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- PDB-4mlz: Crystal structure of periplasmic binding protein from Jonesia den... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mlz
タイトルCrystal structure of periplasmic binding protein from Jonesia denitrificans
要素Periplasmic binding protein
キーワードsolute binding protein / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / ABC Transporter solute Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC transporter, F420-0 import, periplasmic substrate-binding protein, predicted / : / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Jonesia denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Chang, C. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of periplasmic binding protein from Jonesia denitrificans
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic binding protein
B: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,50814
ポリマ－70,0302
非ポリマー47812
水10,863603
1
A: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2146
ポリマ－35,0151
非ポリマー1995
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2948
ポリマ－35,0151
非ポリマー2797
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.678, 72.741, 71.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein


分子量: 35014.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Jonesia denitrificans (バクテリア)
株: DSM 20603 / 遺伝子: Jden_0967 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C7R301
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris, 25% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 63028 / Num. obs: 62981 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 3151 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-CollectCOLLECTデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXDE位相決定
ARP/wARPモデル構築
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.72→35.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.576 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.1
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 3158 5.1 %RANDOM
Rwork0.1351 ---
all0.138 62314 --
obs0.138 62314 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.69 Å2 / Biso mean: 18.5384 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0 Å2-0.37 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→35.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 12 603 5071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9776358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7723.0019900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0425612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23225.538186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.86615682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6161522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.21638900
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.6655130
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.06459286
LS精密化 シェル解像度: 1.724→1.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 210 -
Rwork0.195 4164 -
all-4374 -
obs-4374 94.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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