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- PDB-2hyz: Crystal structure of an 8 repeat consensus TPR superhelix (orthor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hyz
タイトルCrystal structure of an 8 repeat consensus TPR superhelix (orthorombic crystal form)
要素SYNTHETIC CONSENSUS TPR PROTEIN
キーワードDE NOVO PROTEIN / TPR / tetratricopeptide / protein design / protein stability / superhelix
機能・相同性Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / SAMARIUM (III) ION
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kajander, T. / Cortajarena, A.L. / Regan, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure and stability of designed TPR protein superhelices: unusual crystal packing and implications for natural TPR proteins.
著者: Kajander, T. / Cortajarena, A.L. / Mochrie, S. / Regan, L.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: A new folding paradigm for repeat proteins.
著者: Kajander, T. / Cortajarena, A.L. / Main, E. / Mochrie, S. / Regan, L.
履歴
登録2006年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS TWICE LONGER THAN THE SUBMITTED ONE. THE LINK RECORD ...COMPOUND THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS TWICE LONGER THAN THE SUBMITTED ONE. THE LINK RECORD IS PROVIDED TO CONNECT THE DEPOSITED PART OF THE SEQUENCE WITH THE SECOND PART OF THE COMPLETE CRYSTALLIZED 8-REPEAT MOLECULE THAT CAN BE GENERATED FROM THE DEPOSITED COORDINATES USING THE MATRIX PROVIDED IN REMARK 350.
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE MOLECULE REPRESENTS A PSEUDO-INFINITE FIBER. THE SECOND PART OF THE COMPLETE COVALENT MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING THE MATRIX PROVIDED IN REMARK 350.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNTHETIC CONSENSUS TPR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6024
ポリマ－16,1511
非ポリマー4513
水45025
1
A: SYNTHETIC CONSENSUS TPR PROTEIN
ヘテロ分子

A: SYNTHETIC CONSENSUS TPR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2058
ポリマ－32,3022
非ポリマー9026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_564-x+1/2,-y+1,z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)36.156, 67.695, 70.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit contains one half of the whole covalent protein molecule (4 TPR repeats), the other half is generated by crystallographic symmetry.

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要素

#1: タンパク質 SYNTHETIC CONSENSUS TPR PROTEIN


分子量: 16151.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS DESIGNED AND THEN EXPRESSED IN E.COLI BL21(DE3), PLASMID pPRO-XHTA
#2: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 100 mM Acetate, 25% MPD, 50 mM SmCl3, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月16日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 9.2 / 数: 51310 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.61 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14975 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955099.510.0541.3183.5
3.934.9599.810.0842.5313.5
3.443.9399.910.1042.6553.5
3.123.4410010.1152.1363.5
2.93.1299.910.1281.6043.5
2.732.999.910.1371.4273.5
2.592.7310010.1541.163.5
2.482.5910010.1681.0823.5
2.382.4810010.1871.0123.4
2.32.3899.510.2080.9262.8
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 14975 / Num. obs: 14975 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.609 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.382.80.20814980.92699.5
2.38-2.483.40.18714971.012100
2.48-2.593.50.16815021.082100
2.59-2.733.50.15415011.16100
2.73-2.93.50.13714771.42799.9
2.9-3.123.50.12815101.60499.9
3.12-3.443.50.11514792.136100
3.44-3.933.50.10415142.65599.9
3.93-4.953.50.08414942.53199.8
4.95-503.50.05415031.31899.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.75 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.68 / 反射: 6196 / Reflection acentric: 5113 / Reflection centric: 1083
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-25.2940.880.920.83305178127
4.5-7.10.850.880.77877655222
3.6-4.50.860.880.781064861203
3.1-3.60.80.820.71056891165
2.7-3.10.690.710.5218081568240
2.5-2.70.570.580.471086960126

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 5.224 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.241
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 563 6.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.217 8153 --
obs0.217 8153 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1057 0 3 25 1085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9241498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6285135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50124.91861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39715123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.789152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.3480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2560.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.5220.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4470.351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7390.517
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.7870.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5762685
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.52731030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0742515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1643468
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 36 -
Rwork0.181 549 -
obs-585 99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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