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- PDB-7o9o: Crystal structure of the Awp3b (adhesin-like wall protein 3b) A-d... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o9o | ||||||
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Title | Crystal structure of the Awp3b (adhesin-like wall protein 3b) A-domain from Candida glabrata | ||||||
![]() | AWP3b | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Candida glabrata / putative adhesin / adhesin-like wall protein / Awp / adhesion / beta-helix / haze-protective factor / cell wall protein | ||||||
Function / homology | AWP3b![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reithofer, V. / de Groot, P. / Essen, L.-O. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A novel class of Candida glabrata cell wall proteins with beta-helix fold mediates adhesion in clinical isolates. Authors: Reithofer, V. / Fernandez-Pereira, J. / Alvarado, M. / de Groot, P. / Essen, L.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 247.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 164.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 419.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 419.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 38713.375 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium phosphate, 0.1 M potassium phosphate, 0.1 M MES pH6.5, 2.0 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→56.28 Å / Num. obs: 69278 / % possible obs: 96.96 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.68 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Redundancy: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 6889 / CC1/2: 0.431 / % possible all: 97.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Awp3bA-Gd Resolution: 1.55→56.28 Å / SU ML: 0.1933 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.88 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→56.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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