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万見
- PDB-7o7k: Crystal structure of the human DYRK1A kinase domain bound to abem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o7k
タイトルCrystal structure of the human DYRK1A kinase domain bound to abemaciclib
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / CMGC kinase / dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / DYRK1A / transcription / abemaciclib
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization ...regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heterochromatin formation / regulation of neurofibrillary tangle assembly / histone H3T45 kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / dual-specificity kinase / splicing factor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / G0 and Early G1 / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / tubulin binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / circadian rhythm / tau protein binding / nervous system development / actin binding / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6ZV / CITRATE ANION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Kaltheuner, I.H. / Anand, K. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GE 976/9-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Abemaciclib is a potent inhibitor of DYRK1A and HIP kinases involved in transcriptional regulation.
著者: Kaltheuner, I.H. / Anand, K. / Moecking, J. / Duster, R. / Wang, J. / Gray, N.S. / Geyer, M.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,29431
ポリマ－84,1632
非ポリマー3,13129
水6,756375
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,57614
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,49413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,71817
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,63716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.705, 109.985, 112.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...
21(chain B and (resid 134 through 159 or resid 161...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...A134 - 159
121(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...A161 - 204
131(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...A206 - 225
141(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...A227 - 409
151(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...A413 - 480
161(chain A and (resid 134 through 159 or resid 161...A801 - 914
211(chain B and (resid 134 through 159 or resid 161...B134 - 159
221(chain B and (resid 134 through 159 or resid 161...B161 - 204
231(chain B and (resid 134 through 159 or resid 161...B206 - 225
241(chain B and (resid 134 through 159 or resid 161...B227 - 480
251(chain B and (resid 134 through 159 or resid 161...B801 - 908

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase

-
非ポリマー , 6種, 404分子

#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-6ZV / N-{5-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]pyridin-2-yl}-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-benzimidazol-6-yl]py rimidin-2-amine / Abemaciclib / LY-2835219


分子量: 506.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32F2N8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14-16% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate (pH 6.5) and 0.1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→44.69 Å / Num. obs: 85615 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.07891 / Net I/σ(I): 16.36
反射 シェル解像度: 1.82→1.885 Å / Num. unique obs: 8460 / CC1/2: 0.836 / Rrim(I) all: 1.718 / % possible all: 99.35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vx3

2vx3


解像度: 1.82→41.93 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2049 4283 5 %
Rwork0.1774 81327 -
obs0.1788 85610 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.36 Å2 / Biso mean: 47.5774 Å2 / Biso min: 26.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→41.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5663 0 224 375 6262
Biso mean--47.87 51.49 -
残基数----690
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3365X-RAY DIFFRACTION11.377TORSIONAL
12B3365X-RAY DIFFRACTION11.377TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.840.33681360.30422582271896
1.84-1.860.28921410.29192679282099
1.86-1.880.32441410.281526842825100
1.88-1.910.2991400.25792658279899
1.91-1.930.29131410.236626772818100
1.93-1.960.27251420.22182679282199
1.96-1.990.25731400.216126692809100
1.99-2.020.23981420.2082681282399
2.02-2.050.251410.203226752816100
2.05-2.080.22391420.189726972839100
2.08-2.120.25931420.184326892831100
2.12-2.160.23821430.174427172860100
2.16-2.20.20521410.175727052846100
2.2-2.240.20941410.171726952836100
2.24-2.290.26841430.173826952838100
2.29-2.340.18551430.177127052848100
2.34-2.40.23491420.179527032845100
2.4-2.470.20711420.184427012843100
2.47-2.540.2171420.189126892831100
2.54-2.620.24741440.193627392883100
2.62-2.720.2211410.19012683282499
2.72-2.830.23381430.203827162859100
2.83-2.950.20731430.206227272870100
2.95-3.110.23261440.191727252869100
3.11-3.30.20421450.182827552900100
3.3-3.560.21251440.177327362880100
3.56-3.920.15411460.159127732919100
3.92-4.480.17561480.142127932941100
4.48-5.650.17541450.15582764290999
5.65-44.690.19871550.177329363091100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.0427 Å / Origin y: 7.0928 Å / Origin z: 16.7133 Å
111213212223313233
T0.2253 Å2-0.0157 Å2-0.0208 Å2-0.3172 Å20.001 Å2--0.2437 Å2
L0.6187 °2-0.5429 °2-0.2303 °2-1.9269 °20.3784 °2--0.5566 °2
S0.0236 Å °0.0536 Å °-0.0087 Å °-0.0175 Å °-0.0229 Å °0.07 Å °0.0506 Å °-0.0135 Å °-0.0048 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA134 - 480
2X-RAY DIFFRACTION1allA801 - 915
3X-RAY DIFFRACTION1allB133 - 480
4X-RAY DIFFRACTION1allB801 - 912
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 858
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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