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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p1s | ||||||
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タイトル | Structure of KDNase from Trichophyton Rubrum in complex with 2,3-didehydro-2,3-dideoxy-D-glycero-D-galacto-nonulosonic acid. | ||||||
要素 | Extracellular sialidase/neuraminidase | ||||||
キーワード | CARBOHYDRATE / Carbohydrate Metabolism / Enzyme Structure / Protein Structure / KDN / KDNase / Sialic Acid / Sialidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trichophyton rubrum (紅色菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Gloster, T.M. / McMahon, S.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021 タイトル: Kinetic and Structural Characterization of Sialidases (Kdnases) from Ascomycete Fungal Pathogens. 著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / ...著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / Moore, M.M. / Bennet, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p1s.cif.gz | 317.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p1s.ent.gz | 254.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p1s_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p1s_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p1s_validation.xml.gz | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p1s_validation.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42214.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichophyton rubrum (紅色菌) / 遺伝子: A7C99_5399 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178EUH2 #2: 糖 | ChemComp-KFN / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG 1500 0.1M SPG pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→179.01 Å / Num. obs: 113657 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4982 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 55.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XCY 解像度: 1.92→179.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 7.704 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.97 Å2 / Biso mean: 31.141 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→179.01 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.968 Å / Rfactor Rfree error: 0
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