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- PDB-7oqb: The U2 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oqb
タイトルThe U2 part of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 5
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • ACT1 pre-mRNA (delta-BS-A)
  • Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
  • Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5
  • Protein HSH49
  • RDS3 complex subunit 10
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 snRNA
  • U2 snRNP component HSH155
キーワードSPLICING / S. cerevisiae / pre-A complex / Prp5 / U1 snRNP / U2 snRNP / prespliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA branch site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex ...mRNA branch site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 ...Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / : / : / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Zinc-finger of C2H2 type / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / PPP2R1A-like HEAT repeat / Leucine-rich repeat / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / : / CPSF A subunit region / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / : / Sm domain profile. / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / zinc finger / Zinc finger C2H2 superfamily / Leucine-rich repeat profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Zinc finger C2H2-type / Leucine-rich repeat / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Helicase conserved C-terminal domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U2 snRNP component HSH155 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Zhang, Z. / Rigo, N. / Dybkov, O. / Fourmann, J. / Will, C.L. / Kumar, V. / Urlaub, H. / Stark, H. / Luehrmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 860 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into how Prp5 proofreads the pre-mRNA branch site.
著者: Zhenwei Zhang / Norbert Rigo / Olexandr Dybkov / Jean-Baptiste Fourmann / Cindy L Will / Vinay Kumar / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly ...During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly understood, multistep process that is facilitated by the DEAD-box helicase Prp5 (refs. ). During this process, the U2 small nuclear RNA (snRNA) forms an RNA duplex with the pre-mRNA branch site (the U2-BS helix), which is proofread by Prp5 at this stage through an unclear mechanism. Here, by deleting the branch-site adenosine (BS-A) or mutating the branch-site sequence of an actin pre-mRNA, we stall the assembly of spliceosomes in extracts from the yeast Saccharomyces cerevisiae directly before the A complex is formed. We then determine the three-dimensional structure of this newly identified assembly intermediate by cryo-electron microscopy. Our structure indicates that the U2-BS helix has formed in this pre-A complex, but is not yet clamped by the HEAT domain of the Hsh155 protein (Hsh155), which exhibits an open conformation. The structure further reveals a large-scale remodelling/repositioning of the U1 and U2 snRNPs during the formation of the A complex that is required to allow subsequent binding of the U4/U6.U5 tri-snRNP, but that this repositioning is blocked in the pre-A complex by the presence of Prp5. Our data suggest that binding of Hsh155 to the bulged BS-A of the U2-BS helix triggers closure of Hsh155, which in turn destabilizes Prp5 binding. Thus, Prp5 proofreads the branch site indirectly, hindering spliceosome assembly if branch-site mutations prevent the remodelling of Hsh155. Our data provide structural insights into how a spliceosomal helicase enhances the fidelity of pre-mRNA splicing.
履歴
登録2021年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: U2 snRNP component HSH155
I: ACT1 pre-mRNA (delta-BS-A)
U: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
V: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
T: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
S: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
Q: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
P: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
R: Protein HSH49
Z: RDS3 complex subunit 10
W: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
s: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
t: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
u: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
v: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
w: Small nuclear ribonucleoprotein E
x: Small nuclear ribonucleoprotein F
y: Small nuclear ribonucleoprotein G
p: Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5
2: U2 snRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,194,07421
ポリマ－1,194,07421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 OQRZsp

#1: タンパク質 U2 snRNP component HSH155


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49955
#7: タンパク質 Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1


分子量: 50339.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02554
#9: タンパク質 Protein HSH49


分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99181
#10: タンパク質 RDS3 complex subunit 10


分子量: 9888.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C074
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB / U5 SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40018
#20: タンパク質 Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5


分子量: 96512.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21372

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RNA鎖 , 2種, 2分子 I2

#2: RNA鎖 ACT1 pre-mRNA (delta-BS-A)


分子量: 101208.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#21: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 536627

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 5種, 5分子 UVTSP

#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP11


分子量: 31324.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07350
#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP21


分子量: 33111.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32524
#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP9


分子量: 63126.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19736
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06835
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RSE1


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04693

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U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY

#11: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A'


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08963
#12: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40567

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 tuvwxy

#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1 / U4 SmD1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02260
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / SmD2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06217
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / U5 SmD3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43321
#17: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E


分子量: 10270.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12330
#18: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54999
#19: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40204

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.02 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 160894 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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