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- PDB-7p18: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Ster... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p18
タイトルCrystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Sterolibacterium denitrificans in complex with 1,4-androstadiene-3,17-dione
要素3-oxosteroid 1-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / Dehydrogenase / 3-Ketosteroid Delta1-dehydrogenase / 3-Ketosteroid Dehydrogenase / 3-Oxosteroid Dehydrogenase / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxosteroid 1-dehydrogenase / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ANDROSTA-1,4-DIENE-3,17-DIONE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sterolibacterium denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Wojcik, P. / Mrugala, B. / Kurpiewska, K. / Szaleniec, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2016/21/B/ST4/03798 ポーランド
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structure, Mutagenesis, and QM:MM Modeling of 3-Ketosteroid Delta 1 -Dehydrogenase from Sterolibacterium denitrificans ─The Role of a New Putative Membrane-Associated Domain and ...タイトル: Structure, Mutagenesis, and QM:MM Modeling of 3-Ketosteroid Delta 1 -Dehydrogenase from Sterolibacterium denitrificans ─The Role of a New Putative Membrane-Associated Domain and Proton-Relay System in Catalysis.
著者: Wojcik, P. / Glanowski, M. / Mrugala, B. / Procner, M. / Zastawny, O. / Flejszar, M. / Kurpiewska, K. / Niedzialkowska, E. / Minor, W. / Oszajca, M. / Bojarski, A.J. / Wojtkiewicz, A.M. / Szaleniec, M.
#1: ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: 1,2-Hydrogenation and Transhydrogenation Catalyzed by 3-Ketosteroid Delta 1 -Dehydrogenase from Sterolibacterium denitrificans -Kinetics, Isotope Labelling and QM:MM Modelling Studies.
著者: Wojtkiewicz, A.M. / Glanowski, M. / Waligorski, P. / Janeczko, T. / Szaleniec, M.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
B: 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,54114
ポリマ－122,8562
非ポリマー2,68512
水14,880826
1
A: 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, K. Sofinska, A. M. Wojtkiewicz, P. Wojcik, O. Zastawny, M. Guzika, A. Winiarska, P. Waligorski, M. Ciesla, J. Barbasz, M. Szaleniec, Investigation of quaternary structure of ...根拠: microscopy, K. Sofinska, A. M. Wojtkiewicz, P. Wojcik, O. Zastawny, M. Guzika, A. Winiarska, P. Waligorski, M. Ciesla, J. Barbasz, M. Szaleniec, Investigation of quaternary structure of aggregating 3-ketosteroid dehydrogenase from Sterolibacterium denitrificans: In the pursuit of consensus of various biophysical techniques, BBA - General Subjects, 1863 (2019) 1027-1039, gel filtration, The monomeric fraction of the protein was obtained in 50 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM NaCl, 0.2% Tween 20, 0.5 mM TCEP.
  • 63.1 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,11510
ポリマ－61,4281
非ポリマー1,6889
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4264
ポリマ－61,4281
非ポリマー9983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.369, 130.369, 139.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 560 / Label seq-ID: 5 - 560

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-oxosteroid 1-dehydrogenase / Cholest-4-en-3-one-delta1-dehydrogenase


分子量: 61427.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sterolibacterium denitrificans (バクテリア)
遺伝子: acmB, SDENCHOL_10486 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: A9XWD7, 3-oxosteroid 1-dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 838分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ANB / ANDROSTA-1,4-DIENE-3,17-DIONE / アンドロスタ-1,4-ジエン-3,17-ジオン


分子量: 284.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 826 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 % / 解説: bright yellow rhombohedral crystal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 293 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月17日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→47.71 Å / Num. obs: 119085 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.129 / Net I/av σ(I): 1.6 / Net I/σ(I): 1.6
反射 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.719 / Num. unique obs: 5860 / CC1/2: 0.515 / Rpim(I) all: 0.753 / Rrim(I) all: 0.486 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
CrysalisProデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C3Y

4c3y


解像度: 1.84→47.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.25 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21401 2100 1.8 %RANDOM
Rwork0.18461 ---
obs0.18514 116410 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.846 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.25 Å20 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→47.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8567 0 181 826 9574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0139074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.64512321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3671.57619282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.03151135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02721.688462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34151445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6951565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.173.5894513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1683.5894512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2425.3765657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2425.3775658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6693.9744561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6683.9744562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3735.8146665
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.37742.79710493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.28942.4710288
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18580 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.887 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 152 -
Rwork0.278 8438 -
obs--98.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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