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- PDB-7ovc: Structure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ovc
タイトルStructure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-terminal UFC1-binding motif.
要素
  • Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
キーワードLIGASE / UFM1 / UBA5 / UFC1 / ufmylation / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 activating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process ...UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 activating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / brain development / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Wesch, W. / Loehr, F. / Rogova, N. / Doetsch, V. / Rogov, V.V.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1173 ドイツ
European Union (EU)875510European Union
The Structural Genomic Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: A Concerted Action of UBA5 C-Terminal Unstructured Regions Is Important for Transfer of Activated UFM1 to UFC1.
著者: Wesch, N. / Lohr, F. / Rogova, N. / Dotsch, V. / Rogov, V.V.
履歴
登録2021年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5212
ポリマ－22,5212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2100 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1


分子量: 19486.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / プラスミド: pET39_Ub19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB T7 express / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1


分子量: 3034.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1 / プラスミド: pET39_Ub19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB T7 Express / 参照: UniProt: Q9GZZ9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D [15N,1H]-TROSY-(H)C(CC)(CO)NH-TOCSY
121isotropic13D [15N,1H]-TROSY-H(C)(CC)(CO)NH-TOCSY
131isotropic43D BEST-[15N,1H]-TROSY-HN(CA)CB
141isotropic43D F1-13C/15N-filtered NOESY-[13C,1H]-HSQC
151isotropic43D F1-13C/15N-filtered NOESY-[15N,1H]-SOFAST-HMQC
161isotropic43D F1-13C/15N-filtered NOESY-[13C,1H]-SOFAST-HMQC (aro)
171isotropic43D NOESY-[13C,1H]-SOFAST-HMQC (aro)
181isotropic43D NOESY-[13C,1H]-HSQC (aliphatic region)
191isotropic43D NOESY-BEST-[15N,1H]-TROSY
1102isotropic43D BEST-[15N,1H]-TROSY-HNCA
1112isotropic43D BEST-[15N,1H]-TROSY-HN(CA)CB
1122isotropic43D F1-13C/15N-filtered NOESY-[13C,1H]-HSQC
1132isotropic13D [15N,1H]-TROSY-(H)C(CC)(CO)NH-TOCSY
1142isotropic33D NOESY [13C,1H]-HSQC
1152isotropic53D [15N,1H]-TROSY-H(CC)(CO)NH-TOCSY
1162isotropic23D NOESY-[15N,1H]-SOFAST-HMQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 1.0 mM Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O13C,15N-UFC1_NL-UBA5-R395% H2O/5% D2O
solution21.2 mM Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O13C,15N-UBA5-R3_NL-UFC195% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMUbiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMUbiquitin-like modifier-activating enzyme 5natural abundance1
50 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
5 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance1
0.15 mMDSSnatural abundance1
1.2 mMUbiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1natural abundance2
0.3 mMUbiquitin-like modifier-activating enzyme 5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMTRISnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMTCEPnatural abundance2
5 mMAEBSF protease inhibitornatural abundance2
0.15 mMDSSnatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: Condition_1 / pH: 7.5 / PH err: 0.05 / 圧: AMBIENT atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6005
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.2Bruker Biospincollection
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALp1.4Koradi, R., Billeter, M. and Guentert, P精密化
Sparky3.114Goddardpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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