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- PDB-7o9s: Hantaan virus Gn in complex with Fab nnHTN-Gn2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o9s
タイトルHantaan virus Gn in complex with Fab nnHTN-Gn2
要素
  • Envelope polyprotein
  • Fab nnHTN-Gn2 Heavy chain
  • Fab nnHTN-Gn2 Light chain
キーワードVIRAL PROTEIN / Hantaan virus glycoprotein / Gn glycoprotein / Gn in complex with Fab / neutralizing antibody / viral glycoprotein in complex with antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / virion membrane / cell surface / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rissanen, I. / Bowden, T.A. / Huiskonen, J.T. / Stass, R.
資金援助 英国, フィンランド, 米国, 11件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002091/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K024426/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC/PC/15068 英国
Academy of Finland309605 フィンランド
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R41AI132047 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R41AI132047-01S1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R43AI142911 米国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for a Neutralizing Antibody Response Elicited by a Recombinant Hantaan Virus Gn Immunogen.
著者: Ilona Rissanen / Stefanie A Krumm / Robert Stass / Annalis Whitaker / James E Voss / Emily A Bruce / Sylvia Rothenberger / Stefan Kunz / Dennis R Burton / Juha T Huiskonen / Jason W Botten / ...著者: Ilona Rissanen / Stefanie A Krumm / Robert Stass / Annalis Whitaker / James E Voss / Emily A Bruce / Sylvia Rothenberger / Stefan Kunz / Dennis R Burton / Juha T Huiskonen / Jason W Botten / Thomas A Bowden / Katie J Doores /
要旨: Hantaviruses are a group of emerging pathogens capable of causing severe disease upon zoonotic transmission to humans. The mature hantavirus surface presents higher-order tetrameric assemblies of two ...Hantaviruses are a group of emerging pathogens capable of causing severe disease upon zoonotic transmission to humans. The mature hantavirus surface presents higher-order tetrameric assemblies of two glycoproteins, Gn and Gc, which are responsible for negotiating host cell entry and constitute key therapeutic targets. Here, we demonstrate that recombinantly derived Gn from Hantaan virus (HTNV) elicits a neutralizing antibody response (serum dilution that inhibits 50% infection [ID], 1:200 to 1:850) in an animal model. Using antigen-specific B cell sorting, we isolated monoclonal antibodies (mAbs) exhibiting neutralizing and non-neutralizing activity, termed mAb HTN-Gn1 and mAb nnHTN-Gn2, respectively. Crystallographic analysis reveals that these mAbs target spatially distinct epitopes at disparate sites of the N-terminal region of the HTNV Gn ectodomain. Epitope mapping onto a model of the higher order (Gn-Gc) spike supports the immune accessibility of the mAb HTN-Gn1 epitope, a hypothesis confirmed by electron cryo-tomography of the antibody with virus-like particles. These data define natively exposed regions of the hantaviral Gn that can be targeted in immunogen design. The spillover of pathogenic hantaviruses from rodent reservoirs into the human population poses a continued threat to human health. Here, we show that a recombinant form of the Hantaan virus (HTNV) surface-displayed glycoprotein, Gn, elicits a neutralizing antibody response in rabbits. We isolated a neutralizing (HTN-Gn1) and a non-neutralizing (nnHTN-Gn2) monoclonal antibody and provide the first molecular-level insights into how the Gn glycoprotein may be targeted by the antibody-mediated immune response. These findings may guide rational vaccine design approaches focused on targeting the hantavirus glycoprotein envelope.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab nnHTN-Gn2 Heavy chain
L: Fab nnHTN-Gn2 Light chain
A: Envelope polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9748
ポリマ－87,2553
非ポリマー7195
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.130, 76.900, 174.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab nnHTN-Gn2 Heavy chain


分子量: 24296.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab nnHTN-Gn2 Light chain


分子量: 22607.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Envelope polyprotein / M polyprotein


分子量: 40350.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hantaan orthohantavirus (ウイルス)
プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A077D153
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5 % w/v PGA-LM and 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→76.13 Å / Num. obs: 28789 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 61.58 Å2 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 377959
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.7-2.7513.43.413970.2060.75999.1
7.33-76.11248.215990.0110.039100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHENIX1.19位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OPG, 5DRN

5opg

5drn


解像度: 2.7→51.67 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 1409 4.91 %
Rwork0.2106 27289 -
obs0.2132 28698 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.57 Å2 / Biso mean: 82.979 Å2 / Biso min: 44.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→51.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5808 0 46 0 5854
Biso mean--100.56 --
残基数----770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.80.37371300.30382655278599
2.8-2.910.39931600.27822658281899
2.91-3.040.36721290.27612690281999
3.04-3.20.35071510.26342682283399
3.2-3.40.34431530.24392679283299
3.4-3.660.26141550.2252706286199
3.66-4.030.26061580.218327102868100
4.03-4.620.19771170.178227662883100
4.62-5.810.2159970.167328392936100
5.82-51.670.23521590.197229043063100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30430.0914-0.73732.3437-1.05136.52350.0730.05130.0855-0.0575-0.10070.19990.066-0.7154-0.02620.37110.1086-0.00360.8502-0.04710.3758-57.2223.75732.965
21.3795-2.45540.30097.5886-0.23011.66480.63770.66810.0353-1.154-0.0389-0.70020.2080.3037-0.01590.41550.1042-0.03221.4429-0.03830.6129-42.69918.147-3.571
34.5716-2.2635-1.09294.22-0.93352.1697-0.34140.1724-1.00130.18140.01760.79410.4895-0.14670.15130.35260.00640.02761.13730.0340.5649-49.06614.1958.054
45.3741-3.4353-1.49725.2077-1.28872.0546-0.05580.6047-0.6211-0.07110.00450.33320.1017-0.5840.07580.3810.0498-0.00591.24840.01270.4403-50.10418.5943.038
58.0508-6.4336-4.42088.75844.33465.05470.0124-0.75690.3070.05370.3097-0.8498-0.1221.9079-0.21610.55580.0787-0.0241.39250.04020.4659-31.319.58536.137
63.18110.657-0.67323.84813.0556.1029-0.0138-0.06740.1562-0.0748-0.15970.036-0.11450.50420.18710.52880.1711-0.03710.96640.04480.3967-42.19315.95937.069
72.64070.0807-1.15272.99523.62855.0229-0.2493-0.9177-0.57610.96510.3275-0.60720.56220.99790.04520.81590.3087-0.05141.06420.08770.4765-37.8498.16341.117
81.44710.7825-0.65971.55591.6594.3638-0.1111-0.6129-0.12380.08810.0169-0.04220.17190.5327-0.01120.49550.1452-0.05051.0890.05170.4334-39.0418.32537.771
91.12830.7555-1.56450.5159-1.08382.36670.2193-0.4063-0.3472-0.1353-0.037-0.37280.41690.8817-0.25040.49330.42220.00921.3574-0.0360.5503-27.9213.91619.632
107.2114-1.04020.99514.4110.69561.4669-0.41310.69870.4313-0.29650.27130.5612-0.2019-0.3447-0.42550.44560.04680.01191.70420.17020.4661-41.88324.742-4.668
117.0306-3.57722.42254.7064-2.10933.6663-0.2239-0.0330.30460.1050.2776-0.36140.03690.0694-0.00430.34540.04990.02661.2572-0.01780.595-32.35523.315.265
126.5968-2.07671.21475.4505-3.55524.6064-0.2294-0.19690.6764-0.00780.43790.2147-0.084-0.2458-0.26510.41830.0227-0.0390.9118-0.12120.4779-33.70823.3619.617
132.77981.0675-1.13550.5581-0.07111.9425-0.09061.21430.8062-0.31670.30150.1695-0.376-0.7011-0.92060.49710.1140.07711.79720.28490.5931-38.13230.0080.083
143.0353-1.62310.97151.9254-0.50982.0454-0.10280.64911.5083-0.20880.28970.0305-0.10.47110.25130.4714-0.14620.01181.74820.29660.9427-28.75927.359-2.117
155.45670.4765-1.20397.2528-0.32290.27390.09110.61780.2815-1.26170.31550.40430.5046-0.3504-0.47070.5436-0.0960.10541.78180.06750.4822-29.05923.569-4.98
164.0045-1.3258-2.52293.8999-0.91765.1246-0.10970.1495-0.09130.2501-0.11670.71760.4846-0.64430.12940.5368-0.02650.02371.255-0.0210.5439-65.02922.31361.657
172.9925-0.4911-0.55213.12550.98383.4313-0.17120.28230.6053-0.20190.1283-0.2148-0.01730.6074-0.0190.49690.08710.00350.99340.02570.4888-45.9628.463.288
182.9553-2.96061.20117.3792-1.63933.7717-0.2267-0.7577-0.2385-0.21860.7607-1.02840.81380.2786-0.52380.67250.0628-0.04941.60150.00160.7791-32.07318.29573.285
192.02212.3454-0.93344.4899-0.19714.9058-0.32510.46450.62650.41990.63320.8049-0.4931-0.0613-0.36640.54640.10440.02861.06010.10340.5364-56.77733.2267.387
203.6029-0.0771-1.06972.35470.72984.32450.1880.75880.7445-0.1501-0.15090.0577-0.0121-0.56680.02810.6360.0990.07071.1770.02930.4074-61.79525.10858.885
215.76351.8946-2.01543.95210.42689.64520.20160.7890.7862-0.18370.31170.13530.584-1.42430.13420.6775-0.17270.04481.2211-0.02760.7292-80.46822.13777.158
223.51411.9259-1.63932.1312-0.30533.78090.3315-0.47780.47720.51390.01940.00510.48310.3118-0.15750.58210.0530.110.90140.03460.505-59.50731.91984.01
235.93323.8894-2.55038.2807-1.70514.82040.2372-0.71950.2301-0.1177-0.19350.14880.2656-0.784-0.00280.38650.05950.07540.7062-0.05660.3522-59.91331.00685.346
242.5793-3.1485-0.04823.88060.70684.6903-0.19790.0907-0.2908-0.22910.1682-0.24950.6381.44070.02280.60380.1465-0.01411.25070.01120.407-41.27720.40779.502
255.7106-0.2276-1.32511.28090.02322.66060.2627-0.3567-0.2930.3749-0.2502-0.06780.64370.0645-0.01740.6159-0.00250.07220.9929-0.00370.3712-52.61526.09481.111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 0:123 )H0 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 124:149 )H124 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 150:171 )H150 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 172:215 )H172 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 0:24 )L0 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 25:47 )L25 - 47
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN L AND RESID 48:68 )L48 - 68
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN L AND RESID 69:103 )L69 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 104:115 )L104 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 116:130 )L116 - 130
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 131:151 )L131 - 151
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 152:173 )L152 - 173
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 174:189 )L174 - 189
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 190:199 )L190 - 199
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 200:213 )L200 - 213
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 18:45 )A18 - 45
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 46:85 )A46 - 85
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 86:106 )A86 - 106
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 107:136 )A107 - 136
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN A AND RESID 137:172 )A137 - 172
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN A AND RESID 173:201 )A173 - 201
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN A AND RESID 202:229 )A202 - 229
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN A AND RESID 230:275 )A230 - 275
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN A AND RESID 276:324 )A276 - 324
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN A AND RESID 325:371 )A325 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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