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- EMDB-13033: Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13033
タイトルSaccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
マップデータSaccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
試料
  • 複合体: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 3種
キーワードS. cerevisiae / pre-A complex / Prp5 / U1 snRNP / U2 snRNP / prespliceosome / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA branch site recognition / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex ...mRNA branch site recognition / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / ATP-dependent activity, acting on RNA / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Prp19 complex / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / : / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / KH-domain / SNU71 RNA binding domain / SNU71 N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus ...Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / : / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / KH-domain / SNU71 RNA binding domain / SNU71 N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / PRP39 C-terminal HAT repeat / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / SF3A2 domain / : / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / PRP39 N-terminal HAT repeat / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / : / : / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / : / Zinc-finger of C2H2 type / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Leucine-rich repeat / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / : / Sm domain profile. / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing protein PRP40 / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' ...RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing protein PRP40 / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U2 snRNP component HSH155 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / Protein LUC7 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Zhang Z / Rigo N
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB 860 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into how Prp5 proofreads the pre-mRNA branch site.
著者: Zhenwei Zhang / Norbert Rigo / Olexandr Dybkov / Jean-Baptiste Fourmann / Cindy L Will / Vinay Kumar / Henning Urlaub / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly ...During the splicing of introns from precursor messenger RNAs (pre-mRNAs), the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) must undergo stable integration into the spliceosomal A complex-a poorly understood, multistep process that is facilitated by the DEAD-box helicase Prp5 (refs. ). During this process, the U2 small nuclear RNA (snRNA) forms an RNA duplex with the pre-mRNA branch site (the U2-BS helix), which is proofread by Prp5 at this stage through an unclear mechanism. Here, by deleting the branch-site adenosine (BS-A) or mutating the branch-site sequence of an actin pre-mRNA, we stall the assembly of spliceosomes in extracts from the yeast Saccharomyces cerevisiae directly before the A complex is formed. We then determine the three-dimensional structure of this newly identified assembly intermediate by cryo-electron microscopy. Our structure indicates that the U2-BS helix has formed in this pre-A complex, but is not yet clamped by the HEAT domain of the Hsh155 protein (Hsh155), which exhibits an open conformation. The structure further reveals a large-scale remodelling/repositioning of the U1 and U2 snRNPs during the formation of the A complex that is required to allow subsequent binding of the U4/U6.U5 tri-snRNP, but that this repositioning is blocked in the pre-A complex by the presence of Prp5. Our data suggest that binding of Hsh155 to the bulged BS-A of the U2-BS helix triggers closure of Hsh155, which in turn destabilizes Prp5 binding. Thus, Prp5 proofreads the branch site indirectly, hindering spliceosome assembly if branch-site mutations prevent the remodelling of Hsh155. Our data provide structural insights into how a spliceosomal helicase enhances the fidelity of pre-mRNA splicing.
履歴
登録2021年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7oqe
  • 表面レベル: 0.0125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13033.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å		1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å		1.16 Å/pix.
x 400 pix.
= 464. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0125 / ムービー #1: 0.0125
最小 - 最大-0.012558812 - 0.0555885
平均 (標準偏差)0.0006431014 (±0.0031952374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 464.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z464.000464.000464.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0130.0560.001

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_13033_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-2 of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex...

ファイルemd_13033_half_map_1.map
注釈Half map-2 of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-1 of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex...

ファイルemd_13033_half_map_2.map
注釈Half map-1 of Saccharomyces cerevisiae spliceosomal pre-A complex (delta BS-A ACT1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex

全体名称: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
要素
  • 複合体: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein NAM8
    • RNA: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A)
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
    • RNA: U1 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Protein LUC7
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 39
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing protein PRP40
    • タンパク質・ペプチド: U2 snRNP component HSH155
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
    • タンパク質・ペプチド: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
    • タンパク質・ペプチド: Protein HSH49
    • タンパク質・ペプチド: RDS3 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5
    • RNA: U2 snRNA

+
超分子 #1: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex

超分子名称: S. cerevisiae spliceosomal pre-A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Protein NAM8

分子名称: Protein NAM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.01084 KDa
配列文字列: MSYKQTTYYP SRGNLVRNDS SPYTNTISSE TNNSSTSVLS LQGASNVSLG TTGNQLYMGD LDPTWDKNTV RQIWASLGEA NINVRMMWN NTLNNGSRSS MGPKNNQGYC FVDFPSSTHA ANALLKNGML IPNFPNKKLK LNWATSSYSN SNNSLNNVKS G NNCSIFVG ...文字列:
MSYKQTTYYP SRGNLVRNDS SPYTNTISSE TNNSSTSVLS LQGASNVSLG TTGNQLYMGD LDPTWDKNTV RQIWASLGEA NINVRMMWN NTLNNGSRSS MGPKNNQGYC FVDFPSSTHA ANALLKNGML IPNFPNKKLK LNWATSSYSN SNNSLNNVKS G NNCSIFVG DLAPNVTESQ LFELFINRYA STSHAKIVHD QVTGMSKGYG FVKFTNSDEQ QLALSEMQGV FLNGRAIKVG PT SGQQQHV SGNNDYNRSS SSLNNENVDS RFLSKGQSFL SNGNNNMGFK RNHMSQFIYP VQQQPSLNHF TDPNNTTVFI GGL SSLVTE DELRAYFQPF GTIVYVKIPV GKCCGFVQYV DRLSAEAAIA GMQGFPIANS RVRLSWGRSA KQTALLQQAM LSNS LQVQQ QQPGLQQPNY GYIPSSTCEA PVLPDNNVSS TMLPGCQILN YSNPYANANG LGSNNFSFYS NNNATNTQAT SLLAD TSSM DLSGTGGQQV IMQGSEAVVN STNAMLNRLE QGSNGFMFA

UniProtKB: Protein NAM8

+
分子 #3: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 65.22202 KDa
配列文字列: MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL ...文字列:
MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL RKILEIPLHS FSKFYALWLQ RIDDIMDLKQ LSQLTSKDEL LKKLKIDINY SGRKGPYLQD AKKKLKKITK EM YMVVQYQ VLEIYSIFES KIYINYYTSP ETLVSSDEIE TWIKYLDYTI TLQTDSLTHL NFQRALLPLA HYDLVWIKYS KWL INSKND LLGAKNVLLM GLKFSLKKTE IIKLLYSVIC KLNEYVLLRN LLEKIESSYS DNVENVDDFE IFWDYLQFKT FCQN SLYSS RYSDSQSNGL LNKELFDKVW KRLSCKEKKS GQEILLNNLV QFYSKDTVEF VEKNIFQKII EFGWEYYLQN GMFWN CYCR LIYFDTSRSY LDKRQYIVRK IWPQIDKKFA QSVLPSLTEF CESYFPEEMD TLEEMFTEEP

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

+
分子 #4: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 71.484555 KDa
配列文字列: MRDIVFVSPQ LYLSSQEGWK SDSAKSGFIP ILKNDLQRFQ DSLKHIVDAR NSLSETLLNS NDDGSIHNSD QNTGLNKDKE ASIADNNSA NKCATSSSRY QELKQFLPIS LDQQIHTVSL QGVSSSFSRG QIESLLDHCL NLALTETQSN SALKVEAWSS F SSFLDTQD ...文字列:
MRDIVFVSPQ LYLSSQEGWK SDSAKSGFIP ILKNDLQRFQ DSLKHIVDAR NSLSETLLNS NDDGSIHNSD QNTGLNKDKE ASIADNNSA NKCATSSSRY QELKQFLPIS LDQQIHTVSL QGVSSSFSRG QIESLLDHCL NLALTETQSN SALKVEAWSS F SSFLDTQD IFIRFSKVDE DEAFVNTLNY CKALFAFIRK LHEDFKIELH LDLNTKEYVE DRTGTIPSVK PEKASEFYSV FK NIEDQTD ERNSKKEQLD DSSTQYKVDT NTLSDLPSDA LDQLCKDIIE FRTKVVSIEK EKKMKSTYEE SRRQRHQMQK VFD QIRKNH SGAKGSANTE EEDTNMEDED EEDDTEDDLA LEKRKEERDL EESNRRYEDM LHQLHSNTEP KIKSIRADIM SAEN YEEHL EKNRSLYLKE LLHLANDVHY DHHRSFKEQE ERRDEEDRAK NGNAKELAPI QLSDGKAISA GKAAAITLPE GTVKS ENYN ADKNVSESSE HVKIKFDFKK AIDHSVESSS EDEGYRESEL PPTKPSERSA AEDRLPFTAD ELNIRLTNLK ESRYVD ELV REFLGVYEDE LVEYILENIR VNQSKQALLN ELRETFDEDG ETIADRLWSR KEFRLGT

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71

+
分子 #6: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 56.575277 KDa
配列文字列: MRPRRRGLAY HHTKPKGQLS QGHYPTTSND GQRRKVGNSE AFQSFDIWKN LDRIRSTKKN AGQFIKGSLL ILPMRTEDKQ QFDECMDEL HKYISKDILR CYPQKEQKDE GMLFYIVLKD FNILDSCFVL SVLLAFQKRL WMAPSEKSYF RVPKNINLTG S FYLPKNIE ...文字列:
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UniProtKB: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

+
分子 #7: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.438105 KDa
配列文字列: MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR ...文字列:
MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR LKHKLRSRKV EEAEIDRIVK EFETRRLENM KSQQENLKQS QKPLKRAKVS NTMENPPNKV LLIQNLPSGT TE QLLSQIL GNEALVEIRL VSVRNLAFVE YETVADATKI KNQLGSTYKL QNNDVTIGFA K

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

+
分子 #8: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.106016 KDa
配列文字列: MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL ...文字列:
MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL NNPKKLEPPK ILSQWSNTIP KTSIFYSVDI LQTTIKESKK RMHSDGIRKP SSANGYKRRR YGN

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

+
分子 #9: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.42699 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN IGANRSRFNN EAPPQTRKFQ PPPGFKRK

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

+
分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.240139 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIVS LELTTGATYR GKLVESEDSM NVQLRDVIAT EPQGAVTHMD QIFVRGSQIK FIVVPDLLKN APLFKKNSS RPMPPIRGPK RR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

+
分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.385098 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFNF LQQQTPVTIW LFEQIGIRIK GKIVGFDEFM NVVIDEAVEI PVNSADGKED VEKGTPLGKI LLKGDNITL ITSAD

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.669945 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFLK GLVNHRVGVK LKFNSTEYRG TLVSTDNYFN LQLNEAEEFV AGVSHGTLGE IFIRCNNVLY IRELPN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein F

+
分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.490809 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNIN GSRKVAGILR GYDIFLNVVL DDAMEINGED PANNHQLGLQ TVIRGNSIIS LEALDAI

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

+
分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.296798 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIELK NGTTVWGTLQ SVSPQMNAIL TDVKLTLPQP RLNKLNSNGI AMASLYLTGG QQPTASDNIA SLQYINIRG NTIRQIILPD SLNLDSLLVD QKQLNSLRRS GQIANDPSKK RRRDFGAPAN KRPRRGL

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.876066 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELEE LEEFEFKHGP MSLINDAMVT RTPVIISLRN NHKIIARVKA FDRHCNMVLE NVKELWTEKK GKNVINRER FISKLFLRGD SVIVVLKTPV E

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #16: Protein LUC7

分子名称: Protein LUC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.245885 KDa
配列文字列: MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK ...文字列:
MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK LQELISKRKE VAKRVRNITE NVGQSAQQKL QVCEVCGAYL SRLDTDRRLA DHFLGKIHLG YVKMREDYDR LM KNNRTTN ASKTATTLPG RRFV

UniProtKB: Protein LUC7

+
分子 #17: Pre-mRNA-processing factor 39

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 74.834742 KDa
配列文字列: MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI ...文字列:
MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI EFEVGQKNWH NVQRIYEYII EVPLHQYARF FTSYKKFLNE KNLKTTRNID IVLRKTQTTV NEIWQFESKI KQ PFFNLGQ VLNDDLENWS RYLKFVTDPS KSLDKEFVMS VFDRCLIPCL YHENTWMMYI KWLTKKNISD EVVVDIYQKA NTF LPLDFK TLRYDFLRFL KRKYRSNNTL FNNIFNETVS RYLKIWPNDI LLMTEYLCML KRHSFKNSLD QSPKEILEKQ TSFT KILET SITNYINNQI DAKVHLQTLI NDKNLSIVVV ELIKTTWLVL KNNMQTRKYF NLYQKNILIK NSVPFWLTYY KFEKS NVNF TKLNKFIREL GVEIYLPTTV MNDILTDYKT FYLTHSNIVT YESSIIDSNT FDPILYPELK MSNPKYDPVL NTTANV DWH KKTEWKEAGH IGITTERPQI SNSIIECNSG TLIQKPISLP NFRNLEKINQ VKINDLYTEE FLKEGK

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 39

+
分子 #18: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.506148 KDa
配列文字列: MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI ...文字列:
MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI GVHRGIQIKD RICIVDIERG RTVKYFKPRR LGGGLGGRGY SNRDSRLPGR FASASTSNPA ERNYAPRLPR RE TSSSAYS ADRYGSSTLD ARYRGNRPLL SAATPTAAVT SVYKSRNSRT RESQPAPKEA PDY

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

+
分子 #19: Pre-mRNA-processing protein PRP40

分子名称: Pre-mRNA-processing protein PRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 69.176016 KDa
配列文字列: MSIWKEAKDA SGRIYYYNTL TKKSTWEKPK ELISQEELLL RENGWKAAKT ADGKVYYYNP TTRETSWTIP AFEKKVEPIA EQKHDTVSH AQVNGNRIAL TAGEKQEPGR TINEEESQYA NNSKLLNVRR RTKEEAEKEF ITMLKENQVD STWSFSRIIS E LGTRDPRY ...文字列:
MSIWKEAKDA SGRIYYYNTL TKKSTWEKPK ELISQEELLL RENGWKAAKT ADGKVYYYNP TTRETSWTIP AFEKKVEPIA EQKHDTVSH AQVNGNRIAL TAGEKQEPGR TINEEESQYA NNSKLLNVRR RTKEEAEKEF ITMLKENQVD STWSFSRIIS E LGTRDPRY WMVDDDPLWK KEMFEKYLSN RSADQLLKEH NETSKFKEAF QKMLQNNSHI KYYTRWPTAK RLIADEPIYK HS VVNEKTK RQTFQDYIDT LIDTQKESKK KLKTQALKEL REYLNGIITT SSSETFITWQ QLLNHYVFDK SKRYMANRHF KVL THEDVL NEYLKIVNTI ENDLQNKLNE LRLRNYTRDR IARDNFKSLL REVPIKIKAN TRWSDIYPHI KSDPRFLHML GRNG SSCLD LFLDFVDEQR MYIFAQRSIA QQTLIDQNFE WNDADSDEIT KQNIEKVLEN DRKFDKVDKE DISLIVDGLI KQRNE KIQQ KLQNERRILE QKKHYFWLLL QRTYTKTGKP KPSTWDLASK ELGESLEYKA LGDEDNIRRQ IFEDFKPESS APTAES ATA NLTLTASKKR HLTPAVELDY

UniProtKB: Pre-mRNA-processing protein PRP40

+
分子 #20: U2 snRNP component HSH155

分子名称: U2 snRNP component HSH155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 110.166672 KDa
配列文字列: MSHPIQFVNA NNSDKSHQLG GQYSIPQDLR ENLQKEAARI GENEKDVLQE KMETRTVQNR EDSYHKRRFD MKFEPDSDTQ TVTSSENTQ DAVVPRKRKS RWDVKGYEPP DESSTAVKEN SDSALVNVEG IHDLMFFKPS DHKYFADVIS KKPIDELNKD E KKERTLSM ...文字列:
MSHPIQFVNA NNSDKSHQLG GQYSIPQDLR ENLQKEAARI GENEKDVLQE KMETRTVQNR EDSYHKRRFD MKFEPDSDTQ TVTSSENTQ DAVVPRKRKS RWDVKGYEPP DESSTAVKEN SDSALVNVEG IHDLMFFKPS DHKYFADVIS KKPIDELNKD E KKERTLSM LLLKIKNGNT ASRRTSMRIL TDKAVTFGPE MIFNRLLPIL LDRSLEDQER HLMIKTIDRV LYQLGDLTKP YV HKILVVA APLLIDEDPM VRSTGQEIIT NLSTVAGLKT ILTVMRPDIE NEDEYVRNVT SRAAAVVAKA LGVNQLLPFI NAA CHSRKS WKARHTGIKI VQQIGILLGI GVLNHLTGLM SCIKDCLMDD HVPVRIVTAH TLSTLAENSY PYGIEVFNVV LEPL WKGIR SHRGKVLSSF LKAVGSMIPL MDPEYAGYYT TEAMRIIRRE FDSPDDEMKK TILLVLQKCS AVESITPKFL REEIA PEFF QKFWVRRVAL DRPLNKVVTY TTVTLAKKLG CSYTIDKLLT PLRDEAEPFR TMAVHAVTRT VNLLGTADLD ERLETR LID ALLIAFQEQT NSDSIIFKGF GAVTVSLDIR MKPFLAPIVS TILNHLKHKT PLVRQHAADL CAILIPVIKN CHEFEML NK LNIILYESLG EVYPEVLGSI INAMYCITSV MDLDKLQPPI NQILPTLTPI LRNKHRKVEV NTIKFVGLIG KLAPTYAP P KEWMRICFEL LELLKSTNKE IRRSANATFG FIAEAIGPHD VLVALLNNLK VQERQLRVCT AVAIGIVAKV CGPYNVLPV IMNEYTTPET NVQNGVLKAM SFMFEYIGNM SKDYIYFITP LLEDALTDRD LVHRQTASNV ITHLALNCSG TGHEDAFIHL MNLLIPNIF ETSPHAIMRI LEGLEALSQA LGPGLFMNYI WAGLFHPAKN VRKAFWRVYN NMYVMYQDAM VPFYPVTPDN N EEYIEELD LVL

UniProtKB: U2 snRNP component HSH155

+
分子 #21: Pre-mRNA-splicing factor PRP11

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 31.324467 KDa
配列文字列: MNYLEGVGSK KGGGGIASES QFNLQRRKEV ESLLSKGENV PYTFQDEKDD QVRSNPYIYK NHSGKLVCKL CNTMHMSWSS VERHLGGKK HGLNVLRRGI SIEKSSLGRE GQTTHDFRQQ QK(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
MNYLEGVGSK KGGGGIASES QFNLQRRKEV ESLLSKGENV PYTFQDEKDD QVRSNPYIYK NHSGKLVCKL CNTMHMSWSS VERHLGGKK HGLNVLRRGI SIEKSSLGRE GQTTHDFRQQ QK(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)I IEAKQSLKNN GTIPVCKIAT VKNPKNGSVG LAIQ VNYSS EVKENSVDSD DKAKVPPLIR IVSGLELSDT KQKGKKFLVI AYEPFENIAI ELPPNEILFS ENNDMDNNND GVDEL NKKC TFWDAISKLY YVQFFFKQAE QEQADV

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor PRP11

+
分子 #22: Pre-mRNA-splicing factor PRP21

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 33.111512 KDa
配列文字列: MEPEDTQLKE DIKTTVNYIK QHGVEFENKL LEDERFSFIK KDDPLHEYYT KLMNEPTDTV SGEDNDRKSE REIARPPDFL FSQYDTGIS RRDMEVIKLT ARYYAKDKSI VEQMISKDGE ARLNFMNSSH PLHKTFTDFV AQYKRVYSFT GQEIKKSKRT I LDNCFERT ...文字列:
MEPEDTQLKE DIKTTVNYIK QHGVEFENKL LEDERFSFIK KDDPLHEYYT KLMNEPTDTV SGEDNDRKSE REIARPPDFL FSQYDTGIS RRDMEVIKLT ARYYAKDKSI VEQMISKDGE ARLNFMNSSH PLHKTFTDFV AQYKRVYSFT GQEIKKSKRT I LDNCFERT QYWEFEKDKD REHDKLVELC KIQFAAIPWD KFTQVAKFSI PEDTEIFEGS LDLEQMRLRR VQTGIKLFDS IK PTNEEEK IVSDQGKQKG GDSKGKKRKI RAVGETRLKK SKK

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor PRP21

+
分子 #23: Pre-mRNA-splicing factor PRP9

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 63.126445 KDa
配列文字列: MNLLETRRSL LEEMEIIENA IAERIQRNPE LYYHYIQESS KVFPDTKLPR SSLIAENKIY KFKKVKRKRK QIILQQHEIN IFLRDYQEK QQTFNKINRP EETQEDDKDL PNFERKLQQL EKELKNEDEN FELDINSKKD KYALFSSSSD PSRRTNILSD R ARDLDLNE ...文字列:
MNLLETRRSL LEEMEIIENA IAERIQRNPE LYYHYIQESS KVFPDTKLPR SSLIAENKIY KFKKVKRKRK QIILQQHEIN IFLRDYQEK QQTFNKINRP EETQEDDKDL PNFERKLQQL EKELKNEDEN FELDINSKKD KYALFSSSSD PSRRTNILSD R ARDLDLNE IFTRDEQYGE YMELEQFHSL WLNVIKRGDC SLLQFLDILE LFLDDEKYLL TPPMDRKNDR YMAFLLKLSK YV ETFFFKS YALLDAAAVE NLIKSDFEHS YCRGSLRSEA KGIYCPFCSR WFKTSSVFES HLVGKIHKKN ESKRRNFVYS EYK LHRYLK YLNDEFSRTR SFVERKLAFT ANERMAEMDI LTQKYEAPAY DSTEKEGAEQ VDGEQRDGQL QEEHLSGKSF DMPL GPDGL PMPYWLYKLH GLDREYRCEI CSNKVYNGRR TFERHFNEER HIYHLRCLGI EPSSVFKGIT KIKEAQELWK NMQGQ SQLT SIAAVPPKPN PSQLKVPTEL ELEEEDEEGN VMSKKVYDEL KKQGLV

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor PRP9

+
分子 #24: Pre-mRNA-splicing factor RDS3

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.283573 KDa
配列文字列:
MSRHQFDLIM CLKQPGVQTG LLCEKCDGKC PICDSYVRPK RKVRVCENCS FGKQAKNCII CNLNVGVNDA FYCWECCRLG KDKDGCPRI LNLGSNRLDR HFEKKKKV

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor RDS3

+
分子 #25: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1

分子名称: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.339879 KDa
配列文字列: MARTKSRKRS GNNQNKNASV VNNKAEIAAM IDARRLEQKK KGGVTNSKGK TNKVVDAKLE KEFKDVLQRF QVQENDTPKE ITKDEKNNH VVIVEKNPVM NRKHTAEDEL EDTPSDGIEE HLSARKRRKT EKPSLSQLKS QVPYPQIIEW YDCDARYPGL L ASIKCTKN ...文字列:
MARTKSRKRS GNNQNKNASV VNNKAEIAAM IDARRLEQKK KGGVTNSKGK TNKVVDAKLE KEFKDVLQRF QVQENDTPKE ITKDEKNNH VVIVEKNPVM NRKHTAEDEL EDTPSDGIEE HLSARKRRKT EKPSLSQLKS QVPYPQIIEW YDCDARYPGL L ASIKCTKN VIPVPSHWQS KKEYLSGRSL LGKRPFELPD IIKKTNIEQM RSTLPQSGLD GQDEKSLKEA SRARVQPKMG AL DLDYKKL HDVFFKIGAN WKPDHLLCFG DVYYENRNLF EETNWKRMVD HKRPGRISQE LRAIMNLPEG QLPPWCMKMK DIG LPTGYP DLKIAGLNWD ITNLKGDVYG KIIPNHHSRS KKQGRNYFGA LISFETPEFE NSKEDTQANA ENGRQDDKID DEVE HKLDH FQEDISEVTS AEEKLERNEE ESEKQLYTVL K

UniProtKB: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1

+
分子 #26: Pre-mRNA-splicing factor RSE1

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 153.956781 KDa
配列文字列: MWGGGKMAVV SLSPHTAKMR KLFGQASTTM AYDGLKREAE RRTRSDHNIT MVAKDDELYL YHLTLKKQTN FVHSCIGHFV DLEAGSKRE QSQLCVATET HLELYDTADG ELKLIAKFQN LFATITSMKS LDLPHSGSRA KASNWPTFLA LTSDSGNLSI V QIIMHAGA ...文字列:
MWGGGKMAVV SLSPHTAKMR KLFGQASTTM AYDGLKREAE RRTRSDHNIT MVAKDDELYL YHLTLKKQTN FVHSCIGHFV DLEAGSKRE QSQLCVATET HLELYDTADG ELKLIAKFQN LFATITSMKS LDLPHSGSRA KASNWPTFLA LTSDSGNLSI V QIIMHAGA LRLKTLVNQP LTRTTLRRVS PISYMEIDPN GRCIILSSVE QNKLCFLVDY AQKLRISSPL EIIRPHMVTL DM AVVDVNF NNPCFVTLEI DNAATQLSVH LIFYVLELGL NHIVKKADYL VNPSANFVLS LPDLSRYNIT TSLSDNNYDA DYD TLFNPF VVIGFENHIL VKDMNGFFSL KVEIPKRSIT NSRHKNVTII SGIVQKLKND FFVLLQSNHG DLFKLTVSPD TNDR NRPLV QLSYFDTIQN SHQLHIFKNG YLFALSEMNN NFLFQFEKLG VEKNDFSNVL TSKDPNKSLV FEPSIKLQNL SILSQ QLNL NPSIKSQIVS DSPLSIATKH FTNNKIITLT NAVNYSNLIS TSLPPNATKL WLIPDPATTG DNNTLLFITF PKKTMI LQI DNESMEELTP DEATRSAFKL SQDTTIHTCL MGSHSIIQVC TAELRHIVPT GKSRYSNKLT WVPPAGIRIV CATSSKT QL IISLSNYELV YFKIDVSSDS LIELTTHPEL DTMPSKVAIV QDTQHADLLA IADNEGMIKI MSLKDQKEDF LTVISLQL V SEKISDMIMV RDSSIGQLNL HVGLENGVYM KFHIGDVDGS FTDIKRRFLG LKPVSLSYLR EISVSLNNEE EEEEEEDDD DEKEEEEINS SGAKWMSCVV CHSSSTWVSY TWKNVWTIRQ LKDQNMLSCS KFVNADVAIN GVCSISSSGR LNIGRVSNFP TLDNWFHVH ESSVNKQENG GGDESNEEEE DEMEEEMEML QISTFRPRTI LSFPNNPKSI LFIDNHSGKK QCRISLQIDG E CLKFGSSD HLYKILDDID CVSAAIIDFT RQADHLIICA GDKRLLTYKI LVNKDKLSFD IELLHQTEII SPIHAMLKFK NF LLTAMGS TIVLYGLGKK QLLRRSVTQT PVSITKIVSM HQWNYERLAV GDIHESVTLF IWDPAGNVFI PYVDDSVKRH VTV LKFLDE ATVIGADRYG NAWTLRSPPE CEKIMSNHDP SELSNGAIKY PLDVITLQQK LPNTYDCKFK FQLLNHFFVN DIIT DFHIL DSLSNSDRPG CIYMGLQGTV GCFIPLLSKG NVFMMGNIEN IMAEADDTFY LDYESRKKNN NMRKEDDEEE SGSVV LQGR HGIEDEIICE GSCSILGRDH QEYRSYYAPV RKVIDGDLCE NFLRLSLNEQ EFLAKNLKSV QVEDIIQTIN EVRTNY M

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor RSE1

+
分子 #27: Protein HSH49

分子名称: Protein HSH49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.534152 KDa
配列文字列: MNYSADSGNT VYVGNIDPRI TKEQLYELFI QINPVLRIKY PKDKVLQAYQ GYAFIEFYNQ GDAQYAIKIM NNTVRLYDRL IKVRQVTNS TGTTNLPSNI SKDMILPIAK LFIKNLADSI DSDQLVKIFN KFGKLIREPE IFYLSNGKLK CAYVYFEDFE K ADLAIKSL ...文字列:
MNYSADSGNT VYVGNIDPRI TKEQLYELFI QINPVLRIKY PKDKVLQAYQ GYAFIEFYNQ GDAQYAIKIM NNTVRLYDRL IKVRQVTNS TGTTNLPSNI SKDMILPIAK LFIKNLADSI DSDQLVKIFN KFGKLIREPE IFYLSNGKLK CAYVYFEDFE K ADLAIKSL NNQLVANNRI TVDYAFKENG KGNAKYGDDV DRLLNKEALK HNMLK

UniProtKB: Protein HSH49

+
分子 #28: RDS3 complex subunit 10

分子名称: RDS3 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.045401 KDa
配列文字列:
MAEKQRQLKL QKIYKQKYIG LGDESTTREQ WQRNVRNDTL NTLQGHSASL EYVSLSRGDL SIRDTRIHLL KSMSPGYKAY LREER

UniProtKB: RDS3 complex subunit 10

+
分子 #29: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.232252 KDa
配列文字列: MKFTPSIVID APQYYVDHFN GKYNVDKCVI LRDLQLETDS ESMPSSLKHL TKPTHILDLT NNDLIMIPDL SRRDDIHTLL LGRNNIVEV DGRLLPMNVQ NLTLSNNSIR RFEDLQRLRR APRTLKNLTL IGNQVCHLAN YREHVLRLVP HLETLDFQNV T AEERKSAM ...文字列:
MKFTPSIVID APQYYVDHFN GKYNVDKCVI LRDLQLETDS ESMPSSLKHL TKPTHILDLT NNDLIMIPDL SRRDDIHTLL LGRNNIVEV DGRLLPMNVQ NLTLSNNSIR RFEDLQRLRR APRTLKNLTL IGNQVCHLAN YREHVLRLVP HLETLDFQNV T AEERKSAM SFPRQADGDT LGPVNTAIRD NGSRDKTMEI MNLVVSKMTV ERRNELKKQL AEATSLEEIA RLEKLLSGGV

UniProtKB: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

+
分子 #30: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.850944 KDa
配列文字列:
MVEPARKKQR IDRDTHHTVA EPVTEAKNTL YVSQLNEKIN MQRLRVNLFL LFATFGEVLK VSMNFKKQRG QAFITMRTID QASLAQISL NGERFFGKPL KVEFSKSETK TL

UniProtKB: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

+
分子 #31: Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5

分子名称: Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 96.512125 KDa
配列文字列: METIDSKQNI NRESLLEERR KKLAKWKQKK AQFDAQKEHQ TSRNDIVTNS LEGKQTTEKF TERQERVKEE LRKRKNEFRK SDEPVSVKP SKKKSKRSKV KKKISFDFSD DDDSEIGVSF RSKEHIQKAP EHDNEKDPLD EFMTSLKEEK MSNSKGMYDR G DILDVEDQ ...文字列:
METIDSKQNI NRESLLEERR KKLAKWKQKK AQFDAQKEHQ TSRNDIVTNS LEGKQTTEKF TERQERVKEE LRKRKNEFRK SDEPVSVKP SKKKSKRSKV KKKISFDFSD DDDSEIGVSF RSKEHIQKAP EHDNEKDPLD EFMTSLKEEK MSNSKGMYDR G DILDVEDQ LFELGGTDDE DVEDNTDNSN IAKIAKLKAK KRVKQIYYSP EELEPFQKNF YIESETVSSM SEMEVEELRL SL DNIKIKG TGCPKPVTKW SQLGLSTDTM VLITEKLHFG SLTPIQSQAL PAIMSGRDVI GISKTGSGKT ISYLLPLLRQ VKA QRPLSK HETGPMGLIL APTRELALQI HEEVTKFTEA DTSIRSVCCT GGSEMKKQIT DLKRGTEIVV ATPGRFIDIL TLND GKLLS TKRITFVVMD EADRLFDLGF EPQITQIMKT VRPDKQCVLF SATFPNKLRS FAVRVLHSPI SITINSKGMV NENVK QKFR ICHSEDEKFD NLVQLIHERS EFFDEVQSEN DGQSSDVEEV DAKAIIFVSS QNICDFISKK LLNAGIVTCA IHAGKP YQE RLMNLEKFKR EKNSILLCTE VLSRGLNVPE VSLVIIYNAV KTFAQYVHTT GRTARGSRSG TAITLLLHDE LSGAYIL SK AMRDEEIKAL DPLQAKELQE MSAKFESGMK KGKFRLSKGF GGKGLENIKS KREEAQNKDL ELKKNDKRSD DLEKKISN P REGHDSVSES SALIPRLNYE LFKESTDGSI IFYAKVYIND LPQIVRWEAT KNTTLLFIKH ETGCSITNKG KFYPEGKEP KNENDEPKLY LLIEGQDEKD IQLSIELLEQ KVKEGVVKAA SLSLKSTKY

UniProtKB: Pre-mRNA-processing ATP-dependent RNA helicase PRP5

+
分子 #2: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A)

分子名称: ACT1 pre-mRNA (delta BS-A) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 111.994023 KDa
配列文字列: AUGGAUUCUG GUAUGUUCUA GCGCUUGCAC CAUCCCAUUU AACUGUAAGA AGAAUUGCAC GGUCCCAAUU GCUCGAG(N) (N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N) (N)(N) ...文字列:
AUGGAUUCUG GUAUGUUCUA GCGCUUGCAC CAUCCCAUUU AACUGUAAGA AGAAUUGCAC GGUCCCAAUU GCUCGAG(N) (N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N) (N)(N)AGAUU UCUCUUUUAC CUUUUUUUAC UAUUUUUCAC UCUCCCAUAA CCUCCUAUAU UGACUGAUCU GUAAUAACC ACGAUAUUAU UGGAAUAAAU AGGGGCUUGA AAUUUGGAAA AAAAAAAAAA ACUGAAAUAU UUUCGUGAUA AGUGAUAGUG AUAUUCUUC UUUUAUUUGC UACUGUUACU AAGUCUCAUG UACUACAUCG AUUGCUUCAU UCUUUUUGUU GCUAUAUUAU A UGUUUAG

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分子 #5: U1 snRNA

分子名称: U1 snRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 182.114516 KDa
配列文字列: AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC ...文字列:
AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC UGACGUUUCC AUUCCCUUGU UUCAAUCAUU GGUUAAUCCC UUGAUUCCUU UGGGGAUUUU UGGGUUAAAC UG AUUUUUG GGGCCCUUUG UUUCUUCUGC CUGGAGAAGU UUGACACCAA AUUCAAAUUG GUGUUAGGGG AGCUGGGGCC UUU CAAAAG AGAGCUUUGU AGAGGCAUUC UUUUUGACUA CUUUUCUCUA GCGUGCCAUU UUAGUUUUUG ACGGCAGAUU CGAA UGAAC UUAAGUUUAU GAUGAAGGUA UGGCUGUUGA GAUUAUUUGG UCGGGAUUGU AGUUUGAAGA UGUGCUCUUU UGAGC AGUC UCAACUUUGC UCGUUCCCGU UAUGGGAAAA AUUUUGGAAG GUCUUGGUAG GAACGGGUGG AUCUUAUAAU UUUUGA UUU AUUUU

+
分子 #32: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 376.267406 KDa
配列文字列: ACGAAUCUCU UUGCCUUUUG GCUUAGAUCA AGUGUAGUAU CUGUUCUUUU CAGUGUAACA ACUGAAAUGA CCUCAAUGAG GCUCAUUAC CUUUUAAUUU GUUACAAUAC ACAUUUUUUG GCACCCAAAA UAAUAAAAUG GACGGGAAGA GACUUUUUAA G CAAGUUGU ...文字列:
ACGAAUCUCU UUGCCUUUUG GCUUAGAUCA AGUGUAGUAU CUGUUCUUUU CAGUGUAACA ACUGAAAUGA CCUCAAUGAG GCUCAUUAC CUUUUAAUUU GUUACAAUAC ACAUUUUUUG GCACCCAAAA UAAUAAAAUG GACGGGAAGA GACUUUUUAA G CAAGUUGU UUUCCGCUAA UGUCAGGUCU CACUACUUUU UGCUGCUAUU UUUCUUCGCU CAUGGUUUCU UCAUAAGGCG UU UUUAUGA UGGUUUUUCG AAAUUGGUUU UUGAGACGAC GGUUGCUCAA GGUUAUUGUU UUUGUUUUCU UCUGGUUGUU UUC UAUUUU CUUUUUUUUA GCUUUCUGUU UCUCCCUUAG UUUGGCUUUU UGCUUCAUAC UCUUCCCUGU CUUUCCGAGC CGUU UAUGU CCAACGCGGG AUUUGGUUUU UCUUUAUCGA UGGGAAGAAA UGGUGCUAUA GUAGGUUGGG AGAUAAUAUU UAUGG UAUG GGGUGCUAGU GCGGAUGGGG CGCUCUUAUU GUUGAUUUCU UCGCUCGUCU UCUUUUUCUG GUGGCGCUGC AAGAGG AAG UUUUUCGACU UUGUUAUGAU UUUUGGUUUG CAAGGAAAGG UGUCUUACGA UUCUUUUUUU GAUGUAAUAG GAUAAGC UU GCUUAUCCCC CAAGUAUCGG CCAAAGUUGU UGAUUUUCCU UUUGAAGUGU CCUCGGUUUG AGGGGGUGUA GGGUGGGG U UGGUCUACAA UAAGAGUGUU CCAUUGUUAA CGUGCUGGCG UCUUUUACUA UAUUUUUUUU CCCAGUUUAU UUUGUGCUU AUUUUCUCAU UGAGGAGAAG GAGCUCUUCU CGCAGGAUAU AAAUGGAGGU UUGCUAAAGG GGAGGAGAUG UGUUUGUGAG AAUACUGCU GAGAGAGUUC UGGAAGAGAA AAAAAGGAGG CAAUGGAAGG CGUUUGCUGG GAAAAGAGAA GAGCCAUGAC U GCAUCUGU UGUUUCAAGG CCAGUUUUAU UAACCGCCUA UGUCAUAGAG GCGUUUUUUU UGGAGGGAUU UGAAGAAUGC CG GCGGCAU CAAGAAACGG ACUUGAUGGU UGACGCCUGU UUUUAAAGUU AGAGACGUCG CGACCCUCGC ACUUGUGGAG UCG UUCUUG ACUUUUACUU UGGUCGCUUG AUGUUUCUCU CGUCUUCCCG UUCGCUCUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.02 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 217460
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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