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- PDB-7onn: Crystal structure of PBP3 transpeptidase domain from E. coli in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7onn
タイトルCrystal structure of PBP3 transpeptidase domain from E. coli in complex with AIC499
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードPROTEIN BINDING / monobactam / PBP3 / peptidoglycan synthesis / drug complex / transpeptidase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


divisome complex / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization ...divisome complex / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to xenobiotic stimulus / cell division / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VL5 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Freischem, S. / Grimm, I. / Weiergraeber, O.H.
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Interaction Mode of the Novel Monobactam AIC499 Targeting Penicillin Binding Protein 3 of Gram-Negative Bacteria.
著者: Freischem, S. / Grimm, I. / Lopez-Perez, A. / Willbold, D. / Klenke, B. / Vuong, C. / Dingley, A.J. / Weiergraber, O.H.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4614
ポリマ－43,6971
非ポリマー1,7643
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.383, 110.383, 142.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-718-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Essential cell division protein FtsI / Murein transpeptidase / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3 ...Essential cell division protein FtsI / Murein transpeptidase / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3 / Peptidoglycan synthase FtsI


分子量: 43696.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ftsI, pbpB, b0084, JW0082 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0AD68, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-VL5 / (2S)-2-[(Z)-[1-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-[[(2S)-3-methyl-1-oxidanylidene-3-(sulfooxyamino)butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethylidene]amino]oxy-3-[4-[N-[(3R)-piperidin-3-yl]carbamimidoyl]phenoxy]propanoic acid / AIC499 (bound)


分子量: 670.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N8O10S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mg/ml PBP3, 0.1 M MES, 25% (w/v) PEG 1000, 0.5 mM AIC499

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→47.8 Å / Num. obs: 18221 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 41.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.92→2.22 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 911 / CC1/2: 0.783 / Rrim(I) all: 1.602 / % possible all: 74.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BJP

4bjp


解像度: 1.92→47.8 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 935 5.16 %
Rwork0.2233 17193 -
obs0.2256 18128 45.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.23 Å2 / Biso mean: 51.2242 Å2 / Biso min: 25.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3011 0 135 60 3206
Biso mean--61.81 44.92 -
残基数----403
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.92-2.020.465340.439595992
2.02-2.140.5122220.3954404628
2.14-2.310.5185340.459766970313
2.31-2.540.3951880.34861617170530
2.54-2.910.35361990.32263221342060
2.91-3.670.30933000.255454165716100
3.67-47.80.21572880.176857356023100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05620.1388-0.24782.45780.04621.28590.03280.1018-0.0227-0.36190.13390.4233-0.0949-0.4452-0.16990.4963-0.0941-0.22440.66990.47780.57563.88137.335-19.148
21.1514-0.1464-0.18082.1134-0.77711.6396-0.0789-0.0856-0.1448-0.21490.39230.7630.0378-0.7443-0.35040.5747-0.0546-0.20530.81380.50270.6942-0.45836.895-10.871
30.796-0.48130.57340.9899-0.52260.87130.21590.0711-0.2382-0.23570.09530.21170.343-0.2724-0.19090.5516-0.0399-0.28460.30340.26910.356116.91627.788-13.962
40.8605-0.80920.01481.7327-1.14671.32050.12230.0109-0.2347-0.23290.16920.27940.549-0.1759-0.23260.53330.0263-0.19940.40010.22610.367219.07722.2620.715
53.3415-0.67020.39171.38180.18722.2914-0.1041-0.3609-0.3030.25320.2205-0.35660.81820.297-0.11660.8460.3441-0.12710.740.23570.792238.56716.75215.215
60.3740.08430.23960.6098-0.38030.47360.1095-0.0247-0.2529-0.0483-0.0809-0.18470.26420.25040.02470.58180.286-0.22770.54340.22420.534.6719.5911.132
70.277-0.1667-0.42340.8190.18130.6481-0.0792-0.298-0.22360.30080.2230.13050.3928-0.0991-0.03960.5927-0.0331-0.24490.48090.48120.422918.49722.5438.575
82.9969-0.60081.75910.81420.60512.3568-0.027-0.12520.3981-0.02080.32750.1837-0.1479-0.5302-0.27560.26410.04940.01940.34290.18470.488719.47341.0065.016
91.013-0.0823-0.03021.13680.00121.07750.1633-0.2369-0.1023-0.11960.0488-0.3270.25130.3304-0.20380.25670.1263-0.02320.39260.04470.444637.51231.315-1.303
101.2928-0.14930.15823.8739-0.40321.78120.1229-0.1121-0.314-0.04070.07390.240.5011-0.3137-0.12580.6098-0.0425-0.14140.22630.16790.379524.78820.449-2.724
110.73930.1494-0.4415.4915-0.44081.130.23910.0467-0.0953-0.10610.1651-0.2440.2831-0.0148-0.28430.58870.1022-0.1060.17920.06610.393930.97227.943-11.452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 70:179 )A70 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 180:237 )A180 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 238:288 )A238 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 289:319 )A289 - 319
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 320:341 )A320 - 341
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 342:382 )A342 - 382
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 383:436 )A383 - 436
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 437:460 )A437 - 460
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 461:491 )A461 - 491
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 492:533 )A492 - 533
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 534:569 )A534 - 569

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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