PDB-7omv: Thermus sp. 2.9 DarT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7omv

タイトル

Thermus sp. 2.9 DarT

要素

DarT domain-containing protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

DNA ADP-ribosyl transferase (DarT) domain profile. / ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase, DarT / ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase, DarT / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding / THIOCYANATE ION / DNA ADP-ribosyl transferase

機能・相同性情報

生物種

Thermus sp. 2.9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for DarT ADP-ribosylation of a DNA base.
著者: Schuller, M. / Butler, R.E. / Ariza, A. / Tromans-Coia, C. / Jankevicius, G. / Claridge, T.D.W. / Kendall, S.L. / Goh, S. / Stewart, G.R. / Ahel, I.

履歴

登録	2021年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7omv.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7omv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7omv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7omv_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7omv_full_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示
XML形式データ	7omv_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	7omv_validation.cif.gz	18 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/7omv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7omuC 7omwC 7omxC 7omyC 7omzC 7on0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v8e-7 3v8e-4 1sc8-d 1fjl-1 1gjc-d 2h0r-1 1gjd-d 4avq-3 3v8e-3 1owi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: DarT domain-containing protein

ヘテロ分子

24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.317, 90.770, 34.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-493- HOH
2	1	AAA-583- HOH

#1: タンパク質	DarT domain-containing protein 分子量: 24437.170 Da / 分子数: 1 / 変異: E160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus sp. 2.9 (バクテリア) / 遺伝子: QT17_01930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0B0SG80
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.19 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.29→90.77 Å / Num. obs: 48391 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.29→1.31 Å / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1674 / CC_1/2: 0.934 / R_pim(I) all: 0.166 / R_rim(I) all: 0.406

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292116031

解像度: 1.29→45.426 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.906 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	2439	5.046 %
R_work	0.1614	45893	-
all	0.163	-	-
obs	-	48332	96.658 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.362 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.487 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.047 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→45.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1730	0	4	219	1953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.792	1.655	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.432	1.575	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.639	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.804	20.37	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.676	15	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.658	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.13	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.321	1.661	861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.324	1.659	859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.657	2.509	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.656	2.509	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.645	2.083	991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.718	2.087	990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.603	2.979	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.632	2.982	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.611	21.489	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.329	20.729	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.695	3	3608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.323	0.243	139	0.231	2459	X-RAY DIFFRACTION	71.6097
1.323-1.36	0.293	145	0.21	2913	X-RAY DIFFRACTION	86.0439
1.36-1.399	0.253	188	0.189	3170	X-RAY DIFFRACTION	96.4388
1.399-1.442	0.237	169	0.171	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.9101
1.442-1.489	0.233	138	0.167	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.489-1.542	0.251	164	0.175	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.542-1.6	0.228	162	0.185	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.665	0.234	158	0.165	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.665-1.739	0.218	157	0.164	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.739-1.824	0.196	135	0.153	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.824-1.923	0.207	123	0.148	2453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.923-2.039	0.187	116	0.146	2329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.039-2.18	0.199	114	0.143	2197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.355	0.206	102	0.151	2048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.355-2.579	0.182	106	0.151	1880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.883	0.2	95	0.155	1733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.883-3.329	0.167	74	0.154	1529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.329-4.076	0.18	73	0.143	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
4.076-5.758	0.166	44	0.164	1064	X-RAY DIFFRACTION	100
5.758-45.426	0.252	37	0.236	608	X-RAY DIFFRACTION	99.2308

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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