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万見
- PDB-7o84: Structure of the PL6 family alginate lyase Pedsa0632 from Pseudop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o84
タイトルStructure of the PL6 family alginate lyase Pedsa0632 from Pseudopedobacter saltans in complex with substrate
要素Alginate lyase
キーワードLYASE / beta helix
機能・相同性PL-6 family / Chondroitinase B / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Alginate lyase
機能・相同性情報
生物種Pseudopedobacter saltans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.177 Å
データ登録者Ballut, L. / Violot, S. / Carrique, L. / Aghajari, N.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Exploring molecular determinants of polysaccharide lyase family 6-1 enzyme activity.
著者: Violot, S. / Galisson, F. / Carrique, L. / Jugnarain, V. / Conchou, L. / Robert, X. / Thureau, A. / Helbert, W. / Aghajari, N. / Ballut, L.
履歴
登録2021年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase
B: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1334
ポリマ－94,9002
非ポリマー1,2332
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.182, 47.583, 116.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase


分子量: 47450.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudopedobacter saltans (strain ATCC 51119 / DSM 12145 / JCM 21818 / LMG 10337 / NBRC 100064 / NCIMB 13643) (バクテリア)
株: ATCC 51119 / DSM 12145 / JCM 21818 / LMG 10337 / NBRC 100064 / NCIMB 13643
遺伝子: Pedsa_0632 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0S7Y7
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L- ...4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 528.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a1121A-1a_1-5][a11eEA-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-ManpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L- ...4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 704.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a1121A-1a_1-5][a11eEA-1a_1-5]/1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-ManpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Amm chloride, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→47.58 Å / Num. obs: 46036 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / Num. unique obs: 7197 / CC1/2: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (29-NOV-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: native Pedsa0632

解像度: 2.177→43.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU R Cruickshank DPI: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2862 2282 4.98 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2312 45831 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 78.09 Å2 / Biso mean: 40.9879 Å2 / Biso min: 21.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0576 Å20 Å2-1.9927 Å2
2---8.1966 Å20 Å2
3---7.139 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.177→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 0 84 372 6749
Biso mean--64.43 41.37 -
残基数----817
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2231SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1139HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6520HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion877SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5489SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6520HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8849HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.71
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 52 5.67 %
Rwork0.2257 865 -
all0.2278 917 -
obs--72.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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