PDB-7omz: Thermus sp. 2.9 DarT in complex with ADP-ribosylated ssDNA and ni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7omz

タイトル

Thermus sp. 2.9 DarT in complex with ADP-ribosylated ssDNA and nicotinamide

要素

DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*C)-3')
DarT domain-containing protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus sp. 2.9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
著者: Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年10月13日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country ..._atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7omz.cif.gz	106.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7omz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7omz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7omz_validation.pdf.gz	968.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7omz_full_validation.pdf.gz	967.9 KB	表示
XML形式データ	7omz_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7omz_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omuC 7omvC 7omwC 7omxC 7omyC 7on0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7on0-d 4gaw-3 4zej-2 1qrz-3 5ypl-1 6qbu-d 2jem-1 3tjv-d 2bzg-d 4ey2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DarT domain-containing protein

AdA: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.963, 38.890, 61.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.805, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AAAAdA

#1: タンパク質	DarT domain-containing protein 分子量: 24437.170 Da / 分子数: 1 / 変異: E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus sp. 2.9 (バクテリア) / 遺伝子: QT17_01930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0B0SG80
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APTPGPTPC)-3') 分子量: 1495.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermus sp. 2.9* (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 205分子

#3: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.72 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 150 mM potassium thiocyanate, 10% (w/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.8998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→38.89 Å / Num. obs: 22671 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 944 / CC_1/2: 0.722 / R_pim(I) all: 0.356 / R_rim(I) all: 0.721 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292116023

解像度: 1.66→37.685 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 4.609 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1805	1076	4.749 %
R_work	0.1512	21581	-
all	0.153	-	-
obs	-	22657	98.023 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.027 Å²	0 Å²	0.269 Å²
2-	-	0.866 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.045 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→37.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1724	99	47	202	2072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.847	1.627	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.405	1.623	4085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.275	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.347	20.388	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.32	15	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.795	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	884
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.066	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.055	1.331	840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.051	1.329	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.585	1.987	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.585	1.987	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.71	1.567	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.71	1.567	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.732	2.26	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.731	2.26	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.859	16.523	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.638	15.97	2195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.703	0.256	68	0.225	1334	X-RAY DIFFRACTION	82.4706
1.703-1.75	0.263	65	0.217	1457	X-RAY DIFFRACTION	91.6315
1.75-1.8	0.233	79	0.201	1530	X-RAY DIFFRACTION	99.6902
1.8-1.856	0.192	73	0.181	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.9359
1.856-1.917	0.215	67	0.173	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.917-1.984	0.187	78	0.156	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.984-2.059	0.169	66	0.149	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.059-2.142	0.189	67	0.152	1289	X-RAY DIFFRACTION	99.4864
2.142-2.238	0.186	60	0.144	1231	X-RAY DIFFRACTION	99.9226
2.238-2.347	0.164	57	0.134	1199	X-RAY DIFFRACTION	99.9204
2.347-2.473	0.194	61	0.135	1139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.473-2.623	0.169	60	0.137	1061	X-RAY DIFFRACTION	99.9109
2.623-2.804	0.214	47	0.145	1025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.804-3.028	0.152	46	0.131	946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.028-3.316	0.156	33	0.131	866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.316-3.706	0.152	32	0.133	802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.706-4.277	0.165	38	0.128	711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.277-5.231	0.174	35	0.13	592	X-RAY DIFFRACTION	100
5.231-7.37	0.202	29	0.208	461	X-RAY DIFFRACTION	100
7.37-37.685	0.094	15	0.094	277	X-RAY DIFFRACTION	99.6587

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.3593 Å / Origin y: 1.2698 Å / Origin z: 15.2359 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0054 Å²	0.0069 Å²	0.0049 Å²	-	0.0404 Å²	-0.0025 Å²	-	-	0.0091 Å²
L	0.6064 °²	0.0724 °²	0.3431 °²	-	0.2555 °²	0.0478 °²	-	-	0.2539 °²
S	-0.0257 Å °	-0.0831 Å °	-0.0193 Å °	-0.0273 Å °	0.022 Å °	-0.0359 Å °	-0.0121 Å °	-0.0478 Å °	0.0037 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	701
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	601 - 605

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