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- PDB-7oar: Crystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oar
タイトルCrystal structure of helicase Pif1 from Thermus oshimai in complex with parallel G-quadruplex
要素
  • DNA (28-MER)
  • Pif1 helicase
キーワードHYDROLASE / Helicase Pif1 G-quadruplex
機能・相同性ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermus oshimai (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Dai, Y.X. / Liu, N.N. / Guo, H.L. / Chen, W.F. / Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870788, 11574252, 11774407 中国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)LIA Helicase-mediated GquadruplexDNA unwinding and genome stability フランス
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism underpinning Thermus oshimai Pif1-mediated G-quadruplex unfolding.
著者: Dai, Y.X. / Guo, H.L. / Liu, N.N. / Chen, W.F. / Ai, X. / Li, H.H. / Sun, B. / Hou, X.M. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2021年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pif1 helicase
B: Pif1 helicase
C: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,70512
ポリマ－111,4783
非ポリマー1,2269
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area40950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.782, 151.782, 219.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Pif1 helicase


分子量: 51200.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus oshimai (バクテリア) / プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 9076.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 47分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris 0.1M PEG 20000 10%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→131.447 Å / Num. obs: 877426 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 87.63 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 2.58→2.682 Å / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 2.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 46926 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.534 / Rrim(I) all: 2.461 / % possible all: 52.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3512精密化
PHENIXdev_3512精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S3E

6s3e


解像度: 2.58→37.39 Å / SU ML: 0.3546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.0817
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 2130 4.79 %
Rwork0.1944 42383 -
obs0.1967 44513 93.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6856 565 69 38 7528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00847713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.149610599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05871163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00741272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.04122959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.640.3426330.2929787X-RAY DIFFRACTION26.39
2.64-2.710.36781250.2762309X-RAY DIFFRACTION78.09
2.71-2.780.32631590.2682885X-RAY DIFFRACTION98.1
2.78-2.860.28041260.25933001X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.950.34111710.25542951X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.060.34731450.27142973X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.180.33581440.25162992X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.330.30571550.24492979X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.50.31421430.22553005X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.720.26431550.20413012X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.010.26671670.18563004X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.410.22341440.17053041X-RAY DIFFRACTION100
4.41-5.050.21421580.1543064X-RAY DIFFRACTION100
5.05-6.350.21681430.19563116X-RAY DIFFRACTION100
6.35-37.390.19661620.17793264X-RAY DIFFRACTION99.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65646766670.87640253585-0.2659108015372.83810348184-0.09275208934783.317647066270.000158312424607-0.1947865044460.08008348317920.3840427111690.0407062167013-1.40553201432-0.1773798795090.709654935324-0.09064498841640.8452450981730.0527458032024-0.222802920140.820597632057-0.1584468172121.3589850208268.4860628272-40.098660993-20.5330771176
22.505419126020.360470161431-0.6601765540815.258133333040.2602630639662.623346876960.190597031517-0.1240939990350.1816629688540.8870252698120.065840917536-0.60730709684-0.08463104615210.283769541756-0.2796482086570.854912748368-0.0318424704093-0.199390695730.510940134924-0.09019433815730.70537708474154.0581894861-30.6797891531-14.4034170656
33.46260676136-0.00786460625075-1.873166972443.053653923020.8822062895843.26955528722-0.370970558837-0.148576308353-0.2476810123850.9495706546430.223420967471-0.5827565222040.9015453249030.2958145361790.1042201043341.225130281690.0141722855405-0.1524891579210.61160424194-0.05529039362940.9945536586354.2780887181-62.1252204728-19.2687764251
41.8374491307-1.32675451758-0.2033043730042.38512357273-0.02829014015730.0448727344068-0.151465965901-0.792423606299-0.9291994937230.9706331523390.1831779376620.633404602413-0.1820129261450.127102194090.02634225290322.15405920769-0.10156393783-0.1117872284910.979317051051-0.009905645033330.99175649135346.5884065945-55.52249877719.0880593103
53.789735308870.155992243017-0.751259890791.9049262888-0.2173441149772.836854757590.543871726186-0.647933170238-0.02749219888831.15021899066-0.289328133916-0.4809203744760.5460563078840.282120210794-0.2606634608181.81261961364-0.204828094381-0.345181304250.816186102652-0.06618571685880.7709462064351.6085826317-43.40919279755.88840108739
61.99397238320.479388930103-1.30728200372.349846580731.342736096612.01978083721-0.17395235819-0.177843198059-0.09541104457010.768310035099-0.0202603139688-0.1474412909230.495650608595-0.119163677360.1760208716371.29242507441-0.0135830042681-0.2039329153550.6385349193320.01944842676090.75657964283848.3143679834-53.049488637-9.50138548939
76.09401860333-1.21432373266-1.351989484133.074966688121.124406658622.293559411430.09230092822061.255196078560.0710432749044-0.665937908729-0.167270310461-0.00538003131177-0.415383614988-1.049666274420.1155824594990.9354001877620.00615623983483-0.1512397374190.908732562409-0.04079659959260.72064805478948.1832001997-36.8879097277-30.3507853454
82.3292171643-1.074356939631.408634942464.25189127366-1.750486478643.235696902980.12439913294-0.0289189517239-0.135064251476-0.5280919660720.1736628257530.3680358568130.333582556386-0.197922278092-0.263644584150.664458840481-0.0361695574335-0.07586766463220.446240943185-0.05808347725320.53463321359846.02589258420.021330173016829.1686895154
92.8349613183-0.5060398336560.4432600864012.65603492914-0.5121155012721.58920883660.755748116503-1.117528168290.532083898764-0.4412868933650.1522252644641.399566082840.302407979889-1.08761415566-0.8357142162791.35942074723-0.418889199166-0.1699309665671.635063652870.1134695704721.9093572081627.1077233359-20.212194778435.7526632623
102.45913906771-0.845042908531.501424942735.30178356310.01508198324284.163462842250.259090801322-0.523192922843-0.499699639787-0.411489877007-0.01763135619680.5223652628281.04774876374-0.386972822045-0.2220425516090.770328201904-0.123955825616-0.1171328973080.494317520429-0.04939795151330.8357096450946.9920659297-13.057221348633.4459572654
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 66 through 118 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 119 through 251 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 252 through 302 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 303 through 330 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 331 through 408 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 409 through 483 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 484 through 507 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 66 through 302 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 303 through 382 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 383 through 501 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 15 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 16 through 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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