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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o63 | ||||||
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タイトル | High resolution crystal structure of human mitochondrial ferritin (hMTF) | ||||||
要素 | Ferritin, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / human mitochondrial ferritin / hMTF / high resolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport ...positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å | ||||||
データ登録者 | Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Tassone, G. / Turano, P. / Mangani, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2021 タイトル: Iron Binding in the Ferroxidase Site of Human Mitochondrial Ferritin. 著者: Ciambellotti, S. / Pratesi, A. / Tassone, G. / Turano, P. / Mangani, S. / Pozzi, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o63.cif.gz | 101.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o63.ent.gz | 78.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o63.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o63_validation.pdf.gz | 421.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o63_full_validation.pdf.gz | 422.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o63_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o63_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o63 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o63 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21107.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTMT / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pLysS / 参照: UniProt: Q8N4E7, ferroxidase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 % / 解説: Octahedral crystals |
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結晶化 | 温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6-2 M MgCl2 6H2O and 0.1 M bicine pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.16→65.1 Å / Num. obs: 92014 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.16→1.22 Å / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.713 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 13215 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.76 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R03 解像度: 1.16→65.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.63 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.26 Å2 / Biso mean: 12.785 Å2 / Biso min: 6.78 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.1156 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.16→65.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.16→1.19 Å / Rfactor Rfree error: 0
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