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Yorodumi- PDB-7ody: Cyanophage S-2L MazG-like pyrophosphohydrolase bound to dGDP and ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ody | ||||||
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Title | Cyanophage S-2L MazG-like pyrophosphohydrolase bound to dGDP and three catalytic Mn2+ ions per active site | ||||||
Components | MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ) | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / S-2L / MazG-like pyrophosphohydrolase / MazZ | ||||||
Function / homology | 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Cyanophage S-2L (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.43 Å | ||||||
Authors | Czernecki, D. / Delarue, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Characterization of a triad of genes in cyanophage S-2L sufficient to replace adenine by 2-aminoadenine in bacterial DNA. Authors: Czernecki, D. / Bonhomme, F. / Kaminski, P.A. / Delarue, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ody.cif.gz | 283.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ody.ent.gz | 208.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ody.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7ody ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7ody | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11737.292 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cyanophage S-2L (virus) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | ChemComp-DGI / #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 200 mM Li2SO4; 1.26 M (NH4)2SO4; 100 mM Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 1.127129 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 22, 2019 / Details: KB Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.127129 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.42919251276→48.52 Å / Num. obs: 104356 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 19.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.43→1.47 Å / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 1.938 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7504 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.605 / Rrim(I) all: 2.032 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.43→48.45 Å / SU ML: 0.1522 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.5009 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.43→48.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 8.20772748975 Å / Origin y: -11.8002283633 Å / Origin z: -18.5610974181 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |