PDB-7odq: Neisseria gonorrhoeae transaldolase at 5.4 MGy dose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7odq

タイトル

Neisseria gonorrhoeae transaldolase at 5.4 MGy dose

要素

Transaldolase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

TRANSALDOLASE /

CROSS-LINK (架橋) /

REGULATION (規制)

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase /

transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Widespread occurrence of covalent lysine-cysteine redox switches in proteins.
著者: Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Ye, J. / Uranga, J. / Irisarri, I. / de Vries, J. / Funk, L.M. / Mata, R.A. / Tittmann, K.

履歴

登録	2021年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7odq.cif.gz	237.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7odq.ent.gz	194.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7odq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7odoC 7odpC 7oeyC 6zx4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7odp-d 7bbx-d 6zwf-d 6zwj-d 6ru1-2 2brt-d 4ojx-d 7bbw-1 2uw7-d 5k78-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transaldolase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.200, 82.850, 89.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transaldolase / 分子量: 37614.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: tal, E8M68_10680, WHOO_01512, WHOO_01712 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3FXY0, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG8000, Sodium citrate, sodium phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→38.16 Å / Num. obs: 62051 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.444 % / B_iso Wilson estimate: 24.507 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.796 / Net I/σ(I): 13.53 / Num. measured all: 834239 / Scaling rejects: 74

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.44	13.335	2.423	1.04	59819	4547	4486	0.535	2.518	98.7
1.44-1.48	13.504	1.897	1.37	58808	4457	4355	0.66	1.97	97.7
1.48-1.52	13.513	1.457	1.83	57808	4364	4278	0.74	1.514	98
1.52-1.57	13.669	1.205	2.27	56440	4190	4129	0.816	1.251	98.5
1.57-1.62	13.624	0.935	2.94	55287	4082	4058	0.883	0.971	99.4
1.62-1.67	13.622	0.783	3.54	53588	3958	3934	0.911	0.813	99.4
1.67-1.74	13.558	0.591	4.67	51329	3820	3786	0.951	0.614	99.1
1.74-1.81	13.492	0.457	5.9	49180	3673	3645	0.972	0.475	99.2
1.81-1.89	13.462	0.348	7.6	47225	3546	3508	0.982	0.362	98.9
1.89-1.98	13.355	0.251	10.33	44807	3399	3355	0.989	0.261	98.7
1.98-2.09	13.196	0.177	13.97	42516	3232	3222	0.994	0.184	99.7
2.09-2.21	13.123	0.128	18.82	40353	3081	3075	0.996	0.134	99.8
2.21-2.37	13.857	0.107	22.74	39812	2879	2873	0.998	0.111	99.8
2.37-2.56	13.771	0.09	26.72	36933	2683	2682	0.998	0.093	100
2.56-2.8	13.553	0.076	31.15	34071	2514	2514	0.999	0.079	100
2.8-3.13	13.225	0.062	35.92	29716	2247	2247	0.999	0.065	100
3.13-3.61	13.028	0.048	43.59	26472	2032	2032	0.999	0.05	100
3.61-4.43	13.279	0.042	51.11	22575	1720	1700	0.999	0.043	98.8
4.43-6.26	13.215	0.042	51.39	18144	1373	1373	0.999	0.044	100
6.26-38.16	11.71	0.037	50.63	9356	824	799	0.999	0.039	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZX4

6zx4

解像度: 1.4→38.16 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1724	3098	5 %
R_work	0.1471	58872	-
obs	0.1483	61970	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.49 Å² / B_iso mean: 23.5289 Å² / B_iso min: 12.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→38.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2645	0	18	434	3097
B_iso mean	-	-	30.27	33.98	-
残基数	-	-	-	-	352

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3763	134	0.3374	2593	2727	98
1.42-1.45	0.3573	138	0.3151	2621	2759	98
1.45-1.47	0.3113	138	0.289	2602	2740	98
1.47-1.5	0.2966	139	0.2656	2622	2761	98
1.5-1.53	0.2982	137	0.2482	2616	2753	98
1.53-1.56	0.2491	140	0.2324	2651	2791	99
1.56-1.59	0.232	137	0.2178	2627	2764	99
1.59-1.63	0.227	142	0.2	2659	2801	98
1.63-1.67	0.215	139	0.1858	2641	2780	100
1.67-1.71	0.2157	138	0.1719	2645	2783	99
1.71-1.76	0.2091	141	0.1589	2696	2837	99
1.76-1.82	0.1841	142	0.1475	2657	2799	100
1.82-1.89	0.1602	137	0.1392	2631	2768	99
1.89-1.96	0.1599	139	0.1343	2656	2795	98
1.96-2.05	0.1567	142	0.1255	2681	2823	100
2.05-2.16	0.1445	141	0.1165	2703	2844	100
2.16-2.29	0.1465	143	0.1153	2713	2856	100
2.29-2.47	0.1539	144	0.1196	2725	2869	100
2.47-2.72	0.1374	143	0.1228	2716	2859	100
2.72-3.11	0.1566	145	0.1339	2749	2894	100
3.11-3.92	0.1581	146	0.1276	2767	2913	99
3.92-38.16	0.1564	153	0.1455	2901	3054	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -13.3627 Å / Origin y: 17.1156 Å / Origin z: -17.6061 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1235 Å²	0.002 Å²	-0.0024 Å²	-	0.1477 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.139 Å²
L	0.365 °²	0.0686 °²	-0.0025 °²	-	0.9096 °²	0.0752 °²	-	-	0.4132 °²
S	-0.0037 Å °	0.0086 Å °	-0.0125 Å °	0.0001 Å °	-0.0036 Å °	-0.0184 Å °	-0.008 Å °	-0.0022 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	0 - 351
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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