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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p1d
タイトルStructure of KDNase from Aspergillus Terrerus in complex with 2-keto-3-deoxynononic acid
要素Sialidase domain-containing protein
キーワードCARBOHYDRATE / Carbohydrate Metabolism / Enzyme Structure / Protein Structure / KDN / KDNase / Sialic Acid / Sialidase
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
deamino-alpha-neuraminic acid / Sialidase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Gloster, T.M. / McMahon, S.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of Sialidases (Kdnases) from Ascomycete Fungal Pathogens.
著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / ...著者: Nejatie, A. / Steves, E. / Gauthier, N. / Baker, J. / Nesbitt, J. / McMahon, S.A. / Oehler, V. / Thornton, N.J. / Noyovitz, B. / Khazaei, K. / Byers, B.W. / Zandberg, W.F. / Gloster, T.M. / Moore, M.M. / Bennet, A.J.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1794
ポリマ－44,6021
非ポリマー5773
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.652, 67.045, 93.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sialidase domain-containing protein


分子量: 44602.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus terreus (strain NIH 2624 / FGSC A1156) (カビ)
株: NIH 2624 / FGSC A1156 / 遺伝子: ATEG_04964 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0CMX0
#2: 糖 ChemComp-KDM / deamino-alpha-neuraminic acid / alpha-deaminoneuraminic acid / 3-deoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / sialic acid / (2R,4S,5R,6R)-2,4,5-TRIHYDROXY-6-[(1R,2R)-1,2,3-TRIHYDROXYPROPYL]OXANE-2-CARBOXYLIC-ACID / 2,4α,5β-トリヒドロキシ-6α-[(1R,2R)-1,2,3-トリヒドロキシプロピル]テトラヒドロ-2H-ピラン(以下略)


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 268.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DKdnpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
2-keto-3-deoxy-a-D-nonulopyranosic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-KdnpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdnSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6K, 0.1M MES pH6 , 0.2M Calcium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→67.04 Å / Num. obs: 43029 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.74 Å / Num. unique obs: 2889 / CC1/2: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xcy

2xcy


解像度: 1.69→67.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.378 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 2213 5.1 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2023 40778 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.28 Å2 / Biso mean: 25.455 Å2 / Biso min: 15.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→67.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2943 0 37 319 3299
Biso mean--29.43 29.8 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023050
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.9544142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8293.0046240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8555381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.68122.95139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.83915462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7331528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02669
LS精密化 シェル解像度: 1.694→1.738 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 145 -
Rwork0.294 2740 -
all-2885 -
obs--90.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70180.16280.16721.07560.05650.7887-0.05190.11650.0953-0.03460.0679-0.06650.075-0.0063-0.0160.0244-0.0087-0.00290.0155-0.02250.18223.881-20.168-29.053
23.6912-2.3551-2.699912.19587.68015.3647-0.04070.44280.0611-0.9899-0.04620.0366-0.4952-0.08690.08690.2363-0.06190.04730.30070.09560.387320.348-7.995-43.665
36.63662.6718-0.49691.69420.13230.4236-0.19570.37540.7776-0.10590.2090.1384-0.0797-0.0372-0.01330.0621-0.0089-0.03330.04930.01180.35136.071-3.581-31.503
42.3315-0.31730.462.1427-0.16280.9362-0.0386-0.36720.5650.25770.0913-0.2647-0.02610.0686-0.05270.03120.0098-0.02440.0831-0.12920.458213.491-6.936-15.226
52.14280.0174-0.58891.0844-0.09831.77210.0798-0.2932-0.12020.28180.0398-0.35380.13430.2263-0.11960.1060.0124-0.07220.0577-0.03460.343916.1-24.503-13.063
61.93740.1452-0.67020.99070.20344.2283-0.0097-0.1837-0.23360.17120.0499-0.29730.22080.2012-0.04020.07460.0061-0.02390.0327-0.02610.23369.94-27.579-19.407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2A152 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3A174 - 206
4X-RAY DIFFRACTION4A207 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5A311 - 363
6X-RAY DIFFRACTION6A364 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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