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- EMDB-12966: Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12966
タイトルStructure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1 Map 5, Focused map for ELL2-EAF1 region
マップデータMap5, focused map for ELL2-EAF1 region.It was used for generating the composite map 1 (Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)-ELL2-EAF1 composite map)
試料
  • 複合体: Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elongation factors DSIF, ELL2 and EAF1
    • 複合体: RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: elongation and assocation factor
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: transcription elongation factor
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: DNA and RNA
      • DNA: x 2種
      • RNA: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


super elongation complex / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / : / DSIF complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events ...super elongation complex / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / : / DSIF complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription elongation factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / organelle membrane / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase III complex / Cajal body / transcription-coupled nucleotide-excision repair / intercellular bridge / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / : / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA-directed RNA polymerase activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / P-body / ribonucleoside binding / : / : / : / fibrillar center / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / protein heterodimerization activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor Eaf, N-terminal / EAF family / RNA polymerase II transcription elongation factor / RNA polymerase II elongation factor ELL, N-terminal / RNA polymerase II elongation factor ELL / Occludin homology domain / ELL/occludin family / Occludin homology domain / Occludin/ELL (OCEL) domain profile. / E3 ubiquitin-protein ligase ELL-like ...Transcription elongation factor Eaf, N-terminal / EAF family / RNA polymerase II transcription elongation factor / RNA polymerase II elongation factor ELL, N-terminal / RNA polymerase II elongation factor ELL / Occludin homology domain / ELL/occludin family / Occludin homology domain / Occludin/ELL (OCEL) domain profile. / E3 ubiquitin-protein ligase ELL-like / Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / RNA-binding domain, S1 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS)
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E ...RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Transcription elongation factor SPT5 / RNA polymerase II elongation factor ELL2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / ELL-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Chen Y / Vos SM / Dienemann C / Ninov M / Urlaub H / Cramer P
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)Advanced Grant CHROMATRANS 693023 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1286 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Allosteric transcription stimulation by RNA polymerase II super elongation complex.
著者: Ying Chen / Seychelle M Vos / Christian Dienemann / Momchil Ninov / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The super elongation complex (SEC) contains the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the subcomplex ELL2-EAF1, which stimulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation. Here, we ...The super elongation complex (SEC) contains the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the subcomplex ELL2-EAF1, which stimulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of ELL2-EAF1 bound to a RNA Pol II elongation complex at 2.8 Å resolution. The ELL2-EAF1 dimerization module directly binds the RNA Pol II lobe domain, explaining how SEC delivers P-TEFb to RNA Pol II. The same site on the lobe also binds the initiation factor TFIIF, consistent with SEC binding only after the transition from transcription initiation to elongation. Structure-guided functional analysis shows that the stimulation of RNA elongation requires the dimerization module and the ELL2 linker that tethers the module to the RNA Pol II protrusion. Our results show that SEC stimulates elongation allosterically and indicate that this stimulation involves stabilization of a closed conformation of the RNA Pol II active center cleft.
履歴
登録2021年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月14日-
マップ公開2021年7月14日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12966.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12966.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map5, focused map for ELL2-EAF1 region.It was used for generating the composite map 1 (Pol II-DSIF (SPT5-KOW5)-ELL2-EAF1 composite map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.1302887 - 0.21265212
平均 (標準偏差)-3.4324396e-05 (±0.0030552454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z315.000315.000315.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ640640640
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1300.213-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12966_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 for focused map of ELL2-EAF1 region (map5)

ファイルemd_12966_half_map_1.map
注釈half map 1 for focused map of ELL2-EAF1 region (map5)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 for focused map of ELL2-EAF1 region (map5)

ファイルemd_12966_half_map_2.map
注釈half map 2 for focused map of ELL2-EAF1 region (map5)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elonga...

全体名称: Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elongation factors DSIF, ELL2 and EAF1
要素
  • 複合体: Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elongation factors DSIF, ELL2 and EAF1
    • 複合体: RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit D
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit E
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit F
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit G
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II subunit K
    • 複合体: elongation and assocation factor
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II elongation factor ELL2
      • タンパク質・ペプチド: ELL-associated factor 1
    • 複合体: transcription elongation factor
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT4
    • 複合体: DNA and RNA
      • DNA: Template DNA
      • DNA: Non-template DNA
      • RNA: RNA

+
超分子 #1: Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elonga...

超分子名称: Transcription elongation complex of RNA polymerase II with elongation factors DSIF, ELL2 and EAF1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: RNA polymerase

超分子名称: RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #3: elongation and assocation factor

超分子名称: elongation and assocation factor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13-#14
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #4: transcription elongation factor

超分子名称: transcription elongation factor / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15-#16
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #5: DNA and RNA

超分子名称: DNA and RNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #17-#19
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMT ECPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK R LTHVYDLC KGKNICEGGE EMDNKFGVEQ ...文字列:
MHGGGPPSGD SACPLRTIKR VQFGVLSPDE LKRMSVTEGG IKYPETTEGG RPKLGGLMDP RQGVIERTGR CQTCAGNMT ECPGHFGHIE LAKPVFHVGF LVKTMKVLRC VCFFCSKLLV DSNNPKIKDI LAKSKGQPKK R LTHVYDLC KGKNICEGGE EMDNKFGVEQ PEGDEDLTKE KGHGGCGRYQ PRIRRSGLEL YAEWKHVNED SQ EKKILLS PERVHEIFKR ISDEECFVLG MEPRYARPEW MIVTVLPVPP LSVRPAVVMQ GSARNQDDLT HKL ADIVKI NNQLRRNEQN GAAAHVIAED VKLLQFHVAT MVDNELPGLP RAMQKSGRPL KSLKQRLKGK EGRV RGNLM GKRVDFSART VITPDPNLSI DQVGVPRSIA ANMTFAEIVT PFNIDRLQEL VRRGNSQYPG AKYII RDNG DRIDLRFHPK PSDLHLQTGY KVERHMCDGD IVIFNRQPTL HKMSMMGHRV RILPWSTFRL NLSVTT PYN ADFDGDEMNL HLPQSLETRA EIQELAMVPR MIVTPQSNRP VMGIVQDTLT AVRKFTKRDV FLERGEV MN LLMFLSTWDG KVPQPAILKP RPLWTGKQIF SLIIPGHINC IRTHSTHPDD EDSGPYKHIS PGDTKVVV E NGELIMGILC KKSLGTSAGS LVHISYLEMG HDITRLFYSN IQTVINNWLL IEGHTIGIGD SIADSKTYQ DIQNTIKKAK QDVIEVIEKA HNNELEPTPG NTLRQTFENQ VNRILNDARD KTGSSAQKSL SEYNNFKSMV VSGAKGSKI NISQVIAVVG QQNVEGKRIP FGFKHRTLPH FIKDDYGPES RGFVENSYLA GLTPTEFFFH A MGGREGLI DTAVKTAETG YIQRRLIKSM ESVMVKYDAT VRNSINQVVQ LRYGEDGLAG ESVEFQNLAT LK PSNKAFE KKFRFDYTNE RALRRTLQED LVKDVLSNAH IQNELEREFE RMREDREVLR VIFPTGDSKV VLP CNLLRM IWNAQKIFHI NPRLPSDLHP IKVVEGVKEL SKKLVIVNGD DPLSRQAQEN ATLLFNIHLR STLC SRRMA EEFRLSGEAF DWLLGEIESK FNQAIAHPGE MVGALAAQSL GEPATQMTLN TFHYAGVSAK NVTLG VPRL KELINISKKP KTPSLTVFLL GQSARDAERA KDILCRLEHT TLRKVTANTA IYYDPNPQST VVAEDQ EWV NVYYEMPDFD VARISPWLLR VELDRKHMTD RKLTMEQIAE KINAGFGDDL NCIFNDDNAE KLVLRIR IM NSDENKMQEE EEVVDKMDDD VFLRCIESNM LTDMTLQGIE QISKVYMHLP QTDNKKKIII TEDGEFKA L QEWILETDGV SLMRVLSEKD VDPVRTTSND IVEIFTVLGI EAVRKALERE LYHVISFDGS YVNYRHLAL LCDTMTCRGH LMAITRHGVN RQDTGPLMKC SFEETVDVLM EAAAHGESDP MKGVSENIML GQLAPAGTGC FDLLLDAEK CKYGMEIPTN IPGLGAAGPT GMFFGSAPSP MGGISPAMTP WNQGATPAYG AWSPSVGSGM T PGAAGFSP SAASDASGFS PGYSPAWSPT PGSPGSPGPS SPYIPSPGGA MSPSYSPTSP AYEPRSPGGY TP QSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPNYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSP TSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPS YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP NYSP TSPNY TPTSPSYSPT SPSYSPTSPN YTPTSPNYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PSSPRYTPQS PTYTP SSPS YSPSSPSYSP TSPKYTPTSP SYSPSSPEYT PTSPKYSPTS PKYSPTSPKY SPTSPTYSPT TPKYSP TSP TYSPTSPVYT PTSPKYSPTS PTYSPTSPKY SPTSPTYSPT SPKGSTYSPT SPGYSPTSPT YSLTSPA IS PDDSDEEN

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGL GAPGSCANMY DADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ Q LDSFDEFI QMSVQRIVED APPIDLQAEA QHASGEVEEP PRYLLKFEQI ...文字列:
MCSTNLSQAL AYFRAGANLT AASLWAGFRG SRRIFWERRK RKSLCLALRP GGACWRWLLA VSCVSLRGL GAPGSCANMY DADEDMQYDE DDDEITPDLW QEACWIVISS YFDEKGLVRQ Q LDSFDEFI QMSVQRIVED APPIDLQAEA QHASGEVEEP PRYLLKFEQI YLSKPTHWER DG APSPMMP NEARLRNLTY SAPLYVDITK TVIKEGEEQL QTQHQKTFIG KIPIMLRSTY CLL NGLTDR DLCELNECPL DPGGYFIING SEKVLIAQEK MATNTVYVFA KKDSKYAYTG ECRS CLENS SRPTSTIWVS MLARGGQGAK KSAIGQRIVA TLPYIKQEVP IIIVFRALGF VSDRD ILEH IIYDFEDPEM MEMVKPSLDE AFVIQEQNVA LNFIGSRGAK PGVTKEKRIK YAKEVL QKE MLPHVGVSDF CETKKAYFLG YMVHRLLLAA LGRRELDDRD HYGNKRLDLA GPLLAFL FR GMFKNLLKEV RIYAQKFIDR GKDFNLELAI KTRIISDGLK YSLATGNWGD QKKAHQAR A GVSQVLNRLT FASTLSHLRR LNSPIGRDGK LAKPRQLHNT LWGMVCPAET PEGHAVGLV KNLALMAYIS VGSQPSPILE FLEEWSMENL EEISPAAIAD ATKIFVNGCW VGIHKDPEQL MNTLRKLRR QMDIIVSEVS MIRDIREREI RIYTDAGRIC RPLLIVEKQK LLLKKRHIDQ L KEREYNNY SWQDLVASGV VEYIDTLEEE TVMLAMTPDD LQEKEVAYCS TYTHCEIHPS MI LGVCASI IPFPDHNQSP RNTYQSAMGK QAMGVYITNF HVRMDTLAHV LYYPQKPLVT TRS MEYLRF RELPAGINSI VAIASYTGYN QEDSVIMNRS AVDRGFFRSV FYRSYKEQES KKGF DQEEV FEKPTRETCQ GMRHAIYDKL DDDGLIAPGV RVSGDDVIIG KTVTLPENED ELEGT NRRY TKRDCSTFLR TSETGIVDQV MVTLNQEGYK FCKIRVRSVR IPQIGDKFAS RHGQKG TCG IQYRQEDMPF TCEGITPDII INPHAIPSRM TIGHLIECLQ GKVSANKGEI GDATPFN DA VNVQKISNLL SDYGYHLRGN EVLYNGFTGR KITSQIFIGP TYYQRLKHMV DDKIHSRA R GPIQILNRQP MEGRSRDGGL RFGEMERDCQ IAHGAAQFLR ERLFEASDPY QVHVCNLCG IMAIANTRTH TYECRGCRNK TQISLVRMPY ACKLLFQELM SMSIAPRMMS V

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLG LIPLTSDDIV DKLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD L ISNSPRVI PVTSRNRDND PSDYVEQDDI LIVKLRKGQE LRLRAYAKKG ...文字列:
MPYANQPTVR ITELTDENVK FIIENTDLAV ANSIRRVFIA EVPIIAIDWV QIDANSSVLH DEFIAHRLG LIPLTSDDIV DKLQYSRDCT CEEFCPECSV EFTLDVRCNE DQTRHVTSRD L ISNSPRVI PVTSRNRDND PSDYVEQDDI LIVKLRKGQE LRLRAYAKKG FGKEHAKWNP TA GVAFEYD PDNALRHTVY PKPEEWPKSE YSELDEDESQ APYDPNGKPE RFYYNVESCG SLR PETIVL SALSGLKKKL SDLQTQLSHE IQSDVLTIN

+
分子 #4: RNA polymerase II subunit D

分子名称: RNA polymerase II subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MWGPAQPYSD SALSPKPRPF RAVFRGSALP FPAVRVEVRG RSMAAGGSDP RAGDVEEDAS QLIFPKEFE TAETLLNSEV HMLLEHRKQQ NESAEDEQEL SEVFMKTLNY TARFSRFKNR E TIASVRSL LLQKKLHKFE LACLANLCPE TAEESKALIP SLEGRFEDEE LQQILDDIQT KR SFQY

+
分子 #5: RNA polymerase II subunit E

分子名称: RNA polymerase II subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列: MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPT DQMFVFFPEE PKVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV D MAPKYILE QFLQQELLIN ITEHELVPEH VVMTKEEVTE LLARYKLREN ...文字列:
MDDEEETYRL WKIRKTIMQL CHDRGYLVTQ DELDQTLEEF KAQFGDKPSE GRPRRTDLTV LVAHNDDPT DQMFVFFPEE PKVGIKTIKV YCQRMQEENI TRALIVVQQG MTPSAKQSLV D MAPKYILE QFLQQELLIN ITEHELVPEH VVMTKEEVTE LLARYKLREN QLPRIQAGDP VA RYFGIKR GQVVKIIRPS ETAGRYITYR LVQ

+
分子 #6: RNA polymerase II subunit F

分子名称: RNA polymerase II subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MSDNEDNFDG DDFDDVEEDE GLDDLENAEE EGQENVEILP SGERPQANQK RITTPYMTKY ERARVLGTR ALQIAMCAPV MVELEGETDP LLIAMKELKA RKIPIIIRRY LPDGSYEDWG V DELIISD

+
分子 #7: RNA polymerase II subunit G

分子名称: RNA polymerase II subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYP VKYKAIVFRP FKGEVVDAVV TQVNKVGLFT EIGPMSCFIS RHSIPSEMEF D PNSNPPCY KTMDEDIVIQ QDDEIRLKIV GTRVDKNDIF AIGSLMDDYL GLVS

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MAGILFEDIF DVKDIDPEGK KFDRVSRLHC ESESFKMDLI LDVNIQIYPV DLGDKFRLVI ASTLYEDGT LDDGEYNPTD DRPSRADQFE YVMYGKVYRI EGDETSTEAA TRLSAYVSYG G LLMRLQGD ANNLHGFEVD SRVYLLMKKL AF

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MEPDGTYEPG FVGIRFCQEC NNMLYPKEDK ENRILLYACR NCDYQQEADN SCIYVNKITH EVDELTQII ADVSQDPTLP RTEDHPCQKC GHKEAVFFQS HSARAEDAMR LYYVCTAPHC G HRWTE

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKIVGNKWEA YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL AHVDLIEKLL NYAPLEK

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MNAPPAFESF LLFEGEKKIT INKDTKVPNA CLFTINKEDH TLGNIIKSQL LKDPQVLFAG YKVPHPLEH KIIIRVQTTP DYSPQEAFTN AITDLISELS LLEERFRVAI KDKQEGIE

+
分子 #12: RNA polymerase II subunit K

分子名称: RNA polymerase II subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
配列文字列:
MDTQKDVQPP KQQPMIYICG ECHTENEIKS RDPIRCRECG YRIMYKKRTK RLVVFDAR

+
分子 #13: RNA polymerase II elongation factor ELL2

分子名称: RNA polymerase II elongation factor ELL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAGGTGGLR EEQRYGLSCG RLGQDNITVL HVKLTETAIR ALETYQSHKN LIPFRPSIQF QGLHGLVKI PKNDPLNEVH NFNFYLSNVG KDNPQGSFDC IQQTFSSSGA SQLNCLGFIQ D KITVCATN DSYQMTRERM TQAEEESRNR STKVIKPGGP YVGKRVQIRK ...文字列:
MAAGGTGGLR EEQRYGLSCG RLGQDNITVL HVKLTETAIR ALETYQSHKN LIPFRPSIQF QGLHGLVKI PKNDPLNEVH NFNFYLSNVG KDNPQGSFDC IQQTFSSSGA SQLNCLGFIQ D KITVCATN DSYQMTRERM TQAEEESRNR STKVIKPGGP YVGKRVQIRK APQAVSDTVP ER KRSTPMN PANTIRKTHS SSTISQRPYR DRVIHLLALK AYKKPELLAR LQKDGVNQKD KNS LGAILQ QVANLNSKDL SYTLKDYVFK ELQRDWPGYS EIDRRSLESV LSRKLNPSQN AAGT SRSES PVCSSRDAVS SPQKRLLDSE FIDPLMNKKA RISHLTNRVP PTLNGHLNPT SEKSA AGLP LPPAAAAIPT PPPLPSTYLP ISHPPQIVNS NSNSPSTPEG RGTQDLPVDS FSQNDS IYE DQQDKYTSRT SLETLPPGSV LLKCPKPMEE NHSMSHKKSK KKSKKHKEKD QIKKHDI ET IEEKEEDLKR EEEIAKLNNS SPNSSGGVKE DCTASMEPSA IELPDYLIKY IAIVSYEQ R QNYKDDFNAE YDEYRALHAR METVARRFIK LDAQRKRLSP GSKEYQNVHE EVLQEYQKI KQSSPNYHEE KYRCEYLHNK LAHIKRLIGE FDQQQAESWS

+
分子 #14: ELL-associated factor 1

分子名称: ELL-associated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNGTANPLLD REEHCLRLGE SFEKRPRASF HTIRYDFKPA SIDTSCEGEL QVGKGDEVTI TLPHIPGST PPMTVFKGNK RPYQKDCVLI INHDTGEYVL EKLSSSIQVK KTRAEGSSKI Q ARMEQQPT RPPQTSQPPP PPPPMPFRAP TKPPVGPKTS PLKDNPSPEP ...文字列:
MNGTANPLLD REEHCLRLGE SFEKRPRASF HTIRYDFKPA SIDTSCEGEL QVGKGDEVTI TLPHIPGST PPMTVFKGNK RPYQKDCVLI INHDTGEYVL EKLSSSIQVK KTRAEGSSKI Q ARMEQQPT RPPQTSQPPP PPPPMPFRAP TKPPVGPKTS PLKDNPSPEP QLDDIKRELR AE VDIIEQM SSSSGSSSSD SESSSGSDDD SSSSGGEDNG PASPPQPSHQ QPYNSRPAVA NGT SRPQGS NQLMNTLRND LQLSESGSDS DD

+
分子 #15: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKK PRHGGFILDE ADVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR S GARRLQNL WRDQREEELG EYYMKKYAKS SVGETVYGGS DELSDDITQQ ...文字列:
MSDSEDSNFS EEEDSERSSD GEEAEVDEER RSAAGSEKEE EPEDEEEEEE EEEYDEEEEE EDDDRPPKK PRHGGFILDE ADVDDEYEDE DQWEDGAEDI LEKEEIEASN IDNVVLDEDR S GARRLQNL WRDQREEELG EYYMKKYAKS SVGETVYGGS DELSDDITQQ QLLPGVKDPN LW TVKCKIG EERATAISLM RKFIAYQFTD TPLQIKSVVA PEHVKGYIYV EAYKQTHVKQ AIE GVGNLR LGYWNQQMVP IKEMTDVLKV VKEVANLKPK SWVRLKRGIY KDDIAQVDYV EPSQ NTISL KMIPRIDYDR IKARMSLKDW FAKRKKFKRP PQRLFDAEKI RSLGGDVASD GDFLI FEGN RYSRKGFLFK SFAMSAVITE GVKPTLSELE KFEDQPEGID LEVVTESTGK EREHNF QPG DNVEVCEGEL INLQGKILSV DGNKITIMPK HEDLKDMLEF PAQELRKYFK MGDHVKV IA GRFEGDTGLI VRVEENFVIL FSDLTMHELK VLPRDLQLCS ETASGVDVGG QHEWGELV Q LDPQTVGVIV RLERETFQVL NMYGKVVTVR HQAVTRKKDN RFAVALDSEQ NNIHVKDIV KVIDGPHSGR EGEIRHLFRS FAFLHCKKLV ENGGMFVCKT RHLVLAGGSK PRDVTNFTVG GFAPMSPRI SSPMHPSAGG QRGGFGSPGG GSGGMSRGRG RRDNELIGQT VRISQGPYKG Y IGVVKDAT ESTARVELHS TCQTISVDRQ RLTTVGSRRP GGMTSTYGRT PMYGSQTPMY GS GSRTPMY GSQTPLQDGS RTPHYGSQTP LHDGSRTPAQ SGAWDPNNPN TPSRAEEEYE YAF DDEPTP SPQAYGGTPN PQTPGYPDPS SPQVNPQYNP QTPGTPAMYN TDQFSPYAAP SPQG SYQPS PSPQSYHQVA PSPAGYQNTH SPASYHPTPS PMAYQASPSP SPVGYSPMTP GAPSP GGYN PHTPGSGIEQ NSSDWVTTDI QVKVRDTYLD TQVVGQTGVI RSVTGGMCSV YLKDSE KVV SISSEHLEPI TPTKNNKVKV ILGEDREATG VLLSIDGEDG IVRMDLDEQL KILNLRF LG KLLEA

+
分子 #16: Transcription elongation factor SPT4

分子名称: Transcription elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MALETVPKDL RHLRACLLCS LVKTIDQFEY DGCDNCDAYL QMKGNREMVY DCTSSSFDGI IAMMSPEDS WVSKWQRVSN FKPGVYAVSV TGRLPQGIVR ELKSRGVAYK SRDTAIKT

+
分子 #17: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 17 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
配列文字列:
GGCAAGCTTT ATTGAGGCTT AAGCAGTGGG TTCAAGGTAC TAGTGTAC

+
分子 #18: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 18 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
配列文字列:
GTACACTAGT ACCTACTCGA GTGACCTTAA GCCTCAATAA AGCTTGCC

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分子 #19: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 19
詳細: The last nucleotide (A47) was extended at the 3' of the original synthetic RNA scaffold (46-mer) during complex assembly in the presence of ATP.
由来(天然)生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
配列文字列:
ACCAGAUCUG AGCCUGGGAG CUCUCUGGCU AACUAGGGAA CCCACUA

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.21 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model created by CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102923
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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