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- PDB-7o6n: Crystal structure of C. elegans ERH-2 PID-3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o6n
タイトルCrystal structure of C. elegans ERH-2 PID-3 complex
要素
  • Enhancer of rudimentary homolog 2
  • Protein pid-3
キーワードPROTEIN BINDING / ERH-2 PID-3 complex piRNA processing PETISCO
機能・相同性
機能・相同性情報


21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / cell division / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Protein pid-3 / Enhancer of rudimentary homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Falk, S. / Ketting, R.F.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of PETISCO complex assembly during piRNA biogenesis in C. elegans .
著者: Perez-Borrajero, C. / Podvalnaya, N. / Holleis, K. / Lichtenberger, R. / Karaulanov, E. / Simon, B. / Basquin, J. / Hennig, J. / Ketting, R.F. / Falk, S.
履歴
登録2021年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of rudimentary homolog 2
B: Enhancer of rudimentary homolog 2
C: Protein pid-3
D: Protein pid-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7075
ポリマ－32,6604
非ポリマー461
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.987, 52.945, 125.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 96 or (resid 97...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 42 or (resid 43...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 179 through 180 or (resid 181...
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRARGA1 - 95
d_21ens_1THRARGB1 - 95
d_11ens_2SERGLUD3 - 17
d_21ens_2SERGLUE1 - 15

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.765359633472, -0.472881827197, 0.436586084247), (-0.455791051855, -0.0806871204236, -0.886422080979), (0.454399767276, -0.877423709564, -0.153780640508)-5.40713474349, 10.2311124826, 13.5743628654
2given(-0.769311880506, -0.461789261486, 0.441486022982), (-0.484980253694, -0.0277089363109, -0.874086018865), (0.41587664522, -0.886556762325, -0.202641859288)-5.45318176564, 10.4338068279, 13.7135241015

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of rudimentary homolog 2


分子量: 11843.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: erh-2, F35G12.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20057
#2: タンパク質・ペプチド Protein pid-3 / piRNA biogenesis and chromosome segregation protein 1 / piRNA-induced silencing defective protein 3


分子量: 4486.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: pid-3, pics-1, Y23H5A.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76616
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium formate dihydrate 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→48.79 Å / Num. obs: 16511 / % possible obs: 98.93 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 59.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.17→2.248 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1463 / CC1/2: 0.646 / CC star: 0.886 / % possible all: 90.04

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O6L

7o6l


解像度: 2.17→48.79 Å / SU ML: 0.3055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.9821
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1634 10 %
Rwork0.2068 14704 -
obs0.2107 16338 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1735 0 3 27 1765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65162391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.299240
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.39017007063
ens_2d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.819217476452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.230.37991170.33411054X-RAY DIFFRACTION86.42
2.23-2.310.32251360.31411216X-RAY DIFFRACTION99.78
2.31-2.390.31731340.28681213X-RAY DIFFRACTION99.93
2.39-2.480.39061340.30761211X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.60.34221340.27041203X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.730.29631360.23541227X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.90.26051380.24181237X-RAY DIFFRACTION99.78
2.91-3.130.2891370.26661236X-RAY DIFFRACTION99.85
3.13-3.440.27581370.21711237X-RAY DIFFRACTION99.93
3.44-3.940.2191380.18381236X-RAY DIFFRACTION99.78
3.94-4.960.20881440.15311291X-RAY DIFFRACTION100
4.97-48.790.21651490.20321343X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.97610603686-4.379194036021.941830505343.11198536672-2.156220652575.32295886198-0.8949484169350.5574942462160.4058877143110.5362105617880.136984188622-0.12568378972-1.322068011940.3303753042530.5218233815210.591903864332-0.05447531806570.04329291208710.532835879336-0.1365788437560.6452013918581.632362306322.5194955236316.8408549472
24.621395493671.34608400111-0.2902558699748.877347528940.9006357686529.564944349340.120045024958-0.238578152341-0.212069275268-0.2087573178460.311964550916-0.742875056384-1.216009901030.689959309811-0.2099157221250.542625822866-0.04064876564040.1007504696160.453012753851-0.07814563065690.3260756677482.65582351552.3448316425413.0854271552
33.35840517199-4.739642996690.1664242233082.05748486167-2.517493172017.741851060160.225529808783-0.0166978410691.6512832977-0.07919645484790.199645614066-0.773784408529-2.204126456560.564532317579-0.4056496241031.26191576896-0.2964981799080.1564016354560.719703867139-0.1387473417670.8520089979916.7852181116313.838303131720.1497953926
45.39228643737-2.05952381495-1.558421226350.8047740424960.2365994174898.565181692283.74977490877-0.02781343069730.554381908844-2.01347369856-0.0361281265911.296712723870.9184035902060.640105160914-2.159300223082.17889839654-0.1751314729710.2788294994070.8011087943290.07168598582631.036873248332.6989358732227.175881371723.8189311224
52.96067851798-3.5302725822-2.908223138186.009418110956.20592225517.04518631174-0.250384133309-0.1241756161830.0258561495592-0.395468803308-0.7684510184931.66396558767-2.18904454926-1.220109237610.9697342776881.525553318890.171707336086-0.1046842314470.763905760021-0.0911141663140.629213832952-1.8040562733214.129174424327.1688077784
64.52515405954-4.17257310132-0.6434239107583.830875969921.796168066284.08323468770.363172380694-0.5565722496380.312040512201-0.6713030626050.196368898123-0.437970289609-0.6616037181350.144750561981-0.5968845185850.71822747943-0.06347143163790.07153556696780.602122892872-0.10587540970.4993197587222.82288844869-0.59683062359721.5427750377
77.393339007950.890361294525-0.4591477556162.206323666070.3660629263639.723092063040.398093456933-0.9562999582790.4575123286821.235410828090.07126582966050.08209647417050.2482182289130.150709303485-0.1315139251570.589462738312-0.014784481134-0.02762202924570.620519066767-0.07843470033880.4559296602687.18008207939-8.1430963112824.2915892586
82.804074898281.319060594851.184889595628.690946274084.897670257713.03118338791-0.379211287705-1.807710216210.5283228184430.5383528987040.594810078663-1.18778654029-1.063903890960.0124923041942-0.5323325252190.831232750312-0.06572881266960.110970393950.686058542437-0.1600416567320.7349513198375.591649596268.2527652115230.4997758182
91.87265881884-1.054818233311.011903545372.74540146509-0.995223220188.91585777265-0.0095422848566-0.0594898860323-0.110451566099-0.03730148530540.1270627145650.209708447401-0.127862184696-0.520910769913-0.1129628145820.384142618164-0.003398351937680.08549231296330.489966518213-0.08221596172010.541394325498-4.3863952885-7.141975470676.27062420702
107.809494045870.2773290652164.653861525650.0163418801120.8737739214168.517265431120.09464505195850.585256452494-0.308650596995-0.462287556859-0.00932916226475-0.2307386254730.4044146655950.533858198544-0.2375304518650.5215208661560.00780223565580.02234263562450.721277051585-0.1674458153650.561606365158-3.92019035746-14.2754063766-7.69759303524
114.28098364421-1.307709071862.750329893348.18394591946-2.149526381923.173066014410.165287577040.0294172521909-0.4553616300760.8527448909940.0985037815541-0.0418578129198-0.3654488119350.447737137847-0.2809842751540.5272854061850.0122586796143-0.01607497904230.478342145124-0.08181172695880.5186838428342.58593102119-12.570088714116.6244366718
122.95444897470.3148076557214.438524256269.34749378312.554503624577.12559157290.2240282414290.475898748621-0.9105014496140.4505699427130.407385917666-0.1086502561281.206544600980.0260926481064-0.5210539907430.497198543631-0.06833963239150.008439969042630.586180726017-0.09164726525110.723120032231-1.05473935245-20.41688605464.09240600055
133.943504293690.762629793289-3.230117011952.131615676210.2865743655463.392435377940.1072796292141.622464317730.773416646156-0.4122305742450.136119473790.700936864162-1.12473552574-1.69620989-0.081382980440.6447492947930.0622745312842-0.07710903325480.7617653241310.05818481000650.592406627814-7.4242651153-0.9940723078140.233390216847
143.0045550688-2.760225815480.2888950083913.206478187610.5043447348278.268650868560.0832960459710.06063468983190.1303538183690.1967125202810.261712282921-0.74333717141-3.022385685180.154532976021-0.3430793232961.45816421075-0.2104185076880.1306454430850.704525925292-0.0476338664890.6230681915281.4681858247912.712896516711.2660234004
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 16 )AA3 - 161 - 14
22chain 'A' and (resid 17 through 27 )AA17 - 2715 - 25
33chain 'A' and (resid 28 through 45 )AA28 - 4526 - 43
44chain 'A' and (resid 46 through 54 )AA46 - 5444 - 52
55chain 'A' and (resid 55 through 64 )AA55 - 6453 - 62
66chain 'A' and (resid 65 through 74 )AA65 - 7463 - 72
77chain 'A' and (resid 75 through 84 )AA75 - 8473 - 82
88chain 'A' and (resid 85 through 97 )AA85 - 9783 - 95
99chain 'B' and (resid 3 through 45 )BB3 - 451 - 43
1010chain 'B' and (resid 46 through 64 )BB46 - 6444 - 62
1111chain 'B' and (resid 65 through 84 )BB65 - 8463 - 82
1212chain 'B' and (resid 85 through 99 )BB85 - 9983 - 97
1313chain 'C' and (resid 177 through 193 )CD177 - 1931 - 17
1414chain 'D' and (resid 179 through 193 )DE179 - 1931 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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