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万見
- PDB-7oni: Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2* -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oni
タイトルStructure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2*
要素
  • Cullin-5
  • E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2
  • NEDD8
  • RING-box protein 2
キーワードLIGASE / CUL5 / NEDD8 / UBQ / UBIQUITIN / ARIH2 / RBX2
機能・相同性
機能・相同性情報


developmental cell growth / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ERBB2 signaling pathway / regulation of neuron migration / reelin-mediated signaling pathway / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / protein K11-linked ubiquitination / protein neddylation ...developmental cell growth / RBR-type E3 ubiquitin transferase / ERBB2 signaling pathway / regulation of neuron migration / reelin-mediated signaling pathway / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / regulation of proteolysis / protein K11-linked ubiquitination / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / NEDD8 ligase activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / response to redox state / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / SCF ubiquitin ligase complex / hematopoietic stem cell proliferation / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / site of DNA damage / cullin family protein binding / protein K63-linked ubiquitination / anatomical structure morphogenesis / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum unfolded protein response / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / Iron uptake and transport / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein modification process / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / calcium channel activity / Evasion by RSV of host interferon responses / Downregulation of ERBB2 signaling / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein tag activity / UCH proteinases / ubiquitin protein ligase activity / protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / copper ion binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ariadne domain / Ariadne domain / IBR domain, a half RING-finger domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / Nedd8-like ubiquitin / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers ...: / : / Ariadne domain / Ariadne domain / IBR domain, a half RING-finger domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / Nedd8-like ubiquitin / IBR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 / NEDD8 / Cullin-5 / RING-box protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kostrhon, S.P. / prabu, J.R. / Schulman, B.A.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)H2020 789016-NEDD8Activate ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021
タイトル: CUL5-ARIH2 E3-E3 ubiquitin ligase structure reveals cullin-specific NEDD8 activation.
著者: Sebastian Kostrhon / J Rajan Prabu / Kheewoong Baek / Daniel Horn-Ghetko / Susanne von Gronau / Maren Klügel / Jérôme Basquin / Arno F Alpi / Brenda A Schulman /
要旨: An emerging mechanism of ubiquitylation involves partnering of two distinct E3 ligases. In the best-characterized E3-E3 pathways, ARIH-family RING-between-RING (RBR) E3s ligate ubiquitin to ...An emerging mechanism of ubiquitylation involves partnering of two distinct E3 ligases. In the best-characterized E3-E3 pathways, ARIH-family RING-between-RING (RBR) E3s ligate ubiquitin to substrates of neddylated cullin-RING E3s. The E3 ARIH2 has been implicated in ubiquitylation of substrates of neddylated CUL5-RBX2-based E3s, including APOBEC3-family substrates of the host E3 hijacked by HIV-1 virion infectivity factor (Vif). However, the structural mechanisms remained elusive. Here structural and biochemical analyses reveal distinctive ARIH2 autoinhibition, and activation on assembly with neddylated CUL5-RBX2. Comparison to structures of E3-E3 assemblies comprising ARIH1 and neddylated CUL1-RBX1-based E3s shows cullin-specific regulation by NEDD8. Whereas CUL1-linked NEDD8 directly recruits ARIH1, CUL5-linked NEDD8 does not bind ARIH2. Instead, the data reveal an allosteric mechanism. NEDD8 uniquely contacts covalently linked CUL5, and elicits structural rearrangements that unveil cryptic ARIH2-binding sites. The data reveal how a ubiquitin-like protein induces protein-protein interactions indirectly, through allostery. Allosteric specificity of ubiquitin-like protein modifications may offer opportunities for therapeutic targeting.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12995
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cullin-5
H: E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2
R: RING-box protein 2
N: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,07911
ポリマ－170,6214
非ポリマー4587
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Cullin-5 / CUL-5 / Vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor 1 / VACM-1


分子量: 91085.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL5, VACM1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q93034
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase ARIH2 / ARI-2 / Protein ariadne-2 homolog / RING-type E3 ubiquitin transferase ARIH2 / Triad1 protein


分子量: 57879.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutations : L381A E382A E455A / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARIH2, ARI2, TRIAD1, HT005
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O95376, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#3: タンパク質 RING-box protein 2 / Rbx2 / CKII beta-binding protein 1 / CKBBP1 / RING finger protein 7 / Regulator of cullins 2 / ...Rbx2 / CKII beta-binding protein 1 / CKBBP1 / RING finger protein 7 / Regulator of cullins 2 / Sensitive to apoptosis gene protein


分子量: 12425.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF7, RBX2, ROC2, SAG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UBF6
#4: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 9230.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q15843
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 14.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3.1.1 / カテゴリ: 最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191792 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039065
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50712275
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.8361230
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381391
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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