[日本語] English
万見
- PDB-7ol0: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ol0
タイトルStructure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 6
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase II subunit ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • Non-template DNA
  • RNA
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • Template DNA
  • Transcription elongation factor SPT5
キーワードTRANSCRIPTION / Pol II / Super elongation complex / ELL2 / EAF1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / : / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing ...negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / : / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / organelle membrane / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of translational initiation / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA Polymerase II Transcription Elongation / transcription by RNA polymerase I / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal ...Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Gyrase A; domain 2 - #140 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / RNA-binding domain, S1 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Enzyme I; Chain A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Gyrase A; domain 2 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, Y. / Vos, S.M. / Dienemann, C. / Ninov, M. / Urlaub, H. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Grant CHROMATRANS 693023 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1286 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Allosteric transcription stimulation by RNA polymerase II super elongation complex.
著者: Ying Chen / Seychelle M Vos / Christian Dienemann / Momchil Ninov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The super elongation complex (SEC) contains the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the subcomplex ELL2-EAF1, which stimulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation. Here, we ...The super elongation complex (SEC) contains the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the subcomplex ELL2-EAF1, which stimulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of ELL2-EAF1 bound to a RNA Pol II elongation complex at 2.8 Å resolution. The ELL2-EAF1 dimerization module directly binds the RNA Pol II lobe domain, explaining how SEC delivers P-TEFb to RNA Pol II. The same site on the lobe also binds the initiation factor TFIIF, consistent with SEC binding only after the transition from transcription initiation to elongation. Structure-guided functional analysis shows that the stimulation of RNA elongation requires the dimerization module and the ELL2 linker that tethers the module to the RNA Pol II protrusion. Our results show that SEC stimulates elongation allosterically and indicate that this stimulation involves stabilization of a closed conformation of the RNA Pol II active center cleft.
履歴
登録2021年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年7月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.52025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12974
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase II subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
L: RNA polymerase II subunit K
Z: Transcription elongation factor SPT5
P: RNA
N: Non-template DNA
T: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)696,77725
ポリマ－696,22916
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area73710 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area155260 Å2
手法PISA

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ACEFGI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

-
タンパク質 , 3種, 3分子 BKZ

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 142426.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#13: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00267

-
RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL

#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 20962.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#14: RNA鎖 RNA


分子量: 15076.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The last nucleotide 47 (A) in the sample was extended to the 3' of the original scaffolding RNA (46-mer) during sample preparation in the presence of ATP.
由来: (合成) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#15: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 14672.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
#16: DNA鎖 Template DNA


分子量: 14934.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elongation factors DSIF (SPT5-KOW5)
タイプ: COMPLEX
詳細: This is a for map for Pol II-DSIF alone class. In this map, ELL2, EAF1, SPT4 are not visible. For SPT5, only the KOW5 domain is visible.
Entity ID: #1-#16 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 43.21 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3942: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194785 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0133646
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84945793
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.475084
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0585133
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065659

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る