PDB-7os6: Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7os6

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV (monoclinic form MP1)

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / amidohydrolase / Rhizobium etli

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / ETHANOL / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site.
著者: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2021年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Derived calculations / カテゴリ: atom_type / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7os6.cif.gz	523.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7os6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7os6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7os6_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7os6_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7os6_validation.xml.gz	64 KB	表示
CIF形式データ	7os6_validation.cif.gz	98.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7os3C 7os5C 7ou1C 7oz6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nai-1 6k0g-1 7ou1-2 1a9y-1 2vxy-1 2c20-3 1udc-1 7ou1-1 7os6-2 1kvr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/XBX6JE / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/XBX6JE

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: L-asparaginase

DDD: L-asparaginase

BBB: L-asparaginase

CCC: L-asparaginase

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

DDD: L-asparaginase

CCC: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: L-asparaginase

BBB: L-asparaginase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.812, 91.044, 113.662
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.075, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	DDD
3	2	AAA
4	2	BBB
5	3	AAA
6	3	CCC
7	4	DDD
8	4	BBB
9	5	DDD
10	5	CCC
11	6	BBB
12	6	CCC

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	1	AAA	A	4 - 352	10 - 358
2	1	1	SER	SER	1	DDD	B	4 - 352	10 - 358
3	2	2	SER	SER	2	AAA	A	4 - 352	10 - 358
4	2	2	SER	SER	2	BBB	C	4 - 352	10 - 358
5	3	3	SER	SER	3	AAA	A	4 - 352	10 - 358
6	3	3	SER	SER	3	CCC	D	4 - 352	10 - 358
7	4	4	PRO	PRO	4	DDD	B	3 - 352	9 - 358
8	4	4	PRO	PRO	4	BBB	C	3 - 352	9 - 358
9	5	5	PRO	PRO	5	DDD	B	3 - 352	9 - 358
10	5	5	PRO	PRO	5	CCC	D	3 - 352	9 - 358
11	6	6	PRO	PRO	6	BBB	C	3 - 352	9 - 358
12	6	6	PRO	PRO	6	CCC	D	3 - 352	9 - 358

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAADDDBBBCCC

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 39570.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase 由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌) 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / プラスミド: pET151D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: Q2K0Z2

#1: タンパク質

L-asparaginase

分子量: 39570.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase
由来: (組換発現)

Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / プラスミド: pET151D-TOPO / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: Q2K0Z2

-
非ポリマー , 6種, 1560分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 mM n-octyl-beta-D-thioglucoside

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→77.22 Å / Num. obs: 287575 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.93 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.43→1.52 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 45258 / CC_1/2: 0.671 / R_rim(I) all: 0.952 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: XXXX

解像度: 1.43→77.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.439 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	1000	0.348 %
R_work	0.1585	286572	-
all	0.159	-	-
obs	-	287572	99.291 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.678 Å²	-0 Å²	0.703 Å²
2-	-	-0.705 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→77.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10352	0	47	1543	11942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	10318
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.618	14706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.521	1.58	23770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.283	5	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.099	20.215	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.628	15	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.708	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	9687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	5307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.122	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.175	1.569	5701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.169	1.568	5699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.846	2.348	7151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.842	2.348	7151
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.927	1.8	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.927	1.801	5149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.977	2.608	7516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.977	2.608	7517
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.817	20.558	12716
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.734	20.35	12619
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.058	0.05	11483
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.072	0.05	11343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.073	0.05	11298
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.069	0.05	11421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.073	0.05	11393
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.059	0.05	11508

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05834	0.05009
1	2	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05834	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07232	0.05008
2	4	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07232	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07346	0.05008
3	6	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07346	0.05008
4	7	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06912	0.05008
4	8	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06912	0.05008
5	9	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07308	0.05008
5	10	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07308	0.05008
6	11	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0594	0.05009
6	12	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0594	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.467	0.313	70	0.318	19896	X-RAY DIFFRACTION	93.16
1.467-1.507	0.269	71	0.266	20605	X-RAY DIFFRACTION	99.8117
1.507-1.551	0.292	71	0.237	20194	X-RAY DIFFRACTION	99.8965
1.551-1.599	0.263	68	0.218	19601	X-RAY DIFFRACTION	99.7768
1.599-1.651	0.245	66	0.2	18915	X-RAY DIFFRACTION	99.7687
1.651-1.709	0.239	64	0.186	18315	X-RAY DIFFRACTION	99.913
1.709-1.773	0.181	62	0.17	17773	X-RAY DIFFRACTION	99.9328
1.773-1.846	0.186	59	0.165	17047	X-RAY DIFFRACTION	99.9066
1.846-1.928	0.174	57	0.153	16351	X-RAY DIFFRACTION	99.8054
1.928-2.022	0.132	55	0.136	15644	X-RAY DIFFRACTION	99.8156
2.022-2.131	0.148	52	0.134	14865	X-RAY DIFFRACTION	99.8394
2.131-2.26	0.138	49	0.134	14097	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
2.26-2.416	0.178	46	0.131	13212	X-RAY DIFFRACTION	99.6093
2.416-2.61	0.146	43	0.131	12307	X-RAY DIFFRACTION	99.5005
2.61-2.858	0.16	40	0.136	11390	X-RAY DIFFRACTION	99.9388
2.858-3.195	0.21	35	0.148	10247	X-RAY DIFFRACTION	99.7865
3.195-3.688	0.153	32	0.146	9063	X-RAY DIFFRACTION	99.2254
3.688-4.515	0.189	27	0.138	7710	X-RAY DIFFRACTION	99.7679
4.515-6.374	0.16	21	0.167	5986	X-RAY DIFFRACTION	99.569
6.374-77.22	0.122	12	0.175	3353	X-RAY DIFFRACTION	99.0288

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1197	-0.0932	-0.1378	0.2518	0.0976	0.184	-0.0083	-0.0268	0.0125	-0.0228	0.004	-0.0137	0.0228	0.0492	0.0043	0.0127	0.0175	0.0042	0.0298	0.0066	0.0127	29.5955	38.5123	51.1223
2	0.0964	0.1103	-0.073	0.2326	-0.0523	0.1747	-0.0033	0.006	0.0267	0.0169	-0.0125	0.0341	0.0275	-0.017	0.0158	0.0102	-0.0021	0.0036	0.013	-0.0046	0.0198	-36.4348	35.259	5.4428
3	0.0846	-0.1139	0.0378	0.2857	-0.0435	0.0994	0.0099	-0.0044	-0.0121	-0.0205	-0.0225	0.0097	-0.0064	-0.0226	0.0126	0.0144	0.01	-0.0021	0.0244	-0.0028	0.0063	-4.0373	55.1855	51.1522
4	0.0653	0.0947	0.0298	0.2951	0.0425	0.0611	0.0013	-0.0047	-0.0176	0.008	-0.0104	-0.0163	-0.0153	0.0145	0.0091	0.0184	-0.0052	-0.001	0.0191	0.0059	0.0119	-3.2155	52.9552	5.1951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	4 - 352
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	354
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	355
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	358 - 738
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DDD	3 - 352
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DaD	353
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DbD	354
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DcD	355
9	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DdD	356
10	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DeD	362
11	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DfD	363
12	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DgD	365
13	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	DhD	366 - 769
14	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	3 - 352
15	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BaB	353
16	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BbB	354
17	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BcB	355
18	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BdB	356 - 752
19	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	CCC	3 - 352
20	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	CaC	353
21	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	CbC	354
22	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	CcC	355
23	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	CdC	356 - 760

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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