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- PDB-5hwr: MvaS in complex with coenzyme A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hwr
タイトルMvaS in complex with coenzyme A
要素Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / MvaS / Myxococcus xanthus / Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / acetyl-CoA metabolic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bock, T. / Kasten, J. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the HMG-CoA Synthase MvaS from the Gram-Negative Bacterium Myxococcus xanthus.
著者: Bock, T. / Kasten, J. / Muller, R. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9968
ポリマ－44,6601
非ポリマー1,3367
水6,467359
1
A: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
ヘテロ分子

A: Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,99116
ポリマ－89,3192
非ポリマー2,67214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.162, 73.162, 276.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

GOL

21A-732-

HOH

31A-929-

HOH

41A-933-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase


分子量: 44659.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア)
株: DK 1622 / 遺伝子: mvaS, MXAN_4267 / プラスミド: peT19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D4I1, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M (NH4)2SO4, 0.2 M disodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.7 Å / Num. obs: 71372 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 12.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 1143902
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5315.31.3525286634640.7550.3521.3982.499.5
8.22-41.713.30.03761657110.0080.03165.399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.12データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→41.697 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1569 3589 5.04 %
Rwork0.1241 67677 -
obs0.1258 71266 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.48 Å2 / Biso mean: 16.7744 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→41.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 208 359 3627
Biso mean--23.68 25.95 -
残基数----417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3114543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.202506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2381972
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.51980.19481210.16362550267199
1.5198-1.54060.24281400.15792503264399
1.5406-1.56260.20121280.15312563269199
1.5626-1.58590.19961500.140825492699100
1.5859-1.61070.18541190.12992530264999
1.6107-1.63710.20931270.134125472674100
1.6371-1.66530.16531420.12725792721100
1.6653-1.69560.18231320.128725282660100
1.6956-1.72820.16651300.124425522682100
1.7282-1.76350.18151400.118125682708100
1.7635-1.80180.15171330.116425672700100
1.8018-1.84380.15571540.109825702724100
1.8438-1.88990.14131270.104925762703100
1.8899-1.9410.14461310.102725892720100
1.941-1.99810.13531370.105325692706100
1.9981-2.06260.15941430.104525962739100
2.0626-2.13630.13641480.102625832731100
2.1363-2.22180.14571460.101826252771100
2.2218-2.32290.12321340.10325792713100
2.3229-2.44540.14411330.106126562789100
2.4454-2.59860.16151330.11426192752100
2.5986-2.79920.14821370.123326542791100
2.7992-3.08080.15381510.131626552806100
3.0808-3.52640.15921570.129126752832100
3.5264-4.44210.12841450.120927352880100
4.4421-41.71330.18761510.166729603111100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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