[日本語] English
万見
- PDB-7ox4: Mouse interleukin-9 in complex with Fab 35D8. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ox4
タイトルMouse interleukin-9 in complex with Fab 35D8.
要素
  • Heavy chain (Fab 35D8)
  • Interleukin-9Interleukin 9
  • Light chain (Fab 35D8)
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / IL-9 / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity ...interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of cell growth / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-9 / Interleukin-7/Interleukin-9, conserved site / Interleukin-7 and -9 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Interleukin-9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者De Vos, T. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S56318N ベルギー
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the mechanism and antagonism of receptor signaling mediated by Interleukin-9 (IL-9)
著者: De Vos, T. / Godar, M. / Bick, F. / Papageorgiou, A.C. / Evangelidis, T. / Markovic, I. / Mortier, E. / Dumoutier, L. / Tripsianes, K. / Blanchetot, C. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heavy chain (Fab 35D8)
B: Light chain (Fab 35D8)
C: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,09217
ポリマ－61,1953
非ポリマー89714
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-348 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.210, 78.920, 192.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-564-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Interleukin-9 / Interleukin 9 / IL-9 / Cytokine P40 / T-cell growth factor P40


分子量: 14597.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15247

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Heavy chain (Fab 35D8)


分子量: 24150.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain (Fab 35D8)


分子量: 22446.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 330分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Zinc acetate, 23% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.02 Å / Num. obs: 49669 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Num. unique obs: 7855 / CC1/2: 0.443

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZS7, 5BV7

4zs7

5bv7


解像度: 1.8→48.02 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 2482 5 %
Rwork0.1834 47165 -
obs0.1857 49647 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.15 Å2 / Biso mean: 40.6289 Å2 / Biso min: 14.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4087 0 23 316 4426
Biso mean--58.75 42.41 -
残基数----543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.37081300.34062499262997
1.84-1.870.34411380.292926192757100
1.87-1.910.29351360.264125682704100
1.91-1.960.27481380.238826332771100
1.96-2.010.3141350.237625692704100
2.01-2.060.30981370.236525952732100
2.06-2.120.27111380.225826252763100
2.12-2.190.25611370.216225942731100
2.19-2.270.26051370.20226002737100
2.27-2.360.25621360.19425902726100
2.36-2.470.20581380.18626312769100
2.47-2.60.26271380.182126212759100
2.6-2.760.21461390.186726252764100
2.76-2.970.21811380.176626322770100
2.97-3.270.22521400.176826542794100
3.27-3.740.20871390.162426502789100
3.74-4.720.17951410.144126692810100
4.72-48.020.21031470.165227912938100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17930.24020.88570.38770.95464.87570.0463-0.33070.10980.2187-0.18860.16770.1334-0.45930.06560.2615-0.03680.07630.2311-0.05120.2286-25.5868-2.205225.9129
23.1275-2.64740.40065.5144-0.01080.7277-0.02420.0906-0.01030.0691-0.0695-0.14690.10930.10840.08420.13710.01650.01630.15460.00540.1603-13.9194-22.28614.0849
33.3939-1.041-2.15582.03541.93545.17030.1606-0.3150.18860.2962-0.0472-0.1895-0.01150.2282-0.11160.2315-0.0315-0.01280.2639-0.02040.1995-3.57321.462128.7723
45.17851.61251.50562.30591.29863.13530.1131-0.34950.23090.1208-0.08820.0761-0.006-0.211-0.01240.14620.03070.00590.1749-0.00130.2278-4.5939-13.4769-2.1243
57.03532.0242.29463.89871.54853.6359-0.06270.52140.0899-0.22650.13990.0002-0.07890.0318-0.04020.1754-0.00160.00960.1830.03920.1859-2.7404-15.0642-10.2812
64.0913-1.97450.54715.9088-2.88132.1072-0.12910.2997-0.0350.1701-0.008-0.0224-0.398-0.70390.17370.41750.00020.03530.3752-0.06780.2315-25.38956.574347.8084
78.11211.02850.53425.9860.2227.36710.048-1.1610.4591.4744-0.48140.18720.14340.34960.61920.691-0.08760.02510.6347-0.04130.4176-25.22583.478168.4418
83.6002-0.1264-0.73595.76921.41065.61350.0406-0.48970.32680.40270.0909-0.3004-0.70850.5239-0.16250.4406-0.08870.00360.419-0.08220.2764-18.34311.763955.1438
91.7815-0.43151.04694.48192.08922.29290.3828-0.42070.8683-0.1064-0.00240.6882-0.98120.3926-0.34210.9781-0.02390.1290.6305-0.1560.5285-23.014222.601957.0163
104.99350.9868-0.6673.7707-3.87794.01640.22880.33160.61410.07440.27980.7416-0.852-0.6381-0.44140.61480.08330.05440.4896-0.06920.4243-28.497514.640651.3179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 224 )A130 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 115 )B2 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 116 through 175 )B116 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 176 through 211 )B176 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 21 through 37 )C21 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 38 through 56 )C38 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 57 through 101 )C57 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 102 through 120 )C102 - 120
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 121 through 139 )C121 - 139

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る