ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0253精密化 | PHASER | | 位相決定 | Aimless | | データスケーリング | DIALS | | データ削減 | xia2 | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KRN 解像度: 1.48→42.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2051 | 2262 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1773 | - | - | - |
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obs | 0.1786 | 44926 | 97.92 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 67.05 Å2 / Biso mean: 16.232 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.27 Å2 | -0 Å2 | -0.9 Å2 |
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2- | - | -0.66 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.44 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.48→42.69 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1959 | 0 | 8 | 176 | 2143 |
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Biso mean | - | - | 15.69 | 26.47 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 255 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.012 | 0.013 | 2108 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.037 | 0.018 | 1792 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.683 | 1.639 | 2881 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg2.505 | 1.58 | 4175 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.842 | 5 | 285 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg31.674 | 21.441 | 118 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.216 | 15 | 325 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg20.102 | 15 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.078 | 0.2 | 270 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 2481 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.018 | 0.02 | 506 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.48→1.517 Å / Rfactor Rfree error: 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.296 | 160 | - |
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Rwork | 0.29 | 3129 | - |
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obs | - | - | 94.24 % |
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