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- PDB-7ood: Mycoplasma pneumoniae 50S subunit of ribosomes in chloramphenicol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ood
タイトルMycoplasma pneumoniae 50S subunit of ribosomes in chloramphenicol-treated cells
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / In-cell cryo-electron tomography chloramphenicol-treated sub-tomogram analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 2 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site ...Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 2 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / L28p-like / : / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 ...CHLORAMPHENICOL / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Xue, L. / Lenz, S. / Rappsilber, J. / Mahamid, J.
資金援助 ドイツ, 英国, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)426290502 ドイツ
Wellcome Trust103139 英国
Wellcome Trust203149 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell.
著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid /
要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell.
著者: Liang Xue / Swantje Lenz / Maria Zimmermann-Kogadeeva / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer / Peer Bork / Juri Rappsilber / Julia Mahamid /
要旨: Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to ...Translation is the fundamental process of protein synthesis and is catalysed by the ribosome in all living cells. Here we use advances in cryo-electron tomography and sub-tomogram analysis to visualize the structural dynamics of translation inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. To interpret the functional states in detail, we first obtain a high-resolution in-cell average map of all translating ribosomes and build an atomic model for the M. pneumoniae ribosome that reveals distinct extensions of ribosomal proteins. Classification then resolves 13 ribosome states that differ in their conformation and composition. These recapitulate major states that were previously resolved in vitro, and reflect intermediates during active translation. On the basis of these states, we animate translation elongation inside native cells and show how antibiotics reshape the cellular translation landscapes. During translation elongation, ribosomes often assemble in defined three-dimensional arrangements to form polysomes. By mapping the intracellular organization of translating ribosomes, we show that their association into polysomes involves a local coordination mechanism that is mediated by the ribosomal protein L9. We propose that an extended conformation of L9 within polysomes mitigates collisions to facilitate translation fidelity. Our work thus demonstrates the feasibility of visualizing molecular processes at atomic detail inside cells.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell
著者: Xue, L. / Lenz, S. / Zimmermann-Kogadeeva, M. / Tegunov, D. / Cramer, P. / Bork, P. / Rappsilber, J. / Mahamid, J.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
3: 23S ribosomal RNA
4: 5S ribosomal RNA
w: 50S ribosomal protein L29
a: 50S ribosomal protein L2
c: 50S ribosomal protein L4
e: 50S ribosomal protein L6
k: 50S ribosomal protein L15
i: 50S ribosomal protein L13
m: 50S ribosomal protein L17
q: 50S ribosomal protein L21
u: 50S ribosomal protein L27
y: 50S ribosomal protein L32
0: 50S ribosomal protein L34
2: 50S ribosomal protein L36
1: 50S ribosomal protein L35
o: 50S ribosomal protein L19
s: 50S ribosomal protein L23
v: 50S ribosomal protein L28
x: 50S ribosomal protein L31
z: 50S ribosomal protein L33 1
d: 50S ribosomal protein L5
b: 50S ribosomal protein L3
l: 50S ribosomal protein L16
p: 50S ribosomal protein L20
j: 50S ribosomal protein L14
n: 50S ribosomal protein L18
t: 50S ribosomal protein L24
r: 50S ribosomal protein L22
f: 50S ribosomal protein L9
h: 50S ribosomal protein L11
g: 50S ribosomal protein L10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,413,16161
ポリマ－1,411,99431
非ポリマー1,16630
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 34

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 940911.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 34796.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 wacekimquy021osvxzdblpjntrfhg

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 13003.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50310
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 31966.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75577
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23632.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75579
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 20624.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Q50303
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50303
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16768.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Q50300
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50300
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16821.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75178
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75178
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14270.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Q59547
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q59547
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11664.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P78026
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P78026
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 11527.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75458
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75458
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6641.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75238
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75238
#13: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5616.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P78006
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P78006
#14: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4400.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P52864
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P52864
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 6793.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75447
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75447
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13870.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75133
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75133
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 25892.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75578
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75578
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 7549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75171
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75171
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 10980.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P78020
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P78020
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L33 1


分子量: 6298.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P78015
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P78015
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20270.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Q50306
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50306
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 31298.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75580
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75580
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15646.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P41204
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P41204
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14742.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P78023
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P78023
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13478.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P41204
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50308
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13073.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Q50302
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50302
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12461.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Q50307
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: Q50307
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 17355.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75575
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75575
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 17185.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75540
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75540
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14803.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75550
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75550
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 17645.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: P75240
由来: (天然) Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
株: ATCC 29342 / M129 / 参照: UniProt: P75240

-
非ポリマー , 4種, 30分子

#32: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#33: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#35: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

-
試料調製

構成要素名称: cryo-electron tomograms of chloramphenicol-treated Mycoplasma pneumoniae cells
タイプ: RIBOSOME
詳細: ribosome sub-tomograms extracted in silico from cellular tomograms, focused refinement on 50S
Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129) (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells grown on gold Quantifoil grids at 37 degrees Celsius before plunge freezing.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: ack-side blotting for 2-3 second before plunging using a manual plunger without an environmental chamber

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.1_3865+SVN精密化
PHENIX1.18.1_3865+SVN精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
9Coot0.9モデル精密化
10PHENIX1.18モデル精密化phenix real-space refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17890
詳細: Map generated by focused refinement on the 50S subunit in M
対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 65 / Num. of volumes extracted: 17890
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
13J9W

3j9w

3J9W1
21DIV

1div

f1DIV2
31ZAV

1zav

g1ZAV3
44YBB

4ybb

34YBB4
54YBB

4ybb

44YBB4
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 83.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010597517
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.3495146523
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.105818948
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00927448
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.57845317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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