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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hwr | ||||||
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Title | MvaS in complex with coenzyme A | ||||||
![]() | Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MvaS / Myxococcus xanthus / Biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / ergosterol biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bock, T. / Kasten, J. / Blankenfeldt, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the HMG-CoA Synthase MvaS from the Gram-Negative Bacterium Myxococcus xanthus. Authors: Bock, T. / Kasten, J. / Muller, R. / Blankenfeldt, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 238.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 204.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 44659.566 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DK 1622 / Gene: mvaS, MXAN_4267 / Plasmid: peT19m / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q1D4I1, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-COA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.31 Å3/Da / Density % sol: 62.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2.2 M (NH4)2SO4, 0.2 M disodium tartrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 21, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→41.7 Å / Num. obs: 71372 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 16 % / Biso Wilson estimate: 12.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 1143902 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.48 Å2 / Biso mean: 16.7744 Å2 / Biso min: 6.64 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→41.697 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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