+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7odp | ||||||
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Title | Neisseria gonorrhoeae transaldolase at 2.7 MGy dose | ||||||
Components | Transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Transaldolase / Cross-link / Regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Widespread occurrence of covalent lysine-cysteine redox switches in proteins. Authors: Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Ye, J. / Uranga, J. / Irisarri, I. / de Vries, J. / Funk, L.M. / Mata, R.A. / Tittmann, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7odp.cif.gz | 237.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7odp.ent.gz | 193.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7odp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7odoC 7odqC 7oeyC 6zx4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37614.688 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae (bacteria) / Gene: tal, E8M68_10680, WHOO_01512, WHOO_01712 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1D3FXY0, transaldolase |
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#2: Chemical | ChemComp-CIT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG8000, Sodium citrate, Sodium phosphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→38.14 Å / Num. obs: 61991 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 13.429 % / Biso Wilson estimate: 23.061 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.828 / Net I/σ(I): 15.69 / Num. measured all: 832453 / Scaling rejects: 72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ZX4 Resolution: 1.4→38.14 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.54 Å2 / Biso mean: 21.6421 Å2 / Biso min: 12.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→38.14 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -13.3532 Å / Origin y: 17.1135 Å / Origin z: -17.597 Å
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Refinement TLS group |
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