PDB-7obw: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7obw

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with TCV-L6

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / siderophore transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / siderophore transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Hijacking of the Enterobactin Pathway by a Synthetic Catechol Vector Designed for Oxazolidinone Antibiotic Delivery in Pseudomonas aeruginosa .
著者: Moynie, L. / Hoegy, F. / Milenkovic, S. / Munier, M. / Paulen, A. / Gasser, V. / Faucon, A.L. / Zill, N. / Naismith, J.H. / Ceccarelli, M. / Schalk, I.J. / Mislin, G.L.A.

履歴

登録	2021年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7obw.cif.gz	158.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7obw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7obw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7obw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7obw_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7obw_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	7obw_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nc3C 6y47C 6yy5C 6z2nC 6z33C 6q5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rdr-d 2jjg-1 4gtq-d 5fr8-2 5hwr-1 4uhm-1 4zm4-3 6sse-d 2e7u-1 6vxc-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

80.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.414, 157.114, 77.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78485.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-V82 / [4-[[[(2~{S})-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-[[(2~{S})-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-[2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]ethanoylamino]propanoyl]amino]propanoyl]amino]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]methyl 4-[4-[(5~{S})-5-(acetamidomethyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]-2-fluoranyl-phenyl]piperazine-1-carboxylate 分子量: 1128.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₅₄FN₁₃O₁₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.97 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.659→58.43 Å / Num. obs: 31558 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.66→2.7 Å / Num. unique obs: 1486 / CC_1/2: 0.609

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6q5e

6q5e

解像度: 2.66→58.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 15.78 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.518 / ESU R Free: 0.321 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2767	1539	4.885 %
R_work	0.2306	29965	-
all	0.233	-	-
obs	-	31504	99.778 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.988 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.768 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→58.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5363	0	132	1	5496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	5613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	4914
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.052	0.01	8135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.68	7620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.152	1.598	11419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.312	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.862	22.468	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.472	15	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.864	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	6513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.29	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.147	9.201	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.144	9.198	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.134	13.812	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.128	13.812	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.587	10.125	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.585	10.127	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	15.668	14.899	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.666	14.901	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.939	188.853	11510
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.939	188.855	11511

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.66-2.728	0.392	114	0.374	2109	X-RAY DIFFRACTION	97.5856
2.728-2.802	0.397	109	0.367	2118	X-RAY DIFFRACTION	99.9551
2.802-2.883	0.381	115	0.334	2061	X-RAY DIFFRACTION	99.9541
2.883-2.972	0.39	89	0.308	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.972-3.069	0.34	93	0.295	1942	X-RAY DIFFRACTION	99.9509
3.069-3.176	0.349	92	0.269	1899	X-RAY DIFFRACTION	99.8997
3.176-3.296	0.286	98	0.242	1814	X-RAY DIFFRACTION	99.9477
3.296-3.43	0.308	102	0.242	1769	X-RAY DIFFRACTION	99.9466
3.43-3.582	0.287	94	0.241	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.582-3.756	0.289	88	0.24	1620	X-RAY DIFFRACTION	99.9415
3.756-3.958	0.34	75	0.221	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.958-4.197	0.275	71	0.209	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
4.197-4.485	0.259	76	0.194	1379	X-RAY DIFFRACTION	100
4.485-4.842	0.219	66	0.166	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.842-5.301	0.22	57	0.19	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
5.301-5.92	0.205	57	0.227	1090	X-RAY DIFFRACTION	100
5.92-6.825	0.253	49	0.207	976	X-RAY DIFFRACTION	99.9025
6.825-8.33	0.268	50	0.186	832	X-RAY DIFFRACTION	100
8.33-11.662	0.211	30	0.204	677	X-RAY DIFFRACTION	100
11.662-58.429	0.362	14	0.349	422	X-RAY DIFFRACTION	99.5434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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