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- PDB-7ogj: Crystal structure of human METTL1 in complex with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ogj
タイトルCrystal structure of human METTL1 in complex with SAH
要素tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METTL1 / Complex / SAH
機能・相同性
機能・相同性情報


internal mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA stabilization / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification ...internal mRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / tRNA (m7G46) methyltransferase complex / tRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA stabilization / RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA methylation / cellular response to stress / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N-7) methyltransferase catalytic subunit Trm8, eukaryote / SAM-dependent methyltransferase TRMB-type domain profile. / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase, Trmb type / Putative methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Nai, F. / Bedi, R.K. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_189363 スイス
引用ジャーナル: Acs Bio Med Chem Au / 年: 2023
タイトル: Small-Molecule Inhibitors of the m7G-RNA Writer METTL1
著者: Nai, F. / Flores Espinoza, M.P. / Invernizzi, A. / Vargas-Rosales, P.A. / Bobileva, O. / Herok, M. / Caflisch, A.
履歴
登録2021年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version
解説: Ligand identity / 詳細: Replacement of ions / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02023年8月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.label_alt_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_asym.entity_id
解説: Ligand identity / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12023年12月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,30217
ポリマ－58,3572
非ポリマー1,94515
水10,467581
1
A: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1799
ポリマ－29,1781
非ポリマー1,0008
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1238
ポリマ－29,1781
非ポリマー9457
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.570, 80.460, 138.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / Methyltransferase-like protein 1 / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / miRNA (guanine-N(7)-)- ...Methyltransferase-like protein 1 / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / miRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N(7))-methyltransferase / tRNA(m7G46)-methyltransferase


分子量: 29178.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL1, C12orf1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBP6, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 596分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM lithium sulfate, 20% PEG 1000, 100 mM phosphate-citrate buffer pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→46.92 Å / Num. obs: 96318 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.13 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.34
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / Num. unique obs: 15366 / CC1/2: 0.664

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CKK

3ckk


解像度: 1.59→46.92 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3024
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 4807 5 %
Rwork0.1933 91278 -
obs0.1943 96085 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3346 0 125 581 4052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00824886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1817520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.610.43671580.39752995X-RAY DIFFRACTION98.35
1.61-1.620.36571560.36122959X-RAY DIFFRACTION99.52
1.62-1.640.37771570.342976X-RAY DIFFRACTION99.3
1.64-1.670.29741590.32543021X-RAY DIFFRACTION99.72
1.67-1.690.30861580.29293014X-RAY DIFFRACTION99.75
1.69-1.710.38021590.28423009X-RAY DIFFRACTION99.56
1.71-1.740.2981570.27272985X-RAY DIFFRACTION99.49
1.74-1.760.26511580.25983003X-RAY DIFFRACTION99.78
1.76-1.790.27991600.24943025X-RAY DIFFRACTION99.72
1.79-1.820.24221590.23463026X-RAY DIFFRACTION99.81
1.82-1.850.25731570.2272977X-RAY DIFFRACTION99.87
1.85-1.880.29421600.22783043X-RAY DIFFRACTION99.97
1.88-1.920.25951600.22073037X-RAY DIFFRACTION99.94
1.92-1.960.24071580.22243006X-RAY DIFFRACTION99.84
1.96-20.26841600.22353044X-RAY DIFFRACTION99.94
2-2.050.21451600.21043031X-RAY DIFFRACTION99.94
2.05-2.10.21381590.1913021X-RAY DIFFRACTION99.87
2.1-2.160.20221590.18823017X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.220.21211610.18883050X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.290.20061600.18653038X-RAY DIFFRACTION99.91
2.29-2.370.23681610.18373053X-RAY DIFFRACTION99.88
2.37-2.470.18271600.18493052X-RAY DIFFRACTION99.94
2.47-2.580.21721610.18963047X-RAY DIFFRACTION99.97
2.58-2.720.20351610.19263063X-RAY DIFFRACTION99.97
2.72-2.890.20091610.19213078X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.110.20791620.18783070X-RAY DIFFRACTION99.94
3.11-3.420.20961620.18013094X-RAY DIFFRACTION99.91
3.42-3.920.1841630.16113113X-RAY DIFFRACTION99.94
3.92-4.930.15171660.14323153X-RAY DIFFRACTION99.97
4.93-46.920.22281750.2013278X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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