+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p1r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Trichophyton Rubrum KDNase in complex with 2,3-difluoro-KDN | ||||||
要素 | Extracellular sialidase/neuraminidase | ||||||
キーワード | CARBOHYDRATE / Carbohydrate Metabolism / Enzyme Structure / Protein Structure / KDN / KDNase / Sialic Acid / Sialidase / Trichophyton rubrum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trichophyton rubrum (紅色菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Gloster, T.M. / McMahon, S.A. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021 タイトル: Kinetic and Structural Characterization of Sialidases (Kdnases) from Ascomycete Fungal Pathogens. 著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / ...著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / Moore, M.M. / Bennet, A.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p1r.cif.gz | 347.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7p1r.ent.gz | 277.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p1r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p1r_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7p1r_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7p1r_validation.xml.gz | 73.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p1r_validation.cif.gz | 112.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42214.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichophyton rubrum (紅色菌) / 遺伝子: A7C99_5399 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178EUH2 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 糖 | ChemComp-FKD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M SPG pH4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→95.2 Å / Num. obs: 158507 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7614 / CC1/2: 0.712 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XCY 解像度: 1.75→95.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.774 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.76 Å2 / Biso mean: 23.655 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→95.2 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|