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- PDB-7oqy: Cryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oqy
タイトルCryo-EM structure of the cellular negative regulator TFS4 bound to the archaeal RNA polymerase
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 10
  • (DNA-directed RNA polymerase, subunit ...) x 3
  • Conserved protein
キーワードTRANSCRIPTION / negative regulator / inhibitor / Archaea / Sso TFS4 / trancript cleavage factor
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / defense response to virus ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / defense response to virus / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 ...RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / : / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 ...FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / Transcription factor S4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Pilotto, S. / Fouqueau, T. / Lukoyanova, N. / Sheppard, C. / Lucas-Staat, S. / Diaz-Santin, L.M. / Matelska, D. / Prangishvili, D. / Cheung, A.C.M. / Werner, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust207446/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors.
著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner /
要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22021年11月3日Group: Data collection
カテゴリ: em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13034
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit A'
B: DNA-directed RNA polymerase subunit B
C: DNA-directed RNA polymerase subunit A''
D: DNA-directed RNA polymerase subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase, subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase, subunit G
H: DNA-directed RNA polymerase subunit H
K: DNA-directed RNA polymerase subunit K
L: DNA-directed RNA polymerase subunit L
N: DNA-directed RNA polymerase subunit N
P: DNA-directed RNA polymerase subunit P
Q: Conserved protein
Y: DNA-directed RNA polymerase, subunit M (RpoM-2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,52724
ポリマ－415,68414
非ポリマー84310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, BS3 was used to cross-link the complex
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area69760 Å2
ΔGint-462 kcal/mol
Surface area136430 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 10種, 10分子 ABCDEHKLNP

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A' / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOA' (RPO1N)


分子量: 99929.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOA' (RPO1N)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P11512, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit B / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOB (RPO2)


分子量: 126647.102 Da / 分子数: 1 / Mutation: V772I natural variant / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOB (RPO2)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: P11513, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit A'' / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOA'' (RPO1C)


分子量: 44507.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOA'' (RPO1C)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P11514, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit D / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOD (RPO3)


分子量: 29858.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOD (RPO3)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P39471, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit E / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOE (RPO7)


分子量: 20496.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOE (RPO7)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P39466, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit H / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOH (RPO5)


分子量: 9477.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOH (RPO5)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P11521, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit K / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOK (RPO6)


分子量: 10251.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOK (RPO6)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P39463, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit L / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOL (RPO11)


分子量: 10061.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOL (RPO11)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P46217, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit N / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPON (RPO10)


分子量: 7673.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPON (RPO10)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: P39472, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit P / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOP (RPO12)


分子量: 5662.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOP (RPO12)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
参照: UniProt: Q4JAE8, DNA-directed RNA polymerase

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DNA-directed RNA polymerase, subunit ... , 3種, 3分子 FGY

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit F / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOF (RPO4)


分子量: 13070.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOF (RPO4)
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: Q4JB12, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOG (RPO8)


分子量: 15292.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPOG (RPO8)
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
遺伝子: rpoG, Saci_0661
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
発現宿主: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4JAY4, DNA-directed RNA polymerase
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit M (RpoM-2) / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoM-2 (TFS4)


分子量: 10422.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA-directed RNA polymerase subunit RpoM-2 (TFS4)
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: rpoM-2, SSO9221 / プラスミド: pET21a+
詳細 (発現宿主): Cloned within NdeI and XhoI restriction sites with a stop codon at the end of the protein sequence
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 Rosetta2 / 参照: UniProt: Q97X43, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 1分子 Q

#13: タンパク質 Conserved protein / DNA-dependent RNA polymerase subunit RPO13


分子量: 12331.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA-dependent RNA polymerase subunit RPO13
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
Plasmid details: genetically manipulated to insert an additional copy of Rpo8 with a hexa-his tag at the C-terminus
参照: UniProt: Q4JAJ6

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TFS4 bound to the RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.414 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepesC8H18N2O4S1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
4100 microMzinc sulfateZnSO41
55 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: the sample was applied twice on the grid before vetrification
試料支持詳細: the grid was coated with graphene oxide after to be glow discharged and before applying the sample
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 45.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1760
詳細: images were collected as movie-stacks of 40 frames in super resolution mode
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択Laplacian method
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正within Relion
7PHENIX1.15.2モデルフィッティングfit to map
9RELION3初期オイラー角割当2D classification
10RELION3最終オイラー角割当3D classification
11RELION3分類3D classification
12RELION3３次元再構成3D refinement
13PHENIX1.19.2モデル精密化real space refinement
14Coot0.8.9.1モデル精密化manual editing when needed
画像処理詳細: All images were binned 2x, aligned and summed by using MotionCor2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1161535
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 350682 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築PDB-ID: 7OK0

7ok0


Accession code: 7OK0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00328492
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48938454
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5293889
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0454382
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044926

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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