PDB-7ody: Cyanophage S-2L MazG-like pyrophosphohydrolase bound to dGDP and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ody

タイトル

Cyanophage S-2L MazG-like pyrophosphohydrolase bound to dGDP and three catalytic Mn2+ ions per active site

要素

MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ)

キーワード

VIRAL PROTEIN / S-2L / MazG-like pyrophosphohydrolase / MazZ

機能・相同性

MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Cyanophage S-2L (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Czernecki, D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Characterization of a triad of genes in cyanophage S-2L sufficient to replace adenine by 2-aminoadenine in bacterial DNA.
著者: Czernecki, D. / Bonhomme, F. / Kaminski, P.A. / Delarue, M.

履歴

登録	2021年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ody.cif.gz	283.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ody.ent.gz	208.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ody.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7ody ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7ody	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7odxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eag-d 6cqf-d 3wcc-5 3lee-1 1j71-d 3wce-4 7l26-4 1wop-d 2c43-d 3w32-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ)

B: MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ)

C: MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ)

D: MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ)

ヘテロ分子

50.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.590, 91.370, 114.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	MazG-like pyrophosphohydrolase (MazZ) 分子量: 11737.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanophage S-2L (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-DGI / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / dGDP タイプ: DNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 200 mM Li2SO4; 1.26 M (NH4)2SO4; 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.127129 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日 / 詳細: KB Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127129 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42919251276→48.52 Å / Num. obs: 104356 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 1.938 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7504 / CC_1/2: 0.579 / R_pim(I) all: 0.605 / R_rim(I) all: 2.032 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.43→48.45 Å / SU ML: 0.1522 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.5009
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1665	5210	5 %
R_work	0.1644	99022	-
obs	0.1645	104232	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2900	0	160	488	3548

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	3133
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3494	4302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.2712	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	591
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7618	1196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.45	0.2921	163	0.301	3101	X-RAY DIFFRACTION	95.63
1.45-1.46	0.3088	171	0.2828	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.46-1.48	0.2781	172	0.2616	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.48-1.5	0.2552	173	0.2377	3282	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.5-1.52	0.2449	172	0.2241	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.2259	172	0.2209	3281	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.56	0.2359	172	0.217	3251	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.56-1.58	0.21	172	0.2076	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.58-1.61	0.227	172	0.2049	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2133	172	0.2004	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.2053	173	0.2014	3279	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.66-1.69	0.2136	172	0.2015	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.2255	174	0.1911	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.1881	172	0.1865	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8	0.1714	172	0.179	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.167	173	0.1751	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.84-1.89	0.1832	172	0.1728	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.1569	175	0.1662	3313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2	0.1655	173	0.1646	3291	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2-2.06	0.1622	174	0.153	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.13	0.1432	175	0.1418	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.22	0.1486	173	0.1413	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.32	0.1344	174	0.1352	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.44	0.1335	175	0.1362	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.6	0.1366	176	0.1399	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.8	0.1418	176	0.1393	3344	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-3.08	0.1507	176	0.1502	3345	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.08-3.52	0.1567	177	0.1555	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-4.44	0.1401	180	0.1402	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-48.45	0.1994	187	0.198	3555	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.20772748975 Å / Origin y: -11.8002283633 Å / Origin z: -18.5610974181 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.151654447776 Å²	0.0202662404363 Å²	0.0059334178108 Å²	-	0.144325978819 Å²	-0.00316751924475 Å²	-	-	0.14902610441 Å²
L	0.584411064795 °²	0.207692236125 °²	-0.0426160006744 °²	-	0.680107749016 °²	-0.23106683436 °²	-	-	0.746271215949 °²
S	0.00340142423013 Å °	0.0502501756744 Å °	0.0202660109421 Å °	-0.00594088541521 Å °	-0.0278379116847 Å °	-0.0188844825656 Å °	-0.0439752121295 Å °	0.00154535489073 Å °	0.0221455592866 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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