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- PDB-7oxp: Cryo-EM structure of yeast Sei1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oxp
タイトルCryo-EM structure of yeast Sei1
要素BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipid droplet formation / lipid binding / seipin
機能・相同性SEI1 isoform 1
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Deme, J.C. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 8件
組織認可番号国
Wellcome Trust208361/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust219477/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P01948X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R002517/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S003339/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S009213/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R018375/1 英国
Wellcome Trust202642/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Mechanism of lipid droplet formation by the yeast Sei1/Ldb16 Seipin complex.
著者: Yoel A Klug / Justin C Deme / Robin A Corey / Mike F Renne / Phillip J Stansfeld / Susan M Lea / Pedro Carvalho /
要旨: Lipid droplets (LDs) are universal lipid storage organelles with a core of neutral lipids, such as triacylglycerols, surrounded by a phospholipid monolayer. This unique architecture is generated ...Lipid droplets (LDs) are universal lipid storage organelles with a core of neutral lipids, such as triacylglycerols, surrounded by a phospholipid monolayer. This unique architecture is generated during LD biogenesis at endoplasmic reticulum (ER) sites marked by Seipin, a conserved membrane protein mutated in lipodystrophy. Here structural, biochemical and molecular dynamics simulation approaches reveal the mechanism of LD formation by the yeast Seipin Sei1 and its membrane partner Ldb16. We show that Sei1 luminal domain assembles a homooligomeric ring, which, in contrast to other Seipins, is unable to concentrate triacylglycerol. Instead, Sei1 positions Ldb16, which concentrates triacylglycerol within the Sei1 ring through critical hydroxyl residues. Triacylglycerol recruitment to the complex is further promoted by Sei1 transmembrane segments, which also control Ldb16 stability. Thus, we propose that LD assembly by the Sei1/Ldb16 complex, and likely other Seipins, requires sequential triacylglycerol-concentrating steps via distinct elements in the ER membrane and lumen.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年10月13日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年10月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13103
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13103
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
B: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
C: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
D: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
E: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
F: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
G: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
H: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
I: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1
J: BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,64110
ポリマ－366,64110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21610 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area115300 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1,BJ4_G0032880.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0030540.mRNA.1.CDS.1 / Seipin / Y55_G0030470.mRNA.1.CDS.1


分子量: 36664.125 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4180, PACBIOSEQ_LOCUS4257, PACBIOSEQ_LOCUS4334, SCNYR20_0004039900, SCP684_0004039500
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUS7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: homodecamer of Sei1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C10 (10回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234898 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00219090
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54625840
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0342470
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0423030
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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