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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p0d | ||||||
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タイトル | URATE OXIDASE WITH 8-AZAXANTHINE UNDER 310 MPA PRESSURE | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HPMX / purine metabolism / tetramer / T-fold domain / peroxisome | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Colloc'h, N. / Prange, T. / Girard, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization 著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / Girard, E. / Colloc'h, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 966.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 970.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6i9xC ![]() 6i9zC ![]() 6ia1C ![]() 6ia3C ![]() 6ia9C ![]() 6ic1C ![]() 6rgmC ![]() 7p0cC ![]() 7p0gC ![]() 7pufC ![]() 7pwnC ![]() 7q09C ![]() 4op9S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 断片: URICASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: 20 MG/ML URATE OXIDASE, 8-AZAXANTHINE CONCENTRATION IN EXCESS, 50 MM TRIS/ACETATE, 8% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI 111 double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.58183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.506 Å / Num. obs: 15109 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.139 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2216 / Rsym value: 0.635 / % possible all: 97.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.365
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 4OP9 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.89 Å2 / Biso mean: 49.02 Å2 / Biso min: 25.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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