1.1916	0.7473	0.1565	0.3118	-0.3089	-0.1233	-0.0977	-0.2597	0.1332	0.081	-0.061	0.2981	-0.0169	-0.0537	0.3131	-0.078	0.299	-2.3456	-10.6864	20.1191
2	7.4673	-5.3172	2.2721	4.7829	-1.9198	1.412	-0.0899	-0.2151	-0.2621	0.0976	0.1846	0.3291	-0.0348	-0.243	-0.1073	0.2436	-0.037	0.0026	0.2391	0.0165	0.2066	-30.8021	20.9997	24.919
3	2.5478	-1.2387	-0.6623	3.0194	0.9831	1.5357	0.1186	0.3325	-0.3379	-0.1629	0.037	-0.3662	0.1847	0.1304	-0.1393	0.3013	0.0023	-0.0497	0.3133	-0.0962	0.3329	4.9795	-11.5644	19.1615
4	3.2318	0.4145	3.2692	8.8586	-3.3308	5.8595	0.0571	0.3072	0.0833	-0.3588	-0.0858	0.464	-0.2002	-0.1802	-0.0987	0.3174	0.0126	-0.0268	0.3173	-0.0443	0.3371	-11.7525	-6.1872	18.9748
5	2.9947	-1.2133	0.3786	2.125	0.1828	1.0935	0.1301	0.1634	-1.0232	0.244	0.0931	-0.3684	0.434	0.1986	-0.2097	0.5041	0.0625	-0.1543	0.2914	-0.044	0.6353	8.4195	-25.1688	28.9931
6	6.6626	1.9962	4.5019	2.253	1.9518	3.2549	0.3007	-1.139	-0.2114	0.9749	-0.168	0.0597	0.2743	-0.3642	-0.1356	0.4422	-0.0464	-0.0195	0.3657	0.0097	0.2843	-5.7779	-12.8385	35.6786
7	1.9782	1.7362	0.0969	2.0079	0.3995	0.1867	-0.0294	-0.1305	-0.0961	-0.2739	0.1893	0.6616	-0.0664	-0.0375	-0.1678	0.2761	-0.0221	-0.0139	0.3285	0.0029	0.3252	-18.7756	0.4886	28.5411
8	8.0523	-3.6975	-4.198	7.9866	3.0446	4.6016	-0.4733	-0.9189	-0.7327	0.9815	0.4066	0.7398	0.4462	0.2257	0.184	0.3339	0.0201	0.013	0.4391	0.1899	0.4396	-39.8272	16.4691	34.207
9	5.3589	1.7704	-1.5652	4.5449	-1.7253	4.7744	-0.0792	0.1895	-0.2762	-0.2269	0.1863	0.4387	0.2504	-0.4642	-0.0996	0.239	0.0387	-0.0658	0.2488	0.0279	0.3148	-37.0689	22.8362	18.7155
10	3.7407	-2.1481	-5.4061	7.668	6.6911	9.7675	0.5414	0.0853	0.4184	-0.4613	-0.322	0.3977	-1.2497	-0.4267	-0.3608	0.5196	0.0565	0.0257	0.3781	0.0749	0.3981	-34.6737	41.5912	23.6614

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 27:62)	A	27 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:111)	A	63 - 111
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 112:178)	A	112 - 178
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 179:190)	A	179 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:256)	A	191 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 257:273)	A	257 - 273
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 274:287)	A	274 - 287
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 288:313)	A	288 - 313
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 314:375)	A	314 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 376:385)	A	376 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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