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- PDB-7p41: Crystal Structure of human mARC1 A165T Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p41
タイトルCrystal Structure of human mARC1 A165T Variant
要素Mitochondrial amidoxime-reducing component 1,Endolysin,Mitochondrial amidoxime-reducing component 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / molybdenum Cofactor / molybdenum enzyme / molybdopterin / pyranopterin / mARC
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrate metabolic process / detoxification of nitrogen compound / nitric-oxide synthase complex / cellular detoxification of nitrogen compound / nitrate reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / molybdenum ion binding / Phase I - Functionalization of compounds / molybdopterin cofactor binding / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する ...nitrate metabolic process / detoxification of nitrogen compound / nitric-oxide synthase complex / cellular detoxification of nitrogen compound / nitrate reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / molybdenum ion binding / Phase I - Functionalization of compounds / molybdopterin cofactor binding / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / viral release from host cell by cytolysis / nitric oxide biosynthetic process / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / pyridoxal phosphate binding / lysozyme / lysozyme activity / mitochondrial outer membrane / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
MOSC, N-terminal beta barrel / MOSC N-terminal beta barrel domain / Molybdenum cofactor sulfurase, C-terminal / MOSC domain / MOSC domain profile. / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 ...MOSC, N-terminal beta barrel / MOSC N-terminal beta barrel domain / Molybdenum cofactor sulfurase, C-terminal / MOSC domain / MOSC domain profile. / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
oxidanyl(oxidanylidene)molybdenum / Chem-MTE / Endolysin / Mitochondrial amidoxime-reducing component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Struwe, M.A. / Scheidig, A.J.
引用ジャーナル: Hepatol Commun / 年: 2022
タイトル: Letter to the editor: The clinically relevant MTARC1 p.Ala165Thr variant impacts neither the fold nor active site architecture of the human mARC1 protein.
著者: Struwe, M.A. / Clement, B. / Scheidig, A.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Mitochondrial amidoxime-reducing component 1,Endolysin,Mitochondrial amidoxime-reducing component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3885
ポリマ－50,5461
非ポリマー8424
水10,341574
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.063, 74.887, 111.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#1: タンパク質 Mitochondrial amidoxime-reducing component 1,Endolysin,Mitochondrial amidoxime-reducing component 1 / mARC1 / Molybdenum cofactor sulfurase C-terminal domain-containing protein 1 / MOSC domain- ...mARC1 / Molybdenum cofactor sulfurase C-terminal domain-containing protein 1 / MOSC domain-containing protein 1 / Moco sulfurase C-terminal domain-containing protein 1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / mARC1 / Molybdenum cofactor sulfurase C-terminal domain-containing protein 1 / MOSC domain-containing protein 1 / Moco sulfurase C-terminal domain-containing protein 1


分子量: 50546.078 Da / 分子数: 1 / 変異: A165T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: MTARC1, MARC1, MOSC1, e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): TP1001
参照: UniProt: Q5VT66, UniProt: D9IEF7, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 578分子

#2: 化合物 ChemComp-EFK / oxidanyl(oxidanylidene)molybdenum


分子量: 128.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM bis-tris-propane, 5 mM sodium molybdate, 27.5 % PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→53.52 Å / Num. obs: 66911 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 20.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 21 / Num. measured all: 910173
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.6313.70.2394421032340.9860.0670.2489.197.3
8.76-53.52120.08952694380.9930.0270.0942893.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.34 Å31.92 Å
Translation6.34 Å31.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
RESOLVEモデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FW2

6fw2


解像度: 1.6→31.92 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1863 3327 4.98 %
Rwork0.16 63526 -
obs0.1613 66853 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.68 Å2 / Biso mean: 28.6048 Å2 / Biso min: 11.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→31.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 0 1275 574 4070
Biso mean--21.72 35.42 -
残基数----368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.620.2211460.17972562270897
1.62-1.650.21261280.17672588271697
1.65-1.670.21871280.16842590271898
1.67-1.70.21091460.1692601274797
1.7-1.730.20321300.17112584271498
1.73-1.760.19361310.16752625275698
1.76-1.790.21071310.17592603273497
1.79-1.830.23281460.1972591273799
1.83-1.870.23041270.18652635276298
1.87-1.910.22811460.17042575272197
1.91-1.960.20711300.17292641277198
1.96-2.020.1881230.1732654277799
2.02-2.080.18631420.17612626276899
2.08-2.140.20191510.17372636278798
2.14-2.220.19131330.16082624275799
2.22-2.310.21941400.16162673281399
2.31-2.410.18381480.15752649279799
2.41-2.540.19921360.15482679281599
2.54-2.70.17091190.1532688280799
2.7-2.910.17381300.15872676280698
2.91-3.20.16271600.155927082868100
3.2-3.660.18061420.148927152857100
3.66-4.610.161420.138627732915100
4.61-31.920.18741720.1672830300298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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