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- PDB-7p0l: Crystal structure of S.pombe Mdb1 BRCT domains in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0l
タイトルCrystal structure of S.pombe Mdb1 BRCT domains in complex with a H2A phosphopeptide
要素
  • DNA damage response protein Mdb1
  • Histone H2A-beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / DNA damage response
機能・相同性
機能・相同性情報


Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / Ub-specific processing proteases / HDACs deacetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape ...Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / Ub-specific processing proteases / HDACs deacetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Transcriptional regulation by small RNAs / mating-type region heterochromatin / mitotic DNA damage checkpoint signaling / chromosome, subtelomeric region / mitotic spindle midzone / homologous chromosome segregation / rDNA heterochromatin / chromatin-protein adaptor activity / mitotic chromosome condensation / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / pericentric heterochromatin / structural constituent of chromatin / nucleosome / site of double-strand break / heterochromatin formation / double-strand break repair / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain ...: / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage response protein Mdb1 / Histone H2A-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Day, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
Cancer Research UKC302/A24386 英国
引用
ジャーナル: DNA Repair (Amst) / 年: 2021
タイトル: Phosphorylation-dependent assembly of DNA damage response systems and the central roles of TOPBP1.
著者: Day, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage response protein Mdb1
B: DNA damage response protein Mdb1
C: Histone H2A-beta
D: Histone H2A-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8764
ポリマ－47,8764
非ポリマー00
水2,864159
1
A: DNA damage response protein Mdb1
C: Histone H2A-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9382
ポリマ－23,9382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
2
B: DNA damage response protein Mdb1
D: Histone H2A-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9382
ポリマ－23,9382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.380, 42.050, 96.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 387 - 581 / Label seq-ID: 5 - 199

Dom-IDComponent-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and (resid 387 through 404 or (resid 405...AA
22(chain 'B' and (resid 387 through 507 or (resid 508...BB

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要素

#1: タンパク質 DNA damage response protein Mdb1 / BRCT domain protein Mdb1 / Midzone and DNA break-localizing protein 1


分子量: 22696.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mdb1, SPAC2E11.14, SPACUNK4.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14079
#2: タンパク質・ペプチド Histone H2A-beta / H2A.2


分子量: 1241.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
参照: UniProt: P04910
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM Magnesium Chloride 100mM TRIS pH 8.0 30% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.12 Å / Num. obs: 23405 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 35.94 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 1.087
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Num. unique obs: 1720 / Rpim(I) all: 0.383

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P0J

7p0j


解像度: 1.97→48.12 Å / SU ML: 0.2648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0307
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 1158 4.95 %
Rwork0.2078 22234 -
obs0.2098 23392 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 0 159 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81864289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0499499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.29731178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.060.3521420.27242758X-RAY DIFFRACTION99.28
2.06-2.170.29011440.25582752X-RAY DIFFRACTION98.47
2.17-2.30.32631420.23352735X-RAY DIFFRACTION97.66
2.3-2.480.27171820.2132748X-RAY DIFFRACTION99.66
2.48-2.730.29381030.20642826X-RAY DIFFRACTION99.32
2.73-3.130.24261440.21412816X-RAY DIFFRACTION99.46
3.13-3.940.23331290.19162787X-RAY DIFFRACTION97.82
3.94-48.120.21961720.19882812X-RAY DIFFRACTION97.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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