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- PDB-7p1s: Structure of KDNase from Trichophyton Rubrum in complex with 2,3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1s
タイトルStructure of KDNase from Trichophyton Rubrum in complex with 2,3-didehydro-2,3-dideoxy-D-glycero-D-galacto-nonulosonic acid.
要素Extracellular sialidase/neuraminidase
キーワードCARBOHYDRATE (炭水化物) / Carbohydrate Metabolism (炭水化物代謝) / Enzyme Structure / Protein Structure (タンパク質構造) / KDN / KDNase / Sialic Acid (シアル酸) / Sialidase (ノイラミニダーゼ)
機能・相同性BNR repeat-like domain / exo-alpha-sialidase activity / Sialidase family / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily / Chem-KFN / Extracellular sialidase/neuraminidase
機能・相同性情報
生物種Trichophyton rubrum (紅色菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Gloster, T.M. / McMahon, S.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of Sialidases (Kdnases) from Ascomycete Fungal Pathogens.
著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / ...著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / Moore, M.M. / Bennet, A.J.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular sialidase/neuraminidase
B: Extracellular sialidase/neuraminidase
C: Extracellular sialidase/neuraminidase
D: Extracellular sialidase/neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,95312
ポリマ－168,8604
非ポリマー1,0938
水13,799766
1
A: Extracellular sialidase/neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4883
ポリマ－42,2151
非ポリマー2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Extracellular sialidase/neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4883
ポリマ－42,2151
非ポリマー2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Extracellular sialidase/neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4883
ポリマ－42,2151
非ポリマー2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Extracellular sialidase/neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4883
ポリマ－42,2151
非ポリマー2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.646, 179.008, 97.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A5 - 383
2010B5 - 383
1020A5 - 383
2020C5 - 383
1030A5 - 383
2030D5 - 383
1040B4 - 384
2040C4 - 384
1050B4 - 384
2050D4 - 384
1060C4 - 384
2060D4 - 384

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Extracellular sialidase/neuraminidase


分子量: 42214.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichophyton rubrum (紅色菌) / 遺伝子: A7C99_5399 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178EUH2
#2: 糖
ChemComp-KFN / 2,6-anhydro-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid / (4S,5R,6R)-4,5-DIHYDROXY-6-[(1R,2R)-1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL]-5,6-DIHYDRO-4H-PYRAN-2-CARBOXYLIC ACID / 2-デオキシ-KDN


タイプ: D-saccharide / 分子量: 250.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG 1500 0.1M SPG pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→179.01 Å / Num. obs: 113657 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4982 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 55.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XCY

2xcy


解像度: 1.92→179.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 7.704 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2888 5690 5 %RANDOM
Rwork0.2598 ---
obs0.2612 107924 92.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.97 Å2 / Biso mean: 31.141 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.46 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→179.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11688 0 72 766 12526
Biso mean--24.59 29.47 -
残基数----1523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01912035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.94916318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.747325077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9351519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.93523.26546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.808151916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.52115108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022528
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A128570.05
12B128570.05
21A128350.05
22C128350.05
31A128050.05
32D128050.05
41B129730.05
42C129730.05
51B129170.05
52D129170.05
61C129540.04
62D129540.04
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.968 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 251 -
Rwork0.36 4729 -
obs--54.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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