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万見
- PDB-7ox3: Fab 6D3: hIL-9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ox3
タイトルFab 6D3: hIL-9 complex
要素
  • Heavy chain (Fab 6D3)
  • Interleukin-9
  • Light chain (Fab 6D3)
キーワードCYTOKINE / IL-9 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / immunoglobulin mediated immune response / B cell proliferation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity ...interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / immunoglobulin mediated immune response / B cell proliferation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of cell growth / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-9 / Interleukin-7/Interleukin-9, conserved site / Interleukin-7 and -9 signature. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者De Vos, T. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S56318N ベルギー
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the mechanism and antagonism of receptor signaling mediated by Interleukin-9 (IL-9)
著者: De Vos, T. / Godar, M. / Bick, F. / Papageorgiou, A.C. / Evangelidis, T. / Markovic, I. / Mortier, E. / Dumoutier, L. / Tripsianes, K. / Blanchetot, C. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Light chain (Fab 6D3)
A: Heavy chain (Fab 6D3)
C: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4408
ポリマ－60,9593
非ポリマー4805
水7,638424
1
B: Light chain (Fab 6D3)
A: Heavy chain (Fab 6D3)
ヘテロ分子

C: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4408
ポリマ－60,9593
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area5260 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.480, 81.860, 116.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-546-

HOH

21B-556-

HOH

31C-371-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Light chain (Fab 6D3)


分子量: 22661.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain (Fab 6D3)


分子量: 23746.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Interleukin-9 / IL-9 / Cytokine P40 / T-cell growth factor P40


分子量: 14551.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15248
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Tris, 16% PEG 1500, pH 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.64 Å / Num. obs: 63819 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.59
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Num. unique obs: 10037 / CC1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NIV, 6CT7

5niv

6ct7


解像度: 1.7→48.64 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 3188 5 %
Rwork0.1764 60614 -
obs0.1781 63802 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108 Å2 / Biso mean: 40.291 Å2 / Biso min: 18.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4097 0 25 424 4546
Biso mean--71.13 45.12 -
残基数----543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.730.38581290.33582479260895
1.73-1.750.29851380.28832611274999
1.75-1.780.31811360.25842585272198
1.78-1.810.26221350.247325762711100
1.81-1.850.29331380.23932610274899
1.85-1.880.25671380.2226162754100
1.88-1.920.27951360.222596273299
1.92-1.960.25981380.20852618275699
1.96-2.010.24731350.1962584271998
2.01-2.060.21211380.19342622276099
2.06-2.110.23821380.189626262764100
2.11-2.170.25061380.181726162754100
2.17-2.240.21221390.18672633277299
2.24-2.320.21641380.171426342772100
2.32-2.420.23181400.188326492789100
2.42-2.530.24281390.191526442783100
2.53-2.660.24321390.19372635277499
2.66-2.830.22571400.185826642804100
2.83-3.050.20421400.18232665280599
3.05-3.350.23311410.179226842825100
3.35-3.840.1651420.157627012843100
3.84-4.830.17131450.133727392884100
4.83-48.640.17721480.16112827297598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.48021.5927-2.67923.0636-2.48035.61680.09140.26760.17930.10330.1170.1297-0.3125-0.1909-0.19830.19810.0106-0.00130.1873-0.00420.183414.653334.69731.5127
21.32650.94840.33675.3962.08792.34590.16490.1014-0.1623-0.127-0.37010.2313-0.0099-0.35570.18140.18550.04090.00910.4507-0.15090.335616.637522.0013-4.8693
31.58991.22841.18071.00491.22174.9134-0.03830.2928-0.21160.00830.17230.04660.4328-0.0084-0.11560.2555-0.0222-0.00330.2212-0.01760.21875.662614.792533.6109
47.27452.2614-2.61781.195-0.10262.44450.04360.005-0.9860.1048-0.0504-0.62720.31290.31220.03330.24370.0191-0.05920.309-0.06090.519916.93779.34886.2181
52.86730.1493-0.90512.7196-0.26032.87290.0084-0.31120.04360.2256-0.0595-0.00970.04110.17990.06360.2371-0.0125-0.01590.21280.00170.16643.869825.297763.0938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 3 through 108 )B3 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 109 through 211 )B109 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 116 )A1 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 117 through 220 )A117 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 20 through 138 )C20 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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