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万見
- PDB-4rdr: Structure of the bacterial Zn-transporter ZnuD from Neisseria men... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rdr
タイトルStructure of the bacterial Zn-transporter ZnuD from Neisseria meningitidis (locked conformation bound to zinc and cadmium ions)
要素ZnuD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / Zinc transporter / Zinc acquisition / TonB dependent receptor / vaccine candidate
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain ...TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable TonB-dependent receptor NMB0964
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.472 Å
データ登録者Calmettes, C. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: The molecular mechanism of Zinc acquisition by the neisserial outer-membrane transporter ZnuD.
著者: Calmettes, C. / Ing, C. / Buckwalter, C.M. / El Bakkouri, M. / Chieh-Lin Lai, C. / Pogoutse, A. / Gray-Owen, S.D. / Pomes, R. / Moraes, T.F.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZnuD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,22839
ポリマ－84,7101
非ポリマー4,51838
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.073, 155.819, 159.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ZnuD


分子量: 84709.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB0964 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JZN9

-
非ポリマー , 7種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.6, 0.4M Magnesium Sulfate, 2% (w/v) Ethylene glycol, 0.7mM Cadmium chloride, vapor diffusion, hanging drop, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 45376 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 54.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 2.681 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.47-2.536.70.96329661.1021100
2.53-2.597.50.81430051.1031100
2.59-2.668.70.72630131.1191100
2.66-2.74100.61629661.1681100
2.74-2.8311.60.49329911.2121100
2.83-2.9312.60.38730171.2861100
2.93-3.0513.80.32830011.3931100
3.05-3.18150.26930031.6221100
3.18-3.3514.90.20129972.0391100
3.35-3.5614.70.16230262.5041100
3.56-3.8414.60.11830292.9241100
3.84-4.2214.30.08930403.4041100
4.22-4.8313.40.07630524.6561100
4.83-6.0913.30.07730785.1931100
6.09-5012.30.06531926.809199.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.472→39.981 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 3844 4.42 %
Rwork0.2181 --
obs0.2193 -99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.32 Å2 / Biso mean: 91.4041 Å2 / Biso min: 46.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.472→39.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5622 0 257 95 5974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1728079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3172242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4718-2.50310.36671470.36793015316299
2.5031-2.5360.34811450.330530983243100
2.536-2.57070.33331280.318830693197100
2.5707-2.60740.36271460.309531103256100
2.6074-2.64640.29911450.304430753220100
2.6464-2.68770.3341450.289630743219100
2.6877-2.73170.31541370.282531263263100
2.7317-2.77880.29131400.264430493189100
2.7788-2.82940.27521500.261830523202100
2.8294-2.88380.2751450.26330713216100
2.8838-2.94260.27631390.248831083247100
2.9426-3.00660.27391470.254330543201100
3.0066-3.07650.24541500.250131063256100
3.0765-3.15340.27711310.229831023233100
3.1534-3.23860.25911430.221130493192100
3.2386-3.33390.23571390.222530983237100
3.3339-3.44140.26581470.220830443191100
3.4414-3.56430.25051420.215231063248100
3.5643-3.7070.22541490.203831183267100
3.707-3.87550.24281390.201630353174100
3.8755-4.07970.24551400.20331283268100
4.0797-4.3350.21791410.190830533194100
4.335-4.66920.18841420.167630883230100
4.6692-5.13830.19821400.175430993239100
5.1383-5.87980.21091350.198331093244100
5.8798-7.40020.23151420.218530633205100
7.4002-39.98630.2891500.215830853235100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1399-0.0496-0.15690.5387-0.26980.4086-0.0558-0.65870.56330.1114-0.0990.0965-0.06040.0842-0.050.5767-0.0174-0.05090.7747-0.39950.7867-34.11237.23131.244
21.67670.14440.58380.56360.09380.92910.0188-0.52540.1961-0.046-0.11930.18230.1017-0.2054-0.0240.5869-0.0030.00260.715-0.27120.6274-44.01227.12629.913
32.2363-0.5957-0.24230.2735-0.27770.96130.0074-0.6105-0.25770.09220.1054-0.07850.27360.1684-0.00870.67510.0497-0.04720.8172-0.15390.5615-29.47218.137.338
41.44420.25260.50491.0034-0.16610.7788-0.13040.05640.3105-0.19040.1106-0.0973-0.05210.378-0.05230.5826-0.0418-0.00210.5221-0.20330.6003-29.49734.11419.128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 18:90 )A18 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 91:363 )A91 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 364:486 )A364 - 486
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 487:734 )A487 - 734

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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