PDB-7obi: Consensus tetratricopeptide repeat protein type RV4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7obi

タイトル

Consensus tetratricopeptide repeat protein type RV4

要素

CTPR-rv4

キーワード

DE NOVO PROTEIN / CTPR / tandem-repeat protein

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Eapen, R.S. / Perez-Riba, A. / Fischer, G. / Itzhaki, L.S. / Hyvonen, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Nano / 年: 2022
タイトル: Unraveling the Mechanics of a Repeat-Protein Nanospring: From Folding of Individual Repeats to Fluctuations of the Superhelix.
著者: Synakewicz, M. / Eapen, R.S. / Perez-Riba, A. / Rowling, P.J.E. / Bauer, D. / Weissl, A. / Fischer, G. / Hyvonen, M. / Rief, M. / Itzhaki, L.S. / Stigler, J.

履歴

登録	2021年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7obi.cif.gz	122 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7obi.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7obi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7obi_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7obi_full_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示
XML形式データ	7obi_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	7obi_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hyzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cd7-2 2fo7-d 150l-1 1bvq-d 2hyz-d 3bp3-d 2ijy-d 6h49-d 3pac-d 5j8y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CTPR-rv4

B: CTPR-rv4

ヘテロ分子

35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CTPR-rv4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CTPR-rv4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.912, 58.912, 189.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	CTPR-rv4 分子量: 17479.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 50 % PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→51.02 Å / Num. obs: 8214 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 114.92 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.739 / Num. unique obs: 1143 / CC_1/2: 0.778 / R_pim(I) all: 0.682 / R_rim(I) all: 1.871 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	March 1, 2015	データ削減
Aimless	0.5.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HYZ

2hyz

解像度: 3→51.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.423

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	405	4.97 %	RANDOM
R_work	0.2257	-	-	-
obs	0.2278	8153	99.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 216.96 Å² / B_iso mean: 131.46 Å² / B_iso min: 103.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.4392 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.4392 Å²	0 Å²
3-	-	-	26.8784 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.47 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→51.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2187	0	20	0	2207
B_iso mean	-	-	177.48	-	-
残基数	-	-	-	-	268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	801	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	405	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2240	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	259	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1865	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2240	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3028	HARMONIC	2	0.96
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				24.67

LS精密化シェル

解像度: 3→3.06 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	11	2.7 %
R_work	0.2873	397	-
all	0.2865	408	-
obs	-	-	93.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8073	-1.8615	2.0193	4.7898	-1.1481	9.5443	0.1901	0.3002	0.1424	0.1875	-0.0482	-0.3806	-0.475	0.0657	-0.1419	0.0021	0.1811	0.185	-0.2121	0.0014	-0.0698	-22.7767	8.0922	31.4484
2	3.7245	2.8799	-3.1629	4.8848	-3.3197	4.5767	-0.4107	0.2256	-0.3234	-0.3282	0.2084	-0.2536	0.7068	-0.0293	0.2023	0.0656	0.3919	0.0233	0.1707	-0.0531	-0.1088	-22.9662	-4.8308	4.5252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	3 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	1 - 134

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)