+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bbx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Neisseria gonorrhoeae transaldolase, variant K8A | ||||||
Components | Transaldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Transaldolase / Cross-link / Regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 0.85 Å | ||||||
Authors | Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: A lysine-cysteine redox switch with an NOS bridge regulates enzyme function. Authors: Wensien, M. / von Pappenheim, F.R. / Funk, L.M. / Kloskowski, P. / Curth, U. / Diederichsen, U. / Uranga, J. / Ye, J. / Fang, P. / Pan, K.T. / Urlaub, H. / Mata, R.A. / Sautner, V. / Tittmann, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bbx.cif.gz | 282.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7bbx.ent.gz | 210 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bbx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7bbx_validation.pdf.gz | 445.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7bbx_full_validation.pdf.gz | 446.5 KB | Display | |
Data in XML | 7bbx_validation.xml.gz | 20.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7bbx_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6zwfC 6zwhC 6zwjC 6zx4C 7b0lC 7bbwC 3clmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37540.586 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae (bacteria) Gene: tal, E8M68_10680, F9Z35_1423, TUM15744_11190, TUM15745_13730, TUM15746_13410, TUM15747_14120, TUM15749_15370, TUM15750_11410, TUM15751_15520, TUM15759_11670, TUM15760_12360, TUM15761_09930, ...Gene: tal, E8M68_10680, F9Z35_1423, TUM15744_11190, TUM15745_13730, TUM15746_13410, TUM15747_14120, TUM15749_15370, TUM15750_11410, TUM15751_15520, TUM15759_11670, TUM15760_12360, TUM15761_09930, TUM15764_14310, TUM15765_13050, TUM15766_06460, TUM15768_14740, TUM15770_09320, TUM15771_08190, TUM15772_10900, TUM15774_13280, TUM15776_12130, TUM15780_14920, TUM15781_07470, TUM15782_07520, TUM15784_12210, TUM15785_13660, TUM15786_07850, TUM15787_13260, TUM15789_13310, TUM15790_01750, TUM15791_13450, TUM15792_03840, TUM15793_14160, TUM15796_12040, TUM15797_11040, TUM15798_01870, WHOO_01512, WHOO_01712 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1D3FXY0, transaldolase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-EDO / |
#3: Chemical | ChemComp-CIT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PEG8000, Sodium citrate, Sodium phosphate, Sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.6888 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 4, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.6888 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 0.85→38.391 Å / Num. obs: 276361 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 12.796 % / Biso Wilson estimate: 11.227 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.881 / Net I/σ(I): 22.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CLM Resolution: 0.85→38.39 Å / SU ML: 0.0695 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 11.2657 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.85→38.39 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|