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- PDB-7o9p: Crystal structure of the Awp3b (adhesin-like wall protein 3b) A-d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o9p
タイトルCrystal structure of the Awp3b (adhesin-like wall protein 3b) A-domain from Candida glabrata showing a gadolinium cluster
要素AWP3b
キーワードCELL ADHESION / Candida glabrata / adhesion / adhesin / Awp / adhesin-like wall protein / gadolinium / gadolinium cluster / lanthanide / lanthanide cluster / haze-protective factors / beta-helix
機能・相同性GADOLINIUM ATOM / AWP3b
機能・相同性情報
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Reithofer, V. / de Groot, P. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: A novel class of Candida glabrata cell wall proteins with beta-helix fold mediates adhesion in clinical isolates.
著者: Reithofer, V. / Fernandez-Pereira, J. / Alvarado, M. / de Groot, P. / Essen, L.O.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AWP3b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,31843
ポリマ－38,7131
非ポリマー6,60542
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)144.397, 144.397, 113.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

21A-768-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 AWP3b


分子量: 38713.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: AWP3b, GWK60_J11715 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G7JIM8
#2: 化合物...
ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM


分子量: 157.250 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 7.0, 3.0 M sodium chloride crystals soaked with 50 mM gadolinium (III) acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.71237 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.71237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→84.2 Å / Num. obs: 30650 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0516.40.5493664322290.8070.1380.5674.999.4
8.94-84.2200.06777343870.9950.0160.06961.2100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CRANK2位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→27.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.24 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 1508 4.8 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.1705 29914 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.06 Å2 / Biso mean: 32.892 Å2 / Biso min: 16.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.23 Å2-0 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→27.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2309 0 41 290 2640
Biso mean--98.64 47.08 -
残基数----308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.6343225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3751.5684803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6885308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.07225.217115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33215363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.47155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02480
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 110 -
Rwork0.232 2201 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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