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- PDB-7oo9: Structure of Chloroflexus islandicus LOV domain C85A variant (CisFbFP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oo9
タイトルStructure of Chloroflexus islandicus LOV domain C85A variant (CisFbFP)
要素Hybrid sensor histidine kinase/response regulator
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Flavin
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / PAS domain ...PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus islandicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Gushchin, I. / Remeeva, A. / Goncharov, I.M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation21-64-00018 ロシア
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: High-resolution structure of a naturally red-shifted LOV domain.
著者: Goncharov, I.M. / Smolentseva, A. / Semenov, O. / Natarov, I. / Nazarenko, V.V. / Yudenko, A. / Remeeva, A. / Gushchin, I.
履歴
登録2021年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hybrid sensor histidine kinase/response regulator
B: Hybrid sensor histidine kinase/response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,94814
ポリマ－25,1142
非ポリマー1,83412
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.606, 62.541, 64.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hybrid sensor histidine kinase/response regulator


分子量: 12557.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus islandicus (バクテリア)
遺伝子: A6A03_05810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178LR65
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.04 M KH2PO4, 16% w/v PEG 8000, 20% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→64.16 Å / Num. obs: 77945 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 474237 / Scaling rejects: 66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.2-1.225.70.9312143337900.7760.4261.0261.899.4
6.57-64.165.30.05130435720.9940.0250.05824.899.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RHF

6rhf


解像度: 1.2→44.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.157 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1846 4048 5.2 %RANDOM
Rwork0.1577 ---
obs0.1592 73725 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.54 Å2 / Biso mean: 13.723 Å2 / Biso min: 7.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1628 0 131 271 2030
Biso mean--18.88 27.62 -
残基数----212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0131900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.0171774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.7012608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5721.5974103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9375245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.09120.392102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.3115274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0731519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.43533672
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 288 -
Rwork0.323 5373 -
all-5661 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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