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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ojr | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis phosphoglucomutase GlmM (phosphate bound) | ||||||
要素 | Phosphoglucosamine mutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Phosphoglucosamine Mutase / glucosamine-6-phosphate / glucosamine-1-phosphate / c-di-AMP / diadenylate cyclase / TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoglucosamine mutase / phosphoglucosamine mutase activity / phosphomannomutase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Pathania, M. / Grundling, A.G. / Freemont, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structural basis for the inhibition of the Bacillus subtilis c-di-AMP cyclase CdaA by the phosphoglucomutase GlmM. 著者: Pathania, M. / Tosi, T. / Millership, C. / Hoshiga, F. / Morgan, R.M.L. / Freemont, P.S. / Grundling, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ojr.cif.gz | 252.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ojr.ent.gz | 208.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ojr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ojr_validation.pdf.gz | 438.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ojr_full_validation.pdf.gz | 446.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ojr_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ojr_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/7ojr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/7ojr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ojsC 7olhC 7omlC 3pdkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50314.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: glmM, ybbT, BSU01770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O34824, phosphoglucosamine mutase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.42 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M buffer system 1 (Imidazole; MES, pH 6.5), 0.09 M NPS (NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4) and 37.5% MPD_P1K_P3350 (75% MPD, PEG 1K, PEG 3350) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→48.29 Å / Num. obs: 14081 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.6 % / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.26 Å / 冗長度: 17.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2497 / Rpim(I) all: 2.58 / % possible all: 99.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PDK (B. anthracis GlmM structure) 解像度: 3.05→48.29 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.41 Å2 / Biso mean: 50.7728 Å2 / Biso min: 21.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.05→48.29 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -59.4914 Å / Origin y: 18.3021 Å / Origin z: 32.7673 Å
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精密化 TLSグループ |
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